Преемник контр-адмирала Фишеля на посту командира 2-й дивизии контр-адмирал фон Притвиц-унд-Гаффон 24 октября поднял свой флаг на борту линкора "Курфюрст Фридрих Вильгельм", но на время продолжительного ремонта своего флагманского корабля с декабря 1901 г. по февраль 1902 г. перешёл па новый линкор "Кайзер Вильгельм II".
24 ноября 1901 г. "Вёрт" вывели из состава 2-й дивизии 1-й эскадры, чтобы первым из кораблей этой серии основательно отремонтировать и модернизировать. В составе эскадры его сменил устаревший линкор "Саксен". В декабре 1-я эскадра совершила зимний поход в датские и норвежские воды, во время которого с 7 по 12 декабря её корабли посетили Христианию (Осло). 1901 г. закончился, и "Бранденбург" перешёл на верфь на текущий ремонт.
Под штандартом кайзера
1902 г.
Деятельность линкоров 1-й эскадры в 1902 г. в основном не изменилась, продолжались маневры и учения. "Курфюрст Фридрих Вильгельм" после продолжительного ремонта лишь 3 марта снова вошёл в состав 2-й дивизии и вновь стал флагманским кораблем младшего флагмана.
25 апреля 2-я дивизия во главе с линкором "Курфюрст Фридрих Вильгельм" в составе 1-й эскадры приняла участие в дальнем походе. Район плавания проходил мимо норвежских фиордов. Затем вокруг северной оконечности Шотландии эскадра направилась в ирландские воды и через пролив Ла-Манш вернулась в Германию. Во время этого похода линкоры посетили Бункрана — портовые ворота Лондондерри, заливы Бантри, Кингстаун — портовые ворота Дублина и 28 мая вернулись в Киль. После этого эскадра начала подготовку к осенним маневрам учебного флота.
В конце июня с линкором "Вейсенбург" произошла авария, впрочем, окончившаяся для него вполне благополучно. Характер аварии в литературе не отражён и широким кругам остался неизвестен, однако на корабле пришлось заменить таран. Чтобы линкор смог принять участие в осенних маневрах, на нём в носовой оконечности временно установили деревянные подкрепления. Маневры прошли без происшествий, однако непосредственно после их окончания, 29 сентября, "Вейсенбург" вывели из состава флота в резерв и заменили новым линкором "Веттин".
По окончании летних и осенниих маневров 10 октября в Вильгельмсхавене "Курфюрст Фридрих Вильгельм" вывели из состава 1-й эскадры в резерв и заменили новым линкором "Виттельсбах". 18 сентября младшему флагману пришлось временно перейти на броненосный крейсер "Принц Генрих", поскольку назначенный флагманским кораблём "Виттельсбах" ещё не вошёл в строй. 23 октября "Бранденбург" также вывели из состава 1-й эскадры в резерв, а экипаж перевели на новый линкор "Церинген", который занял тактическое место линкора "Бранденбург".
В 1902-05 гг. линкоры типа "Бранденбург" один за другим подвергались модернизации на имперской верфи в Вильгельмсхафене с попыткой коренного улучшения расположения противоминной артиллерии. Но всё ограничилось только тем, что среднюю артиллерию всех четырёх кораблей серии увеличили до 8 105-мм орудий. Основную слабость артиллерийского вооружения кораблей, заключавшуюся в расположенной только на шкафуте (средней части палубы) артиллерии среднего калибра, можно было лишь несколько усилить установкой ещё двух 105-мм орудий, но окончательно исправить оказалось невозможным.
Чтобы полностью устранить этот недостаток, первоначально предполагали более радикальную переделку, а именно демонтаж расположенной в середине корабля башни "В" с двумя 280-мм орудиями с тем, чтобы вместо неё установить батарею артиллерии среднего калибра. Но реализация этого предложения выявила такую высокую стоимость, что. как писали газеты того времени, "сами морские офицеры и техники — сторонники этого, ужаснулись".
Корабли все же подверглись некоторым существенным переделкам. При этом произвели замену деревянного покрытия палуб и облицовку помещений, реконструировали котельную установку, увеличили объёмы угольных ям (это было следствием похода в Восточную Азию), установили бронированную кормовую боевую рубку с толщиной стенки 120 мм и крыши 30 мм, переставили надводные торпедные аппараты в подводную часть, что явилось только частью существенного переоборудования кораблей.