Пока экипажи «Кондоров» занимались обычной боевой работой, в среде высшего военного руководства Германии развернулась настоящая война за контроль над I/KG 40. 7 февраля 1941 г. рейхсмаршал Герман Геринг (Hermann Goring) потребовал от Деница вернуть группу под контроль люфтваффе, мотивируя свое требование известным аргументом: «Все, что летает — мое!» Кроме того, Геринг требовал прекращения полетов FW 20 °C западнее 25 градуса, поскольку дальше «Кондоры» не могли нести бомбовую нагрузку, a I/KG 40 являлась, по мнению рейхсмаршала, прежде всего бомбардировочной частью. Четыре дня спустя Герингуудалось добиться своего. По приказу Гитлера I/KG 40 подчинили 3-му воздушному флоту, точнее — созданному в его составе штабу командующего авиацией Атлантики (Fliegerfuhrer Atlantik), который возглавил оберст-лейтенант Мартин Гарлингхаузен (Martin Harlinghausen). В то время I/KG 40 насчитывала 29 самолетов FW20 °C.
В феврале 1941 г. экипажи I/KG 40 добились еще более впечатляющих успехов, потопив 22 судна (84515 брт) и повредив 14 (70747 брт). В том же месяце, несмотря на возвращение группы в ведение люфтваффе, впервые удалось организовать наведение «волчьей стаи» субмарин на обнаруженный «Кондором» конвой. 22 февраля пять подлодок по наводке авиации нанесли удар по конвою ОВ 288, потопив 9 судов (42282 брт). Все эти успехи были достигнуты ценой минимальных потерь — группа лишилась двух FW20 °C-3.
С марта 1941 г. ситуация на океанских коммуникациях начала кардинально меняться. На судах противника были существенно усилены зенитные средства, практически прекращено следование их поодиночке — только в составе конвоев, что делало транспорты менее уязвимыми от атаки с воздуха даже при отсутствии кораблей эскорта. В течение трех весенних месяцев «Кондоры» отправили на дно 16 судов (90371 брт). В марте самолеты I/KG 40 выполнили 55 боевых вылетов, потеряв одну машину, разбившуюся 18 марта у Бреста. А вот в апреле потери резко возросли — из боевых вылетов не вернулись четыре FW 20 °C, причем три из них погибли последовательно в течение трехдней- 16,17и 18апреля. Кроме того, еще два «Кондора» уничтожили на аэродроме Бордо-Мериньяк британские «бомберы». Правда, и активность I/KG 40 была выше — в апреле ее экипажи выполнили 74 боевых вылета. Одна машина погибла в следующем месяце — 19 мая кавалер Рыцарского креста обер-лейтенант Ганс Бухгольц (Hans Buchholz) пытался атаковать транспорт «Умгени», но был сбит зенитчиками.
Два «Кондора» были сбиты в июне. Наиболее значительным успехом, достигнутым группой I/KG 40 в том месяце, стал налет пяти FW 20 °C-3 на конвой HS 65 в 350 км западнее побережья Португалии. Итогом стало уничтожение или повреждение восьми судов. Однако ПВО конвоя оказалась достаточно сильной, и три «Фокке-Вульфа» получили попадания. Экипажу обер-лейтенанта Вестерманна (Westermann) удалось дотянуть до побережья Португалии, но при вынужденной посадке машина разбилась, а все, находившиеся на борту, погибли. Обер- ефрейтор Мейсснер (MeiBner) смог посадить свой «Кондор» в Испании, на аэродроме Навио. Через несколько недель в результате дипломатических усилий самолет и экипаж смогли вернуться во Францию. Наконец, третья машина, которую вел обер-ефрейтор Видманн (Widmann), несмотря на полученные повреждения, благополучно достигла Бордо. 30 июня над Атлантикой был потерян FW 20 °C-3/U1, оборудованный экспериментальной РЛС «Эхолот» фирмы «Атлас».
Хотя Геринг и считал «Кондор» прежде всего бомбардировщиком, суровые реалии войны вынудили с июля 1941 г. сосредоточить усилия I/KG 40 на разведке — возросшая эффективность ПВО конвоев сделала бомбовые удары по ним весьма рискованными для маломаневренных «Фокке-Вульфов». Наращивание поставок самолетов промышленностью (хотя, по сути, производство FW 200 всегда оставалось малосерийным) позволило значительно повысить активность I/KG 40: если в первой половине 1941 г. на задания ежедневно отправлялись в среднем два «Кондора», то к концу лета это количество удалось довести до восьми. Изменился и основной район применения FW 20 °C — вместо западных подходов к Британским о-вам они теперь действовали, в основном, на трассах конвоев Гибралтар-Англия. Погодные условия в этом районе были существенно лучше, меньшим было и расстояние от базы Бордо-Мериньяк. Дополнительным фактором, способствовавшим увеличению эффективности воздушной разведки морских коммуникаций, стало тесное взаимодействие с абвером, агенты которого на Пиренеях сообщали о передвижениях судов и конвоев.
