Кроме основных полков, в училище еще существовало до четырех учебных авиационных полков. Авиационно-технические базы и учебные полки располагались не только в Ейске, но и в Буденновске, Таганроге, Миллерово, Зернограде, Егорлыкской, Батайске, Погорелово. В последующем, Таганрогский учебный полк был выведен в самостоятельную единицу, на базе которого с 1989 г. проходили переподготовку на боевые Су-17МЗ летчики, в том числе и выпускники Ейского авиационного училища.
В 1992 г. из стен училища вышел крайний выпуск летчиков. В стране началось закрытие военных ВУЗ-ов. Спасением альма-матер стало перепрофилирование ее на обучение специалистов по управлению воздушного движения.
И все же, Ейское училище было упразднено, хотя на его базе и создали филиал Качинского высшего военного авиационного училища летчиков. В марте 1995 г. Ейская альма-матер переходит в переподчинение Краснодарскому высшему военному авиационному училищу имени Серова. У школы появилось новое имя: Ордена Ленина имени дважды Героя Советского союза летчика-космонавта СССР В.М. Комарова филиал КВВАУ. В 2000 г. училище вновь переподчиняют, оно становится филиалом Военно-воздушной Краснознаменной ордена Кутузова академии имени Ю.А. Гагарина.
1 января 2005 г. в жизни училища происходит очередной переломный поворот. ЕВВАУЛ (военный институт) им. Дважды Героя Советского Союза летчика-космонавта СССР В.М. Комарова становится самостоятельным учебным заведением. Но не надолго. Уже в 2008 г. ЕВВАУЛ опять становится филиалом: в рамках реформы по оптимизации сети военных образовательных учреждений, училище реорганизовано и присоединено ко вновь созданному ФГВОУ ВПО «Военный учебно-научный центр Военно-воздушных сил «Военно-воздушная академия им. Н.Е. Жуковского и Ю.А. Гагарина».
Су-7Б на Таганрогском аэродроме
Самолет Су-17, установленный на постаменте в Ейске
2011 г. стал для Ейского училища крайним. Согласно приказу МО РФ филиал ФГВОУ ВПО «Военный учебно-научный центр Военно-воздушных сил «Военно-воздушная академия имени профессора Н.Е. Жуковского и Ю.А. Гагарина» в городе Ейск должен был быть ликвидирован. 1 сентября 2011 г. в стенах легендарного училища прошло прощание со знаменем. Оставшихся курсантов перевели в филиал ВУНЦ ВВС «ВВА» в Краснодаре, где они продолжили обучение на факультете боевого управления авиацией и управления воздушным движением. А с сентября 2013 г. факультет перешел в подчинение филиала ВУНЦ ВВС «ВВА» (г. Челябинск).
Стоит сказать, что задолго до этого, еще в 1993 г., согласно решению Министра обороны П.С. Грачева, Ейское высшее военное училище летчиков, планировали передать в состав Военно-морского флота. Но со сменой руководства в Министерстве обороны, этим планам не удалось сбыться. И все же, «морская эра» для училища вновь открылась в 2005 г., когда решением Президента России для создания собственного центра морской авиации была выбрана база Ейского училища. Так было положено начало для новой страницы, возврат к морским истокам.
В 2009 г. началась активная фаза перевода состава расформированного 444-го Центра боевого применения и переучивания летного состава в Острове и 859-го Учебного центра морской авиации Черноморского флота в Каче, с объединением их в 859-й Центр боевого применения и переучивания летного состава Морской авиации ВМФ РФ. С 2010 г. в Ейске, как и в 1930-х гг., снова началась стройка: капитально перестраивается аэродром, начинается сооружения тренажера палубной авиации – наземноиспытательного учебно-тренировочного комплекса корабельной авиации. Возводятся новые здания управления воздушным движением, новые стоянки, укрытия для авиационной техники, открываются новые классы. И хотя сегодня это не летная школа, здесь снова учат летать! Пусть не птенцов. Здесь растят Альбатросов, занимаясь переподготовкой летчиков и летно-технического состава Морской авиации России.
За помощь в подготовке материалов выражаем огромную благодарность заместителю начальника Ейского гарнизона по воспитательной работе подполковнику Д. А. Дзюма, научному сотруднику ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия им. Н.Г. Кузнецова» Г.Э. Вабищевич и заведующему музея истории 859 ЦБП и ПЛС МА ВМФ, Ейского ВВАУЛ им. В. М. Комарова В. В. Тишкину.