В 1899 году за участие в студенческих волнениях Кедров был изгнан из Московского университета. В 1900–1901 годах он один из организаторов и активных членов подпольного социал-демократического студенческого комитета, проведшего в марте 1901 года забастовку в Демидовском юридическом лицее в Ярославле. С 1901 года член Российской социал-демократической рабочей партии. До 1905 года Кедров работал в Ярославской (избирался членом ярославской группы Северного. комитета РСДРП), Нижегородской, Одесской и Симферопольской организациях РСДРП. Выполнял партийные поручения как пропагандист и ответственный за печатание большевистских листовок, подбор конспиративных квартир. В этот период неоднократно подвергался репрессиям, трижды сидел в тюрьмах, состоял под особым надзором полиции, находился в административной ссылке в Вологодской губернии. Один из арестов (февраль 1902 года) и месячное заключение в ярославской губернской тюрьме завершились освобождением после пятидневной голодовки.
В конце 1904-го — начале 1905 года Кедров содержал конспиративную квартиру — дачу под Москвой. На этой квартире хранились оружие, взрывчатые вещества, проводились явки и обучение стрельбе и бомбометанию участников боевых рабочих дружин. Используя имевшийся у него разрешительный билет на покупку револьвера и личные средства, полученные в наследство от родителей, Михаил Сергеевич участвует по заданию партии в приобретении оружия для пролетарских дружин. Несколько десятков пистолетов и винчестеров было переправлено им в распоряжение боевой дружины большевистской организации в Костроме.
Кедров активно участвовал в революции 1905 года. В августе 1905 года по постановлению ЦК партии он организовал подкоп в баню Таганской тюрьмы в Москве для освобождения Н.Э. Баумана и других членов Северного бюро Центрального Комитета партии, арестованных царской охранкой. В октябре 1905 года входил в состав Костромского комитета РСДРП, был организатором его боевых дружин и руководил их дерзкими действиями в схватках с казаками и полицией.
В январе 1906 года Кедров был вынужден перейти на нелегальное положение. Он проживал в различных городах с поддельным паспортом на имя Иванова Михаила Сергеевича, 28 лет, мещанина города Рогачева Могилевской губернии, по профессии приказчика. Несмотря на ненадежность такого прикрытия, в условиях разгула реакции «Иванов»-Кедров, пренебрегая опасностью ареста, организовал в Твери концерты для пополнения кассы партии и участвовал в них как пианист.
В 1906 году, удачно используя документы на имя приказчика, М.С. Кедров на собственные средства открывает в Петрограде книжный магазин, а затем через подставное лицо организует по заданию партии издательство под названием «Зерно». Вскоре оно стало довольно крупным по тому времени коммерческим предприятием, имевшим свои представительства в других городах. «Зерно» позволило издать и легально распространить наряду с популярными брошюрами ряд капитальных марксистских трудов, и в первую очередь сочинения В.И. Ленина, большинство которых ранее появлялись лишь на страницах нелегальной заграничной прессы. В работе издательства, кроме Кедрова, участвовали другие ответственные работники партии, в том числе Н.С. Ангарский, Н. И. Подвойский и М.С. Ольминский. Большой заслугой «Зерна» явилось издание первого собрания сочинений В.И. Ленина под названием «За 12 лет». Центральный Комитет партии успешно использовал возможности издательства «Зерно» для укрепления связей с большевистскими организациями на периферии.
Оказавшись на подозрении у охранки, издательство неоднократно подвергалось полицейским налетам, завершавшимся конфискацией «запрещенных» книг. В 1908 году оно было разгромлено полицией. Кедрова арестовали и отдали по суд. До конца 1911 года он сидел в Доме предварительного заключения в «Крестах».
Характерная для Михаила Сергеевича постоянная забота об интересах партии ярко проявилась в том, что, выйдя из тюрьмы, он прежде всего принял меры к сохранению уцелевшей от конфискации напечатанной «Зерном» партийной литературы, и в дальнейшем, в революционные дни 1917 года, она сыграла свою роль. «В марте — апреле 1917 года, когда в революционной литературе ощущался колоссальный голод, — вспоминал М.С. Кедров, — всю эту литературу, в том числе и сочинения Владимира Ильича, я передал в распоряжение ЦК нашей партии и ее военной организации. И в течение каких-нибудь двух-трех недель все брошюры и книжки были расхватаны».
