Вечером 25 сентября 1919 года во время заседания в помещении Московского комитета РКП (б) в Леонтьевском переулке, где собрались ответственные партийные работники столицы, раздался взрыв. Погибло двенадцать человек, в том числе секретарь Московского комитета партии В.М. Загорский. На этом заседании собирался присутствовать В.И. Ленин, но не смог приехать.
Получив сообщение о террористическом акте, ВЧК и МЧК немедленно начали розыск преступников. Постановлением исполкома Московского губернского Совета Московская губерния была объявлена на военном положении. По указанию Ф.Э. Дзержинского практически все московские чекисты были мобилизованы.
В те дни большинство сотрудников Особого отдела МЧК работали круглосуточно. Спали по очереди, по два-три часа в рабочих кабинетах. Феликс Эдмундович вызывал к себе Евдокимова несколько раз в сутки, интересовался предпринимаемыми мерами, высказывал рекомендации.
Вначале чекисты придерживались версии, что взрыв в Леонтьевском переулке был совершен белогвардейцами как месть за аресты участников «Национального центра». Но никаких; доказательств тому так и не поступило, розыск не давал результатов.
2 октября при проверке документов в следовавшем из Москвы на Украину поезде была задержана активистка анархистской украинской организации «Набат» София Каплун. По распоряжению руководителей организации она была направлена для работы в тыл деникинских войск. У нее было найдено письмо главаря «Набата» Барона следующего содержания: «Теперь Москва начеку, пару дней тому назад местный комитет большевиков взорван бомбой, погибло больше десятка, дело, кажется, подпольных анархистов, с которыми у меня нет ничего общего. У них миллионные суммы. Правит всем человек, мнящий себя новым Наполеоном… Они сегодня, кажется, публикуют извещение, что это сделали они».
Сведения немедленно были переданы в Москву. Они позволили сразу же отмести предположение о причастности белогвардейцев к взрыву, искать виновных следовало среда анархистов. У Московской ЧК появилась хоть какая-то ниточка. Был арестован Барон, а также некоторые другие летальные московские и прибывшие с Украины анархисты. Но в процессе их допросов стало ясно, что они, хотя и осведомлены о том, кто устроил взрыв, всячески покрывают преступников. Арестованные даже пытались разыграть комедию; образовали из своей среды «следственную комиссию» якобы для оказания помощи чекистам, а на самом деле пытались сбить их с истинного пути, замести следы, оттянуть время.
Ф.Э. Дзержинский, В.Н. Манцев, Е.Г. Евдокимов и другие руководители ВЧК и МЧК тщательно проанализировали имевшиеся материалы об анархистах за предшествующий период и вновь поступившие данные. Они обратили внимание, что из поля зрения чекистов исчезло немало анархистов, активно действовавших прежде. Напрашивался вывод, что в столице существует анархистское подполье, что взрыв в Леонтьевском переулке могли осуществить именно эти анархисты. Были приняты меры по розыску исчезнувших «борцов за полную свободу».
К концу октября чекистам удалось установить некоторые связи анархистов, которые вели в район Арбата, в квартиру Марии Никифоровой. За квартирой было установлено наблюдение. Посещавшие Никифорову лица вели себя подозрительно, создавалось впечатление, что они пытались выявить наблюдение за собой. Чекисты нагрянули на квартиру, произвели тщательный обыск, арестовали несколько человек и устроили там засаду. Черев несколько часов пришел хорошо одетый мужчина. Обнаружив в квартире посторонних, он попытался скрыться, отстреливался и даже бросил в чекистов самодельную бомбу, которая, к счастью, не взорвалась. В перестрелке неизвестный был убит. У него были найдены наброски анархистских обращений и фальшивые документы. Московским чекистам удалось установить, что убитым является Казимир Ковалевич, служащий Московско-Курской железной дороги.
Вскоре был взят под наблюдение некто Александр Восходов, неоднократно бывавший у Никифоровой. В результате засады и обыска на его квартире было арестовано несколько членов организации анархистов, найдены списки и адреса участников подполья, оружие, взрывчатка. В перестрелке на квартире был убит один из главарей анархистов Соболев. Как позднее было установлено, он принимал непосредственное участие во взрыве в Леонтьевском переулке. В обнаруженной у него записной книжке содержались адреса руководителей партии левых эсеров, которым передавалась часть награбленных анархистами денег. Из записей явствовало, что между левыми эсерами и анархистским подпольем существует теснейшая связь.
