Вахтенными офицерами назначались мичманы Л.А. Леонтьев, Н.В. Давыдов (с "Бодрого"), В.А. Мальцев (с "Бесстрашного"). Одна вакансия ожидала заполнения. Герой спасения корабля в ночь японского нападения П.А. Федоров стал и. д. старшего судового механика, а вахтенными механиками В.К. Корзун, А.Г. Шплет. К ним присоединился с "Сердитого" поручик B.C. Георгизон. Старшим врачом назначили лекаря (было такое первое медицинское звание) К.П. Рейнвальда. Он в этой должности провел дни осады на канонерской лодке "Гремящий". На младшего врача вакансия осталась свободной, как и на одного вахтенного офицера и двух вахтенных механиков. На своем месте остался и иеромонах о. Рафаил.
Во Владивосток, как вначале предполагалось, идти не пришлось. Вал смуты, захлестнувший Россию, докатился и до Тихого океана. "Цесаревич" с его накопленной в избытке энергией недовольства вполне мог оказаться в роли броненосца "Князь Потемкин-Таврический". Страхи мятежей были настолько велики, что даже доблестные владивостокские крейсера выпроводили в поход на родину прямо с о. Сахалин, где они находились, не дав проститься с близкими и закончить расчеты с берегом.
Контр-адмирал Энквист местом сбора своего отряда назначил Сайгон, куда 20 октября и прибыл из Манилы со своими крейсерами "Аврора" и "Олег". Здесь получили приказание "Диану" срочно отправить в отдельное плавание. Недостающих на ней офицеров перевели с "Авроры", и 1 ноября "Диана" ушла.
"Цесаревич" к месту сбора пришел 7 ноября, но совместный выход задерживался ожиданием прибытия "Алмаза", все еще развозившего по кораблям недостающих офицеров. Тогда и "Цесаревич" решили отправить в одиночку. Об опытах маневрирования в совместном плавании, чего так настойчиво министр Бирилев требовал от К.П. Иессена, здесь и вспоминать не стали. В Сингапуре следовало получить прибывшие для "Цесаревича" из Франции машинные и котельные части.
Из Сайгона вышли 10 ноября. Шли по заданному адмиралом приблизительному маршруту: прибытие в Сингапур 26 ноября, в Коломбо 10, в Джибути 23 и в Суэц 30 декабря, а в Порт-Саид 2 января 1906 г. По прибытии в Алжир 6 января следовало ожидать приказаний адмирала.
Плавание походило на бегство от грозившего вот-вот настичь корабль пожара гулявшей по России смуты. ГМШ, как и во время войны, продолжал оставаться на удивление неповоротливой бюрократической машиной: запросы о том, как объяснять командам значение "всемилостивейшего" манифеста от 17 октября, адмирал не получил. Это пытались делать сами офицеры, но нашедшиеся в командах смутьяны делали это по-своему. В результате "Цесаревич" пришел в Коломбо чуть ли не с уже созревшим заговором, готовившим восстание на переходе в Джибути. По счастью 28 зачинщиков успели вовремя изолировать и отправили на шедший в Россию пароход "Курония".
Вряд ли можно было говорить о прямом мятеже — просто матросы, призванные из запаса или уже отслужившие свой срок, считали несправедливым дальнейшее их пребывание в составе экипажей кораблей и требовали немедленного отправления на родину. На отряде К.П. Иессена так пришлось и поступить. Мятеж был предотвращен.
2 февраля вторым из возвратившихся с Дальнего Востока кораблей (8 января пришла "Диана") "Цесарев^ич" вошел в гавань обширного порта императора Александра III в Либаве. Совсем недавно переполненный огромной и, казалось, непобедимой эскадрой З.П. Рожественского, порт теперь был безлюден и сиротливо пуст. Пришедший из-за границы "Цесаревич" и оставшаяся на Балтике "Слава" составляли теперь всю реальную ударную силу некогда грозного Балтийского флота. Все отдав в Тихий океан, флот теперь ожидал нового возрождения. Общим стало, наконец, понимание, что после Цусимы без реформ уже не обойтись.
Первым шагом к реформам стала состоявшаяся уже 2 июня 1905 г. ликвидация должности барина-помещика — ни за что не ответственного генерал-адмирала. Взамен была восстановлена когда-то существовавшая, как впрочем и оставалось во всех других ведомствах, должность полномочного морского министра. Им по рескрипту императора от 20 июня 1905 г. стал вице-адмирал А.А. Бирилев (1844–1915).