23 февраля 1925 года Ксенофонтов приступил к новой работе: его назначили заместителем наркома социального обеспечения РСФСР. Задачи, стоявшие перед наркоматом, были необычайно сложны. За годы империалистической и гражданской войн в стране погибло в боях и умерло от ран и болезней свыше двух миллионов солдат и офицеров. Более двух миллионов человек стали жертвами эпидемий в тылу. Сотни тысяч семей остались без кормильцев. Война искалечила четыре с половиной миллиона человек, многие из них полностью потеряли трудоспособность. Все они нуждались в питании, лечении, материальных средствах.
С первых дней пребывания в НКСО И.К. Ксенофонтову пришлось осуществлять фактическое руководство наркоматом — нарком В.Г. Яковенко был тяжело болен. Иван Ксенофонтович начал с улучшения работы центрального аппарата. На ответственные должности были выдвинуты опытные коммунисты. Удельный вес членов партии в коллективе увеличился за год почти в два раза. Коммунисты стали составлять около трети всех служащих наркомата. Повысилась интенсивность работы сотрудников, началось внедрение научной организации труда. Губернские органы соцобеспечения были укреплены выдвиженцами, преимущественно беспартийными рабочими и крестьянами.
Ксенофонтов повел решительную борьбу с бюрократизмом в аппаратах собеса, за сокращение бумажной отчетности. Несколько ответственных работников были наказаны за казенное отношение к инвалидам и волокиту. На места стали регулярно направляться инспекции, возглавляемые членами коллегии НКСО. Они ревизовали работу губернских и областных отделов собеса, оказывали им помощь, обобщали и распространяли передовой опыт. Ксенофонтов требовал от сотрудников неуклонного повышения дисциплины, добросовестного отношения к труду.
— Там, где товарищи не спят, — говорил он на IV Всероссийском совещании заведующих губернскими и областными отделами собеса, — удается много сделать. Но там, где работают спустя рукава или недостаточно активно проявляют себя, там дело не двигается с места. Трудиться надо не за страх, а за совесть.
— Каждый работник, — подчеркивал Иван Ксенофонтович, — начиная с курьера и кончая ответственным должностным лицом, должен проявлять максимальную инициативу, работать не бюрократически, а творчески.
Одним из важнейших направлений деятельности НКСО Ксенофонтов считал всемерное содействие укреплению и развитию крестьянских обществ взаимопомощи. Они играли основную роль в социальном обеспечении деревни. Ксенофонтов рассматривал крестьянские общества взаимопомощи как «школу советской государственности».
Другим важным направлением являлось трудовое устройство инвалидов. Всероссийское кооперативное объединение инвалидов (ВИКО) при наркомате образовывало производственные, торговые, потребительские артели. Благодаря посильному труду в артелях инвалиды обеспечивали себя и свои семьи средствами, необходимыми для жизни. Создавались различные техникумы, где они могли получить специальность.
Ксенофонтову удалось добиться удвоения пенсионного фонда. В результате повысился средний размер пенсий. Расширилась работа по пенсионному обеспечению инвалидов в деревне. Были увеличены нормы снабжения в домах инвалидов и престарелых. В 1925 году при прямом участии Ивана Ксенофонтовича образовалось Всероссийское общество слепых, увеличены пенсии незрячим и глухонемым.
Предметом особой заботы Ксенофонтова было пенсионное обеспечение лиц, имевших особо выдающиеся заслуги перед советским народом: участников революционного движения, крупных деятелей науки, техники, литературы и искусства. Иван Ксенофонтович возглавил Комиссию по назначению персональных пенсий.
Однажды, вскоре после вступления Ксенофонтова на должность замнаркома, ему позвонила Н.К. Крупская.
— Иван Ксенофонтович, — сказала она, — нужнопо мочь Александре Михайловне Калмыковой. Она очень много сделала в свое время для нашей партии. Александра Михайловна была вдовой тайного советника. Все свое состояние отдала на дело революции. Сейчас ей уже 75 лет, живет одна, бедствует.
— Хорошо, Надежда Константиновна, — ответил Ксенофонтов, — что-нибудь придумаем.
