Екатерина Владимировна смеялась над горестями мужа, продолжала давать уроки французского языка и, уходя из дому на два-три часа, усаживала Сергея Алексеевича за стол в его комнате. На столе лежала синяя папка с каллиграфической надписью тушью: «О некоторых случаях движения твердого тела в жидкости» (статья вторая).
Научное исследование, как всякое творчество, плохо поддается и дисциплинирующим доводам собственного рассудка и уговорам близких людей. Папка чаще всего оставалась нераскрытой к возвращению Екатерины Владимировны, и «статья вторая», составлявшая вместо с первой предмет магистерской диссертации, была напечатана только в 1897 году, а защищал ее Чаплыгин уже весной следующего года.
Титульный лист магистерской диссертации.
К этому моменту он освободился от житейской суеты и мог полностью отдаться научным занятиям. Екатерининский институт был оставлен. Теперь Сергей Алексеевич преподавал высшую математику в Константиновском межевом институте, выпускавшем межевых инженеров и землемеров. В то же время в качестве ассистента Н. Е. Жуковского и преподавателя механики в Высшем техническом училище он участвовал в практических занятиях по теоретической механике. Отказавшись от приват-доцентства в университете, Сергей Алексеевич взял место преподавателя по статике и теоретической механике в Московском инженерном училище, открытом в 1896 году для «подготовки практических деятелей по инженерно-строительной части». Отсюда выходили инженеры-строители и инженеры путей сообщения.
Во всех трех высших учебных заведениях велись практические занятия. Соприкосновение с технической и инженерной практикой не могло не сказаться на всем строе мышления Сергея Алексеевича. Кафедры механики в этих институтах объединял курс лекций Жуковского по теоретической механике, издававшийся литографированным способом. По нему проходили основы теоретической механики студенты всех высших технических школ в России.
Деятельность Жуковского в Техническом училище, проходившая на глазах Сергея Алексеевича, создала в представлении ученика почти идеальный образ учителя в истинном, высшем смысле этого слова.
«Жуковский бывал в Техническом училище по вторникам, четвергам и субботам, — рассказывает Л. С. Лейбензон. — Обычно в субботу он оставался в училище целый день, до глубокой ночи, экзаменуя студентов на репетициях. Любой студент мог получить от профессора после лекции разъяснение по всем интересовавшим его вопросам, чаще всего связанным с проектированием. Постепенно, со временем возле дверей аудитории, где читал Жуковский, выстраивался ряд инженеров, приезжавших со всех концов России, чтобы получить у Николая Егоровича ответы на интересующие их технические вопросы. Окруженный этими людьми, Николай Егорович медленно шел из аудитории в профессорскую. А там его часто ожидали молодые преподаватели Технического училища и товарищи, профессора всех дисциплин, желавшие посоветоваться с ним по интересующим их вопросам. Многие показывали ему чертежи своих новых конструкций, и Николай Егорович, когда-то плохо чертивший в Институте инженеров путей сообщения, благодаря своему всепроникающему геометрическому глазу прекрасно разбирался во всех этих чертежах новых машин и конструкций. Он как-то сразу умел подмечать и достоинства и недостатки их».
В таком инженерно-техническом окружении острое абстрактное мышление Сергея Алексеевича волей-неволей начинало сочетаться с инженерно-технической практикой и в конце концов привело к способности при аналитических решениях не отрываться от физического существа проблемы. Об этом свидетельствуют многочисленные доклады и рефераты Чаплыгина на заседаниях Московского математического общества и Общества любителей естествознания, избравших магистранта своим членом.
Высвобождая время для многообразных и многочисленных занятий, Чаплыгины перебрались на новую квартиру в Вознесенском тупике, поближе к Техническому училищу и Межевому институту.
Публичная защита магистерской диссертации Чаплыгина «О некоторых случаях движения твердого тела в жидкости» происходила на заседании физико-математического факультета 20 марта 1898 года.