Следует отметить, что не всегда можно было точно определить разграничение прав и обязанностей Госбанка и Стройбанка. Существовало некоторое дублирование, в некоторых случаях наблюдалось стремление переложить часть функций на своего напарника. Госбанк имел более разветвленную филиальную сеть, чем Стройбанк, в силу чего кредитование и финансирование некоторых предприятий и объектов вынужден был брать на себя Госбанк. В 1980-е гг. появились мнения, что необходимо далее продолжить централизацию банковской сферы, присоединив Стройбанк к Госбанку. А в рамках единого банка («мегабанка») углубить специализацию отдельных подразделений и продолжить расширение филиальной сети. Глубокого обоснования эти планы не получили, поскольку началась «перестройка».
Был еще третий государственный банк – Банк для внешней торговли (Внешторгбанк), который занимался кредитованием внешней торговли, международными расчетами, а также операциями с иностранной валютой, золотом и другими драгоценными металлами. Внешторгбанк был призван обеспечивать государственную валютную монополию, начало которой положил Декрет СНК РСФСР от 22 апреля 1918 г. «О национализации внешней торговли». Формально Внешторгбанк везде именовался как «акционерный банк». Но фактически единственным его акционером был Госбанк СССР. Поэтому Внешторгбанк воспринимали как структурное подразделение Госбанка. Руководитель Внешторгбанка одновременно был заместителем председателя Госбанка.
Государственная монополия и централизация управления ДКС начала размываться в ходе «перестройки» под видом реорганизации банковской системы. На первом этапе (1987 г.) реорганизации была создана новая структура государственных банков. Центральное место в системе по-прежнему занимал Госбанк СССР. Предполагалось отделить эмиссионную функцию от функции кредитования хозяйства. Функции кредитования предприятий и организаций были переданы ряду специализированных банков: Промышленно-строительному банку (Промстройбанк), Агропромышленному банку (Агропромбанк), Банку жилищно-коммунального хозяйства и социального развития (Жилсоцбанк), Банку трудовых сбережений и кредитования населения (Сбербанк), Банку внешнеэкономической деятельности (Внешэкономбанк). Промстройбанк был создан на базе Стройбанка, а Внешэкономбанк – на базе Внешторгбанка. Было немало противников подобного рода реорганизации, которые предупреждали, что она создаст серьезные издержки для экономики. Было немало коллизий в связи с тем, что у ряда специализированных банков не было необходимой материально-технической и кадровой базы на местах. Шел передел филиальной сети в первую очередь сети Госбанка и в меньшей степени Промстройбанка. Пришлось вернуться к системе межбанковских расчетов. Резко возросли издержки денежного обращения и денежных расчетов, стал расти банковский аппарат, общие расходы на заработную плату. Госбанк стал заниматься только распределением ресурсов на верхнем уровне, не имея возможности воздействовать на выполнение кредитных планов.
В 1988–1989 гг. были приняты законы, разрешившие создавать кооперативные и частные коммерческие банки. Правительство заявило, что в стране создается двухъярусная банковская система. В 1988–1989 гг. в Советском Союзе были зарегистрировано 150 кооперативных и коммерческих банков. Уставные капиталы этих банков были сформированы в основном за счет средств промышленных предприятий, получивших большие «рыночные» свободы в части распоряжения своими денежными фондами. Несколько специализированных государственных банков (самый крупный из них – Промстройбанк) были акционированы и приватизированы, многие их филиалы превратились в самостоятельные коммерческие банки. На 1 января 1992 г. в стране действовало 1414 коммерческих банков, из которых 767 были созданы на базе бывших специализированных банков и 646 образованы вновь. Крупных банков (с уставными капиталами свыше 200 млн. руб.) среди них было всего 24. Почти 3/4 всех банков (1037) относились к категории мелких (уставной капитал от 5 до 25 млн. руб.).
Централизация управления ДКС была окончательно разрушена в 1990 г., когда в РСФСР был создан самостоятельный Государственный банк. На территории РСФСР возникло «двоевластие», которое закончилось лишь в 1992 г. После развала СССР Государственный банк СССР был упразднен, а Государственный банк РСФСР вскоре был преобразован в Центральный банк Российской Федерации (Банк России).