При проектировании броненосцев типа "Бранденбург" полагали, как это делали и в других морских державах, что нужно установить главный броневой пояс такой толщины, чтобы он мог выдерживать попадание снарядов любых существующих в то время калибров. Принимая во внимание имеющийся в распоряжении кораблестроителей ограниченный вес брони, пояс должен иметь такие размеры, чтобы можно было применить броню максимальной толщиной в 400 мм. На броненосных кораблях более ранней постройки для бронирования использовали мягкое прокатанное (вальцованное) железо большой толщины. Из-за низкой прочности в 70-е годы его заменили в одних случаях твёрдой прокатанной сталью, а в других так называемой броней-компаунд (стале-железной броней).
Первый из названных материалов имел недостатком повышенную хрупкость, вследствие чего плиты из него при попадании снарядов легко трескались. Напротив, броня- компаунд соединяла в себе лучшие качества ковкого железа и стали. На плиту из ковкого пластичного железа наваривали или же, соответственно, разливали слой стали, так что твёрдая наружная поверхность или отражала, или разрушала снаряд, а мягкая внутренняя часть проявляла повышенную эластичность. Но всё же броня-компаунд не имела свойств позднее появившейся цементированной брони, которую в 1890 г. создал в Германии Крупп (броня Круппа). а в Англии Гарвей.
В проекте броненосцев типа "Бранденбург" заложили броню-компаунд. Но уже во время постройки её частично заменили новой цементированной броней Круппа. В результате из брони-компаунд изготовили: на броненосце "Бранденбург" барбеты башен "А" и "В", на броненосце "Вейсенбург" барбеты башен "А" и "С", на броненосцах "Курфюрст Фридрих Вильгельм" и "Вёрт" оба главных броневых пояса по конструктивной ватерлинии.
Главный броневой пояс выше конструктивной ватерлинии от кормы к носу имел переменную толщину 300-350-400-350-300 мм, ниже конструктивной ватерлинии 180- 200-180 мм при общей ширине всего 2,5 м. Оба пояса установили на 200-мм прокладке из тикового дерева, причём общая толщина брони и прокладки доходила до 600 мм. В носовой части поясную броню для большей прочности соединили с тараном.
На броненосцах "Бранденбург" и "Вейсенбург" оба главных броневых пояса и остальные барбеты на всех кораблях изготовили из крупповской цементированной брони. Таким образом, благодаря применению крупповской цементированной брони толщина главного броневого пояса по конструктивной ватерлинии уменьшилась с 400 до 225 мм. В этом случае, экономия в весе брони приводила либо к уменьшению водоизмещения, либо к увеличению площади бронирования. Исходя из заданных условий, появилась возможность использовать большую часть водоизмещения на бронирование, а не на вооружение. Распределение веса брони, артиллерии и боеприпасов имело следующее соотношение. Вес броневой защиты корабля составлял 3174 т или 31,7% нормального водоизмещения, артиллерии и боеприпасов 1151 т или 11,5%.
Небронированные части борта защитили проходящей ниже ватерлинии бронированной палубой, коффердамами (узкими боковыми проходами) и угольными ямами, а также пробкой и частыми водонепроницаемыми переборками.
Броненосец типа "Бранденбург" . (Продольный разрез и план с указанием бронирования).
Между промежуточной палубой и расположенной ниже палубной платформой за главными броневыми поясами на протяжении IV-VII отсеков с каждого борта расположили два достаточно широких коффердама, внешний и внутреннй. Они служили камерой расширения при взрыве пробивших главные броневые пояса крупных снарядов, а их стенки в качестве противоосколочных переборок. Эти переборки дополняли бортовую броню и защищали внутренние части корабля от давления газов и действия осколков. Между внутренними коффердамами и котельными отделениями, занимавшими VI и VII отсеки, расположили угольные ямы, дополнительно защищавшие от проникновения осколков.
Логическим дополнением системы бортового бронирования явилась установка сплошной 65-мм средней (бронированной) палубы, расположенной ниже верхней. Верхнюю и промежуточную палубы также сделали сплошной из стального листа толщиной 8-12 мм. Таким образом, средняя палуба являлась главной бронированной палубой корабля. прикрывающей котлы, машины, погреба боезапаса и торпедное вооружение. Для защиты от продольных попаданий снарядов в середину корабля в носовой и кормовой части установили поперечные переборки толщиной 50-120 мм (три слоя 40-мм стальных плит).