По ходатайству Д.Ф.Трепова за ним полностью сохранялась полученная им из сумм департамента полиции пенсия в 7 тысяч рублей в год. Кроме того, Рачковскому разрешено было помимо государственной службы состоять еще и в качестве советника по административным делам при металлургическом обществе Гута Банкова . Жалеть об этом Д.Ф.Трепову не пришлось, так как вскоре выяснилось, что он не ошибся в своем выборе. П.И.Рачковский действительно показал себя деятельным и знающим сотрудником. 2 июня 1905 года по представлению Трепова П.И.Рачковский был откомандирован в его распоряжение с поручением ему надзора за розыскной деятельностью и производством в Департаменте полиции дел о государственных преступлениях. 4 июля новое положение Рачковского было упрочено поручением вступить в исправление должности вице-директора Департамента полиции с предоставлением ему права подписи и скрепления бумаг за директора [119]. Наконец, по представлению все того же Трепова 27 июля 1905 года директор Департамента полиции и вовсе был освобожден от заведывания делами, относящимися до государственных преступлений и розыска по ним, с возложением этих обязанностей на П.И.Рачковского. В связи с этим Рачковский получил весьма широкие права; 1) руководства розыском по делам о государственных преступлениях, осуществляемых на месте охранными отделениями и чинами отдельного корпуса жандармов; 2) надзор за производством чинами Корпуса жандармов и Департамента полиции в порядке 1035 ст. Уст. Уг. судопроизводства дознаниям по делам о государственных преступлениях; 3) надзор за осуществлением на местах гласного надзора над лицами сему надзору подчиненных , и негласного за лицами сомнительной благонадежности ; 4) вопросы, связанные с учреждением и устройством на местах органов политического розыска; 5) участия в особом совещании по делам об административной высылке, на правах его члена [120].
Опираясь на эти полномочия, Петр Иванович продолжил прерванную ранее, по независящим от него причинам, практику воплощения в жизнь своей старой идеи о необходимости внедрения секретных агентов во все революционные кружки и партии как необходимое условие политического сыска. Главной, целью его усилий был разгром террористической деятельности партии эсеров, в рядах которой наряду с известным Е.Ф.Азефом успешно подвизался в это время его агент Н.Ю.Татаров [121].
Весной 1905 года через Азефа Рачковский достал список всех нелегальных паспортов, выданных ЦК своим членам, работавшим в России. Рассылая список, Рачковский велел этих лиц не трогать без его ведома [122].
Благодаря бдительности П.И.Рачковского, были предотвращены террористические акты против генерала Д.Ф.Трепова, великих князей Владимира Александровича и Николая Николаевича, другие антиправительственные акции. Обращает на себя внимание гибкость, которую продемонстрировали в сложной обстановке лета и осени 1905 года П.И.Рачковский и Д.Ф.Трепов. Мне не совсем понятно, - писал об этом А.В.Герасимов, - но Рачковский явно повел кампанию за уступки.
На словах он стоял за монархию, за самодержавие, а на практике поддерживал предложения в пользу реформ. Ход его мыслей, примерно, был такой. Унинерситетская автономия - одно из главных требований интеллигенции. Если дать автономию - то удастся успокоить, удовлетворить эту интеллигенцию. Конечно, отрицательная сторона заключалась в том, что при автономии в университете начнутся сходки и митинги. Но, в сущности, это даже хорошо. Ибо студенты тотчас отойдут от революции, и полиции будет легко повести борьбу с революционным движением.
Так думал Рачковский, не раз развивая свой план [123].
Все симпатии его были теперь на стороне С.Ю.Витте, стоявшего на той точке зрения, что лучше всего договориться с интеллигенцией и торгово-промышленными кругами о совместной борьбе против подымавшейся анархии. А.В.Герасимов констатирует: "С разных сторон я получал сообщения, что он развивает большую деятельность, посещая всевозможных высокопоставленных лиц и ведя с ними различные политические беседы. Особенно часто посещал он С.Ю.Витте" [124].