Контрольные испытания, завершившиеся 25 апреля 1960 г. в Геленджике, показали, что самолёт с доработанными воздухозаборниками обеспечивает возможность взлётов и посадок при высоте волны зыби до 0,8 м и ветровой волне 1,2 м при скорости ветра до 16 м/с. Однако, как и следовало ожидать, тяга двигателя еще больше снизилась, уменьшилась максимальная скорость, потолок, дальность полёта. Однако самолёты, поступающие в части, решили не дорабатывать.
Самолёт Бе-10 строился, доводился и испытывался шесть лет. Одновременно выпускались серийные машины. С 1958 по 1961 г было построено 27 летающих лодок.
Летом 1959 г. к переучиванию на Бе-10 приступила вторая эскадрилья 977 омдрап авиации ЧФ. На Чёрное море выбор пал не случайно: благоприятные гидрометеорологические условия; возможность эксплуатации самолёта в течение круглого года, близость к ОКБ и серийному заводу и др.
Оптимизм лётчиков-испытателей относительно простоты эксплуатации Бе-10 оказался преувеличенным и в полной мере относился только к его пилотированию в воздухе.
Самолёт оказался сложным на взлёте и посадке, таил массу неожиданностей, и для переучивания следовало отбирать лётчиков с высоким профессиональным уровнем.
Обучение лётчиков затруднялось отсутствием второго управления, и в процессе показных полётов обучаемый просто располагался за спиной инструктора.
Как и все летающие лодки, Бе-10 нуждался в сложном обеспечении. Буксировка самолёта на перекатном шасси по аэродрому производилась трактором, для спуска на воду применялась лебёдка и трактор. После спуска за 10-12 мин. три водолаза снимали шасси, после чего самолёт за носовые утки или кормовой гак буксировался катером для постановки на бочку или донный якорь.
В обычных полётах по плану боевой подготовки самолёты швартовались к бочкам.
В 1961 г. 977-й омдрап был переименован в 318-й омплап. Летом того же года четыре Бе-10, пилотируемые лётчиками-черноморцами подполковником Н.И. Андриевским, майорами Бо-рисенко, Гордеевым и капитаном По-номаренко, были показаны во время празднования дня ВМФ в Ленинграде. В том же году 6-7 июля Бе-10 демонстрировались на воздушном параде в Тушине. Для их базирования использовалось пресноводное Плещеева озеро (Переяславль-Залесский). Эти показы не остались незамеченными в иностранной печати. В НАТО самолёт получил кодовое обозначение "Ма11оу/(мальва).
В этом же году на гидросамолёте М-10 было установлено 12 мировых рекордов в своём классе, в том числе на базе 15-25 км он достиг скорости полёта 912 км/ч.
Полёты на Бе-10 часто прерывались для доработок. Как при испытаниях, так и в процессе эксплуатации не обходилось без катастроф и аварий. Истинные причины катастроф из-за отсутствия на самолётах средств объективного контроля так навсегда и остались нераскрытыми. Практически все они произошли на взлете.
Скорбный список открывает катастрофа, случившаяся 26 мая 1961г. при выполнении контрольного облёта самолёта Бе-10 лётчиком-испытателем завода № 86 Героем Советского Союза И.Д. Заниным. На разбеге самолёт резко увеличил угол атаки, на малой скорости оторвался от воды, потерял управление, ударился о воду и разломился. Разлившееся на водной поверхности топливо загорелось. Лётчик и штурман Б.А. Головченко погибли, стрелка-радиста подобрал подошедший катер. Предполагали, что катастрофа произошла из-за отката кресла летчика в заднее положение, но всех более устраивало заключение об ошибке лётчика.
14 октября 1961 г. произошла катастрофа самолёта, пилотируемого участником московского воздушного парада майором Гордеевым. Из краткой справки следует, что причиной трагедии послужила ошибка лётчика.
22 мая 1962 г. случилась катастрофа с самолётом, пилотируемым старшим лейтенантом Ю. Беловым. И также причиной посчитали ошибку лётчика.
16 августа 1963 г. - ещё одна катастрофа. В соответствии с плановой таблицей после облёта самолёта командиром эскадрильи капитаном Эля-ном вырулил на взлёт старший лейтенант Ф. Кузьменко. Разбег происходил нормально, но после отрыва самолёт перешёл в набор высоты с большим углом, потерял скорость, свалился на крыло и с креном ударился о воду. Лётчик и штурман погибли. Для расследования причин лётного происшествия прибыл командующий авиацией ЧФ генерал-лейтенант авиации А.А. Мироненко. Как предшествующий, так и последующий опыт свидетельствовал, что руководители подобного ранга, за редким исключением, мешали, а не помогали выявлению истинных причин происшествий - сказывалось психологическое воздействие на подчиненных и желание навязать свою, в наибольшей степени их устраивающую версию. Разбор причин катастрофы может послужить примером не очень объективного расследования. Когда подняли обломки самолёта, то оказалось, что триммер руля высоты установлен перед взлётом на 4 град, на кабрирование (по инструкции 2 град.). Лётчики полка опытным путём установили, что именно на этом самолёте триммер следует устанавливать на 4 град. Таким образом причина была "установлена" - лётчик "перебрал" триммер, и оторвавшись, самолёт перешёл на кабрирование. Не исключено, что причина трагедии заключалась в другом.
