В 559 г. до н. э. Кир провозгласил независимость Аншана от Мидии. Астиагу, который правил в мире уже четверть столетия, не хотелось ввязываться в войну, и сделал он это поздно и неэффективно. Экспедиция, неохотно посланная в Персию, была легко разбита Киром, который затем выстроил крепость Пасаргады – «Крепость Персии» – на месте победы. Этот город, расположенный в самой глубине страны, более чем в 200 км от Персидского залива, послужил ему новой столицей.
Набонид из Халдеи был обрадован новыми событиями. Хотя со времен падения Ассирии Вавилония и Мидия жили в мире, Мидия оставалась крупнейшим северным и восточным соседом и представляла собой потенциального врага в будущем. Набонид поощрял Кира, чувствуя, что этим путем помогает вовлечь Мидию в долгую гражданскую войну с неопределенными результатами, которая обескровит страну и сделает ее слабой. Он даже не упустил возможности маленькой личной выгоды. В 553 г. он захватил Харран, свой родной город и важный центр поклонения Сину, у занятого Астиага.
Однако Набонид просчитался. Гражданская война не стала ни кровавой, ни невыносимо долгой. Кир постепенно завоевывал преданность других персидских племен, перетягивая империю все больше и больше к себе скорее дипломатией, чем войной. Наконец в 550 г. он выступил походом на Экбатану, мидийскую столицу, примерно в 480 км к северу от Аншана. Астиаг был легко побит, и Кир перенес столицу в Экбатану. Теперь он стал неоспоримым правителем Мидии, известной с тех пор под именем Персидской империи.
Так пала Мидия, первая из четырех великих держав, которые разделяли между собой цивилизованный мир, когда Набонид стал царем. Набонид был, должно быть, огорошен полной и почти бескровной победой Кира. Быть может, однако, он утешался мыслью, что Кир теперь удовлетворил свои амбиции; что на мидийском троне он будет стремиться к дальнейшим завоеваниям не больше, чем сами мидийские цари. По-видимому, он действовал в соответствии с этой теорией, ибо в годы после падения Мидии он занялся какими-то таинственными делами в пустынных районах к юго-западу от Халдеи. Быть может, то была экспедиция за антиквариатом.
Но если Набонид рассчитывал на пацифизм Кира, он рассчитал неверно.
Следующей на очереди была Лидия, тогда под управлением Креза, богатство которого сделало его легендарным. Крез сам сыграл на руку Киру, объявив Персии войну. Согласно легенде, Креза побудило к этому предсказание оракула, гласившее, что, если он начнет наступление, падет великое царство. И оно пало – его собственное. В 557 г. до н. э. вся Малая Азия оказалась в руках Персии и Кир уже правил величайшей (по территории) империей, которую когда-либо видел Запад.
Когда Лидия подверглась нападению, Набонид понял, что его расчеты его обманули. Он пытался объединиться с Египтом, чтобы подать помощь Лидии, по помощь оказалась неэффективной. На самом деле она была хуже чем бесполезной, ибо дала Киру все необходимые поводы обратиться против Халдеи.
В 539 г. наступил финал. Набонид, неспособный к активным военным действиям, поручил оборону города сыну Валтасару, но не было обороны, о которой стоило бы говорить. Кир был мастером психологической войны и сумел договориться со жрецами Мардука, которых недовольство Набонидом легко привело к предательству.
Так Кир получил мощную пятую колонну в самом городе, который и сдался практически без выстрела. Библейская книга Даниила говорит, что Валтасар пировал, даже когда персы готовились штурмовать город, но этот рассказ несправедлив к несчастному полководцу. Он вел свои войска так хорошо, как мог, и погиб в схватке за стенами города. Набонид был сослан далеко на восток, и Халдейская империя пришла к концу всего через восемьдесят лет после того, как была воздвигнута.
Кир выполнил условия сделки. Как только он вошел в Вавилон, он сразу вернул жрецам Мардука подобающее, по их мнению, место. Более того, он сам намеренно взял на себя обычные жреческие функции вавилонского царя и показал себя как смиренный служитель Мардука. В результате жрецы щедро расхвалили его и удержали город от восстания после его ухода.