В осенне-зимний период 1943 г. полк принимал активное участие в киевской наступательной операции по форсированию реки Днепр, завоеванию плацдарма на правом берегу и освобождению г. Киева. Летчики выполнили свыше 500 боевых вылетов, сбили 18 немецких самолетов и потеряли один.
В начале 1944 г. в расположение полка прибыло большое пополнение летного состава и несколько новых самолетов Ла-7. На аэродроме базирования проводилась подготовка и обучение молодых летчиков до 10 марта. В это время полк участие в боевых действиях не принимал.
Весной и летом 1944 г. летчики участвовали в крупных операциях советских войск в составе первого Украинского фронта. Во время боев Проскуровско-Тернопольской и Львовской операций было выполнено 1314 боевых вылетов, сбито 32 немецких самолета и потеряно 5.
На основании Приказа Верховного Г лавнокомандующего от 8 апреля 1944 г. за мужество и героизм, проявленные в борьбе с немецкими захватчиками и за освобождение г. Черновцы 41-му гвардейскому истребительному авиационному полку присвоено собственное наименование «Черновицкий».
Осенью 1944 г. советская территория была полностью освобождена от фашистских войск и восстановлена государственная граница СССР. Боевые действия перенеслись в Европу. Личный состав 41-го гвардейского полка в январе 1945 г. содействовал войскам первого Украинского фронта в удержании и расширении плацдарма за Вислой в районе польского г. Сандомир, выполнив 437 боевых вылетов.
В конце января 1945 г. полк перебазирован на территорию Германии на аэродром Гроссштайн где по-прежнему действовал в составе 2-й воздушной армии первого Украинского фронта.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 февраля 1945 г. за образцовое выполнение задания командования на фронте 41-й гвардейский истребительный авиационный полк награжден орденом Кутузова III степени.
В период с января по май личный состав участвовал в важных операциях советских войск в Краково-Ченстоховской, Брической и Берлинской. Даже после капитуляции Германии в мае 1945 г. летчики полка продолжали воевать с врагом. В период с 9 по 11 мая двенадцать экипажей наносили бомбовые удары по подвижным частям гитлеровской армии на территории Чехословакии, пытавшимся прорваться в Германию. В общей сложности выполнено 416 боевых вылетов, в которых потеряно 3 самолета.
По итогам Великой Отечественной войны летчиками 41-го гвардейского истребительного авиационного Черновицкого полка в воздушных боях сбито 299 самолетов, 91 поврежден, 35 уничтожено на аэродромах. На земле уничтожено около 150 танков, 3210 бронемашин и автомашин с пехотой, 14 железнодорожных эшелонов, 19 паровозов, около 10000 немецких солдат и офицеров. Кроме того, уничтожено около 100 орудий с расчетами и 232 зенитных орудий и пулеметных точек. Потери составили 51 самолет и 45 человек летного состава.
За героизм и отвагу, проявленные в боях с немецко-фашистскими войсками, 8 человек удостоены звания Героя Советского Союза и 684 человека награждены орденами и медалями.
После разгрома немецко-фашистских войск, Советский Союз вступил в войну с империалистической Японией. 5 июня 1945 г. 2-я эскадрилья полка в составе 12 экипажей и технического персонала под командованием гвардии капитана Б.А. Кукурузова была откомандирована в 18-ю Воздушную Армию на Дальний Восток, где принимала участие в разгроме частей Квантунской армии.
Истребители МиГ-15 на аэродроме Канск-Центральный после перебазирования из Азербайджана
Заместитель командира полка гв. майор В.А. Прудников перед контрольным полетом с молодым летником
В послевоенный период полк оставался на аэродроме Гроссштайн в составе 5-й истребительной авиационной дивизии 2-й Воздушной Армии в составе Группы советских оккупационных войск в Германии (ГСОВГ). Проводилась активная подготовка летного состава на самолетах Ла-7. Вновь прибывшие молодые летчики проходили обучение и получали допуск к самостоятельным полетам. Более опытный состав продолжал оттачивать технику пилотирования, проводил стрельбы по воздушным и наземным целям. Также выполнялись полеты в СМУ и полеты ночью на самолете По-2.