Протоевангелие начинается с описания того, как будущие родители Марии Иоаким и Анна скорбят о своей бездетности. Начало это перекликается с историей Самуила в Ветхом завете (1 Царств., в еврейском тексте - 1 Самуила), согласно которой у жены Елкана Анны (даже имя обеих женщин совпадает) не было детей, и она скорбела об этом и молилась (молитва Анны появляется и в Протоевангелии). Анна, жена Елкана, дает обет - как и мать Марии - посвятить своего ребенка богу. Итак, общее развитие сюжета заимствовано автором истории о рождении Марии из Ветхого завета. Однако автор не был, по-видимому, иудеем и не знал как следует религиозной жизни Иудеи или, может быть, сознательно игнорировал ее: он писал в то время, когда Иерусалимского храма уже не существовало, основная масса иудеев находилась в рассеянии, писал он для христиан неиудеев, говоривших по-гречески. Несоответствия с бывшей когда-то исторической действительностью его не смущали, он писал историю по законам распространенного литературного жанра, в котором верность действительности была не нужна. А несоответствия и неточности начинаются уже с первых строк: из-за бездетности терпит поношение не только Ацна, но и Иоаким. В истории Самуила попреки направлены только против женщины (у Елкана были дети от другой жены). Характерно, что эти попреки дословно совпадают в обоих произведениях. "Господь затворил твое чрево" - эту фразу автор Протоевангелия прямо включил в свою книгу. В рассказе о родителях Марии Иоакима фактически отлучают от храма, не разрешают ему приносить жертвы, что было невероятно. Но это усиливает драматичность рассказа и противопоставляет Иоакима жестоким иудеям. Иоаким и Анна порознь получают знамение о том, что у них родится ребенок. В истории Самуила его будущей матери возвещает первосвященник. В Протоевангелии знамение непосредственно дает Бог через ангела, здесь использован упомянутый выше мотив из Евангелия от Луки, связанный с рождением Иоанна Крестителя; с точки зрения верующего христианина II в., иудейский первосвященник не мог передавать знамение, исходившее от бога. После рождения Марии Анна произносит благодарственную молитву, которая также имеет параллели с "Книгой Самуила". Наконец, когда Марии исполнилось три года, ее отводят в храм в соответствии с данным обетом. Этот обет заимствован из истории Самуила, но посвящение в храм девочки, которая при этом живет в святая святых храма, история совершенно невозможная. Значит ли это, что автор настолько не представлял себе иудейских обычаев? Ведь он достаточно хорошо знал Ветхий завет. Скорее всего мы имеем здесь сознательное пренебрежение этими обычаями, стремление подчеркнуть, что в истории Марии все было исключительно - и ее пребывание в храме тоже.
В храме Мария оставалась до двенадцати лет. Интересно отметить, что Мария питалась особой пищей, которую ей приносил ангел. Это упоминание - не просто еще одна фантастически-чудесная деталь, за ней стоит представление об "особом" теле и "особой" телесной жизни матери Христа. Автор Протоевангелия перенес на Марию те идеи, которые разрабатывались в христианстве II в. применительно к образу Христа. Уже в Евангелии от Иоанна Иисус говорит своим ученикам, отказываясь от еды: "...у меня есть пища, которой вы не знаете... Моя пища есть творить волю Пославшего Меня и совершить дело Его" (4.32-34). Правда, здесь отказ от земной пищи носит иносказательный характер, но у гностиков существовало учение об особом способе питания Иисуса, связанном с иной, нечеловеческой, телесностью. Так, один из наиболее крупных теологов-гностиков, Валентин, по данным Климента Александрийского, утверждал, что Иисус ел и пил особенным образом, не отдавая пищи (т. е. не перерабатывая ее); сила воздержания была в нем такова, что пища в нем не разлагалась, так как он сам не подлежал разложению. Отголоски этого учения переплелись в истории о рождении Марии с древними языческими верованиями: боги греков пили особый напиток - нектар и питались амброзией. Такое переплетение традиционных мифологических мотивов, мистики, вульгаризованных философских доктрин было характерно для "низовой словесности" и отражало определенные тенденции в развитии христианства.