Общаясь с членами коллегии ВЧК, руководителями ее подразделений, оперативным составом (комиссарами) Чрезвычайной комиссии, Кедров с первых дней своей работы в ВЧК внимательно знакомился с правомочиями чекистских органов, организацией и опытом их боевой работы, практикой руководства фронтовыми и армейскими чрезвычайными комиссиями, решением текущих оперативных вопросов. При этом главное внимание он уделял изучению организации борьбы с военным шпионажем и контрреволюционными элементами, проникшими в Красную Армию. Для того чтобы определить место и роль Военного отдела ВЧК в этой борьбе, необходимо было, как учил В.И. Ленин, «поставить вопрос в большом' масштабе».
Так сложилось к тому времени, что борьбой со шпионажем против Красной Армии занималось военное ведомство. Военные специалисты из Всеросглавштаба и его регистрационного управления вопросы борьбы с иностранным военным шпионажем пытались решать по аналогии со старой армией. Именно поэтому в мае 1918 года в Красной Армии была создана специальная служба, получившая название Военного контроля. В короткий срок в системе этой службы были развернуты довольно многочисленные подразделения, как в центральном аппарате военного ведомства, так и во фронтовом, армейском звене. Эти подразделения возглавляли, как правило, коммунисты, но привлекались в качестве специалистов и сотрудники старой контрразведки.
Органы Военконтроля в ряде случаев успешно боролись с военным шпионажем. Вместе с тем проникшие в них под видом специалистов бывшие царские офицеры превращали отдельные подразделения Военконтроля в очаги контрреволюции. Так, раскрытая осенью 1918 года тайная белогвардейская организация в Вологодском отделе Военконтроля занималась шпионажем в пользу англичан, вербовкой и переброской в Архангельск бывших офицеров для пополнения белогвардейских отрядов.
Михаила Сергеевича настораживало то обстоятельство, что некоторые сотрудники Военного контроля рассматривали борьбу с иностранным шпионажем против Красной Армии как чисто военно-техническую задачу, не придавали должного значения его классовой природе, не усматривали в нем враждебного политического содержания, часто не связывали организуемый контрреволюцией и иностранными военными интервентами военный шпионаж с их действиями по свержению Советской власти. Кедров понимал, что это происходит от того, что кадровый состав ряда отделов Военконтроля не имел необходимой прослойки коммунистов. Среди военных специалистов в Военконтроле были даже сторонники «беспартийной», стоящей «вне политики» военной контрразведки.
Центральный Комитет РКП (б), В.И. Ленин, коллегия ВЧК, Реввоенсовет Республики и реввоенсоветы фронтов видели слабости Военконтроля и настоятельную необходимость обеспечить более надежное ограждение красных частей от вражеского шпионажа и усилившихся тайных подрывных действий против них белогвардейской контрреволюции и антисоветских партий меньшевиков и эсеров. По предложению В.И. Ленина вся система подразделений Военного контроля была подвергнута строгой ревизии.
Была еще одна проблема, которая волновала М.С. Кедрова, — подотчетность подразделений Военконтроля. Они существовали при соответствующих штабах и подчинялись командованию и начальнику штаба. Из-за специфики деятельности Военконтроля военные комиссары соответствующих штабов не имели достаточной возможности осуществлять действенный политический контроль за этими подразделениями, В силу этого создавалась опасность использования столь острого средства в ущерб интересам революции. Ряд вскрытых злоупотреблений в системе Военконтроля подтверждал обоснованность таких опасений.
Между тем своевременное пресечение шпионажа и решительная борьба с тайными происками контрреволюции в частях и учреждениях Красной Армии становились все более жизненно важными вопросами военного строительства. В некоторых частях и штабах, как это было, например, в штабах командовавших объединениями Красной Армии предателей Сорокина и Муравьева, накапливались группы контрреволюционных офицеров, которые путем организации предательства должны были отвлечь силы с фронта и распылить их.
