Нововведения Ивана Ксенофонтовича в Управлении делами ЦК встретили понимание со стороны сотрудников. В большинстве своем это были молодые люди, пришедшие из армии. Их быт носил на себе суровый отпечаток времени, только что закончившейся войны. Они ходили, как правило, в легких серых пальто, выданных со склада. Эта одежда лишь символически защищала их от холода. Жили впроголодь. Раз в месяц с шумом и шутками приносили продовольственный паек: мясо австралийских кроликов, пару ржавых селедок, пакет пшена, немного муки. Зарплаты с трудом хватало на пропитание. Однако «цекисты» были полны энтузиазма, бодрости и оптимизма. Часто после окончания рабочего дня они задерживались в кабинете Ксенофонтова, говорили о текущих делах, обсуждали положение в мире, в стране. Товарищеские беседы затягивались иногда на несколько часов.
Ивана Ксенофонтовича сотрудники любовно называли «дед», «отец». Он был прост, приветлив, добр в отношении к подчиненным, но вместе с тем принципиален и тверд, нетерпим к любому нарушению служебной дисциплины и партийной этики. «Ксенофонтов, — вспоминал писатель Илья Кремлев, работавший в начале 20-х годов в Управлении делами ЦК, — был человеком кристаллической чистоты и беззаветной преданности партии… В нем, как в ценнейшем сплаве, слились воедино те чудесные черты, которые так присущи были чекистам… прямолинейность, неукротимая ненависть к проклятому прошлому, редкое бескорыстие, поразительное чувство товарищества и врожденная мягкость, уживающаяся с воспитанной опасной работой неумолимостью там, где этого требовали интересы революции».
Иван Ксенофонтович часто принимал посетителей, внимательно выслушивал их просьбы, жалобы, заявления, оказывал им помощь в устройстве на работу, в получении жилья, лечения. Однажды к нему в кабинет вошла невысокого роста женщина с орденом Красного Знамени на жакете.
— Товарищ Ксенофонтов, — обратилась она к Ивану Ксенофонтовичу. — Я красная сестра милосердия Фирковская, воевала в армии Буденного. Была тяжело ранена, получила инвалидность. Сейчас мне срочно нужна госпитализация. Очень прошу вашего содействия. Кроме того, нельзя ли получить единовременное пособие. Стыдно просить об этом, но другого выхода нет.
Иван Ксенофонтович помог Е.И. Фирковской лечь в больницу, распорядился выдать ей денежную ссуду.
Ксенофонтов проявлял постоянную заботу о быте красноармейцев отряда особого назначения при ЦК РКП (б). Он помог благоустроить казарму, где жили бойцы, интересовался их довольствием, организовал обучение грамоте, наладил регулярные политические занятия. Красноармейцы отряда единодушно избрали Ивана Ксенофонтовича депутатом Московского Совета. Весной 1922 года на общем собрании отряда, посвященном увольнению с действительной службы, бойцы приняли резолюцию, в которой отмечали большое внимание к ним со стороны Ксенофонтова. «Вы с отеческой заботливостью, — писали красноармейцы, — старались улучшить наше положение, благодаря чему серая казарма превратилась для нас в уютный дом».
Слова искренней благодарности в адрес Ивана Ксенофонтовича звучали и в выступлениях красноармейцев, увольнявшихся в запас в 1924 году. 4 апреля на общем собрании бойцов и командиров была принята резолюция, в которой говорилось: «Имя, которое мы, красноармейцы, тебе дали, — „дедушка“, „отец“ — будет долго сохранено в нашей памяти, и мы там, на своих местах, рассыпавшись по всему СССР, будем в лице твоем чтить и уважать Российскую Коммунистическую партию, как единственную защитницу мирового пролетариата и крестьянства».
Три с половиной года пробыл Ксенофонтов управляющим делами ЦК. Аппарат работал четко, хорошо. В конце ноября 1924 года Иван Ксенофонтович обратился в ЦК РКП (б) с просьбой перевести его на советскую работу, где в то время была большая нужда в опытных партийных кадрах.
С грустью расставались сотрудники Управления делами со своим руководителем. В день его ухода из аппарата ЦК они составили благодарственный адрес Ивану Ксенофонтовичу. Его подписали 80 человек. Они обещали Ксенофонтову работать с неутомимой энергией, как он их учил.
