Далее папа объявлял об учреждении постоянного трибунала с монахами-доминиканцами в качестве его членов. Так фактически была создана инквизиция.
Механизм был запущен год спустя, в 1234 году, в Тулузе, где были назначены два официальных инквизитора. Любопытно отметить, что их деятельность, согласно папской булле, была первоначально направлена против духовных лиц – свидетельство того, что многие римские священники в действительности тайно сочувствовали катарам. Благодаря папскому эдикту инквизиторы-доминиканцы получали законные полномочия признавать виновными предполагаемых еретиков без какой бы то ни было возможности апелляции – и, таким образом, по сути дела, выносить без долгих разбирательств смертные приговоры. Сжигание еретиков было, конечно, делом не новым. Симон де Монфор и его армия охотно практиковали это с начала крестового похода против альбигойцев в 1209 году. Его действия, однако, были действиями жестокого военного командующего, каравшего по своей собственной инициативе, насаждавшего свой вариант военного суда на завоеванной территории и поступавшего со своими врагами так, как он считал нужным. Теперь же, с папского благословения, механизм массового истребления инакомыслящих был поставлен на официальную законную основу, с формальной санкцией и мандатом, исходящими напрямую от самой высокой власти в католическом мире. Неизбежно, если учесть природу и масштаб затронутого при этом административного аппарата, возникали помехи. Многие клирики завидовали неожиданному могуществу доминиканцев и вместе с тем выказывали некоторую долю сочувствия к катарам, если и не с теологических, то с гуманистических позиций. Неудивительно также, что возникало смешение властных полномочий между инквизиторами и местными епископами. Папа утверждал, что облегчит бремя епископов. На практике же он обходным путем отбирал у них некоторую часть их церковных полномочий, что породило разного рода разногласия, подчас даже открытое негодование. Некоторые епископы настаивали, чтобы требовалось их участие в деле, прежде чем могли осудить еретика. Другие высказывали притязание на право изменять приговор. Иные требовали себе инквизиторских полномочий. В ходе тринадцатого столетия ревности и антагонизму между инквизиторами и епископами суждено было порой принимать острую форму. В теории инквизиционным трибуналам полагалось быть простым дополнением к епископальному трибуналу. На деле же власть епископов постепенно подрывалась. В 1248 году Собор был вынужден угрожать епископам недопущением их в их собственные церкви, если они не будут соглашаться с приговорами, выносимыми инквизицией. В 1257 году папа Александр IV сделал инквизицию независимой, устранив необходимость для нее консультироваться с епископами.
Наконец, в 1273 году папа Григорий X предписал, чтобы инквизиторы действовали во взаимодействии с местными епископами, разделяя с ними власть и ответственность; и впредь это постепенно сделается нормой. Для первого поколения инквизиторов жизнь была не всегда легкой. Иногда она давала обильную возможность, чтобы вкусить от несчастий и тем прославить себя. Например, Гийом Пелиссон, уроженец Тулузы, вступил в доминиканский орден около 1230 года и стал в 1234 году инквизитором, несмотря на свою сравнительную молодость.
Перед своей смертью в 1268 году он сочинил манускрипт, повествующий о деятельности инквизиции в Тулузе между 1230 и 1238 годами. Спустя примерно три четверти века Бернарду Ги – одному из самых выдающихся и печально известных инквизиторов, который выступает в характерной для него роли в романе Умберто Эко «Имя Розы», – было суждено наткнуться на манускрипт Гийома и счесть его достойным того, чтобы размножить. Копия Бернарда сохранилась в архивах Авиньона и проливает свет на превратности и злоключения ранней инквизиции. Гийом пишет с явным намерением, чтобы последующие поколения доминиканцев, равно как и другие благочестивые католики, могли «узнать, какие страдания и сколько их претерпели их предшественники во имя веры и Христа… могли набраться мужества против еретиков и всех других неверующих, и с тем чтобы они могли быть готовы сделать – или, скорее, вынести – столько же или больше, если понадобится… Ибо после многочисленных, бессчетных испытаний, перенесенных терпеливо, набожно и с хорошими результатами блаженным Домиником и братьями, которые были с ним в той земле, истинные сыновья такого отца не должны осрамиться».