Бомбардировщик оставался достаточно «сырым», ряд существенных недостатков серьезно снижал его боевые возможности. Но наивно было думать, что все дефекты ДБ-3 можно устранить сразу. Поэтому нх дифференцировали на более и менее серьезные, определив очередность ликвидации. Параллельно произвели оценку возможностей совершенствования конструкции, разбив ее на этапы.
Вот так и возникли «стадия А», «стадия Б» и «стадия В». Первую из них намеревались реализовать в 1938 г. Основным на этой ступени являлось внедрение моторов М-86. Этот двигатель являлся дальнейшим развитием М-85. За счет форсирования по наддуву и увеличения степени сжатия удалось поднять взлетную мощность до 960 л.с. Двигатель получил усиленный криво- шипно-шатунный механизм, усовершенствованный нагнетатель, развитое оребрение цилиндров. Он мог работать с винтом изменяемого шага. Хотя М-86 стал немного (на 15 кг) тяжелее, увеличение тяги с лихвой компенсировало это и позволяло поднять взлетный все бомбардировщика.
Кроме этого, «модернизацией А» предусматривалась установка флеттнеров на элеронах, введение фиксации костыля на пробеге, новые колеса с более эффективными двухсторонними тормозами, совершенствование масло- и бен- зоснстем и т. д.
Все это внедрялось не сразу. Первой машиной «серии А», поступившей в НИИ ВВС. стал самолет № 390905 (пятый самолет 9-й серии завода № 39). выпущенный весной 1938 г. Он испытывался в НИИ в июле-октябре 1938 г. Пилотировал бомбардировщик капитан Хрипков. На самолете стояла пара М-86 с винтами ЦКБ-30 диаметром 3.4 м( ранее на всех серийных ДБ-3 монтировали пропеллеры ЦКБ-26). Это тоже были металлические винты фиксированного шага. Поставили их вынужденно, не дождавшись обещанных ВИШ-3 (эти пропеллеры, основанные на лицензии американской фирмы «Гамильтон», тогда только осваивались нашей промышленностью). На капотах моторов от юбок, внедренных на последних сериях 1937 г.. опять вернулись к жалюзи, показавшим себя более надежными в эксплуатации. Упростили системы уборки-выпуска шасси. Поставили новые маслобаки, значительно уменьшив «мертвый» запас масла. Изменили конструкцию кассетных бомбодержателей. Сделали целлулоидное окно из пилотской кабины в бомбоотсек: теперь летчик мог визуально проверить – сброшены все бомбы или нет.

Стоящий на площадке музея ВВС в Монино самолет имеет многие признаки ДБ-3А, в частности, узкий фонарь пилотской кабины и дверцу под ней.
Далеко не все самолеты ранних серий были способны преодолеть рубеж военной приемки Этот ДБ-3А, построенный заводом №18, сдать так и не удалось, и он остался на предприятии в качестве транспортной машины. Он разбился и сгорел у деревни Каверье в Воронежской области в марте 1941 г.
После всех нововведений ДБ-3 прибавил в весе около 100 кг. но характеристики его не упали, а. наоборот, выросли. У земли он уже мог обогнать ЦКБ-30 (хотя всего на 12 км/ч), значительно улучшилась скороподъемность. Правда, все плюсы кончались у рубежа высоты 5000 м. далее данные даже несколько ухудшились. Это объяснялось профилем винтов ЦКБ-30. С винтами фиксированного шага М-86 недодавал фактически около 100 л.с. Срочно требовались пропеллеры изменяемого шага!
По-прежнему критиковали продольную устойчивость, неполную балансировку триммером при полете на одном моторе, неэффективность тормозов, ненадежность гироскопических приборов. При выпущенных щитках рулей «не хватало» для посадки «на три точки».