Значительные трудности возникли в связи с жесткими ограничениями по тепловому режиму ЦВМ и блока связи с РЛС. Так для подготовки самолета к вылету для каждого из них требовался кондиционер (зимой для прогрева ЦВМ в течение 1,5-2 ч теплым воздухом, а при эксплуатации самолета в южных районах - для охлаждения). Впоследствии после ряда усовершенствований и доработок удалось расширить диапазон температур, при которых ЦВМ была .работоспособна.
Количество отказов бортовой РЛС оказалось также значительным, тем более, что ее работоспособность зависела от исправности ЦВМ и блока связи, но имелись недоработки и более примитивного характера (в устройстве стабилизации, поворотном и др.).
Радиогидроакустические буи, после того как они стали применяться, доставили особенно много неприятностей. Наиболее отказными оказались буи РГБ-1, что в значительной степени объясняется их массовым использованием, что и позволило выявить множество дефектов. Тогда решили проверить перед подвеской все буи. Установили, что количество неисправных буев достигает по самой скромной оценке 20-30% (иногда существенно больше в зависимости от завода-изготовителя). Однако трудозатраты на проведение проверок оказались столь значительными, что от них пришлось быстро отказаться и производить проверки выборочно.
К началу 70-х гг. прошло уже почти десять лет с начала разработки ППС "Беркут" и идеологические установки, положенные в ее основу, а также взгляды на предназначение противолодочных комплексов и их тактику претерпели существенные изменения. В связи с этим эйфория, вызванная оборудованием самолета ППС, включающей ЦВМ, после тщательного анализа опыта работы экипажей, уступила место трезвой оценке. Стал очевидным тот факт, о котором многие не любили вспоминать, что радиус действия самолета во многих случаях (за исключением базирования на аэродромах дружественных стран, которые в этот период еще считались с СССР) не обеспечивается и следовательно надо искать выход из создавшегося положения.
Система "Беркут" была ориентирована на "барьерную", пассивную тактику. Самолеты не обследовали район предполагаемого нахождения ПЛ, а должны были долго и упорно ожидать, что она сама выйдет на заградительный барьер. В тоже время было вполне очевидным, что если обследовать некоторую площадь , то можно с меньшей затратой сил попытаться обнаружить ПЛ. Для этого предполагалось площадь предполагаемого нахождения ПЛ покрыть буями, выставленными в шахматном порядке в предвидении, что она "натолкнется" на один из них. Подобный метод постановки буев получил название поля. Однако алгоритмами ППС решение подобной задачи не предусматривалось. Попытка приспособить для постановки поля буев тактической задачи "Галсирование" к успеху не привели так как можно было установить минимальный интервал между галсами не менее 20 км и буи пришлось бы сбрасывать штурманом вручную. Несколько позже, когда самолеты уже эксплуатировались в частях, программы доработали. И только то обстоятельство, что при разработке общего алгоритма ЦВМ осуществлен принцип унификации, другим словами стандартизации алгоритмов и программ, стал возможным переход к реализации задачи автоматического поиска путем постановки полей буев.
Ряд программ, заложенных в ППС , или не работали или не использовались. Вот некоторые из них. Экипаж в случае обнаружения неисправного буя имел возможность после завершения постановки барьера произвести его замену. На практике реализовать это представлялось не только сложным, но и не целесообразным. Через короткое время после постановки барьер терял свою структуру и найти где находится неисправный буй не представлялось возможным.
По мере освоения ППС пришлось вносить и еще массу доработок. Ранее идеология построения ППС ориентировалась на обнаружение ПЛ и нанесение по ней удара торпедами или другим оружием. Это выглядело довольно прямолинейно, если не сказать примитивно. В мирное время возникла еще одна задача, о которой не задумывались и оказавшаяся весьма сложной. В процессе слежения ведется по возможности скрытное наблюдения за ПЛ, изучаются ее физические поля, характер маневрирования. И ни одна программа на это не была рассчитана и пришлось также вносить изменения в программы, рассчитанные на постановку перехватывающих барьеров. И все же постепенно выявлялись упущения разработчиков ППС. Оказалось, например, что масштабы изображения на экране РЛС не позволяют выполнить постановку охватывающего барьера, а при переключении на самый крупный масштаб МПМ изображения буев на экране не воспроизводились
