Собор функционировал в течение приблизительно трех недель. В ходе его работы были проведены три пленарных заседания. Процедура дебатов, проходивших на Соборе, нам неизвестна, но, согласно одному докладу, двенадцать канонов, возможно предложенные папой или ораторами Курии, были отвергнуты. Вероятно, состоялись официальное обсуждение и, без сомнения, значительные дискуссии в перерывах между заседаниями. Есть также причина полагать, что личное влияние Александра в обсуждении вопросов было важным. В любом случае, Отцы Церкви согласились с двадцатью семью канонами, которые затрагивали различные стороны европейской жизни.
Третий Латеранский Собор часто называли выдающимся достижением в карьере Александра, великой конструктивной задачей, выполнению которой он наконец мог посвятить всю свою энергию. В каком-то смысле эта интерпретация Собора представляется правильной. Созванный лишь малое время спустя после завершения церковного раскола, Вселенский Собор под руководством Папы символизировал, как ничто другое, действительное главенство Рима. Однако каким бы выдающимся и важным Собор ни являлся, его не следует рассматривать отдельно от политики всего понтификата. Действительно, необходимость обсудить острые вопросы привела к созыву Собора; эти вопросы были сформулированы на съезде в Венеции, в особенности проблема прежнего схизматического духовенства, чьи дела еще не получили разрешения. Но на Третьем Латеранском Соборе также рассматривались многие вопросы, затрагивающие Церковь в целом, которые, как полагали многие, требовали объединенного действия всей Церкви под руководством лидера, которым был готов теперь стать Александр.
Наученный опытом разногласия, возникшего в результате оспоренных выборов в течение двадцати предшествующих лет, Собор Отцов направил свои первейшие усилия на провозглашение новых правил выборов Папы. В 1059 и 1139 годах вопрос о том, кто имел право принимать участие в таких выборах, был прояснен; он остался для дальнейшего рассмотрения на данном Соборе, чтобы выработать метод сведения в таблицу голосов кардиналов. Собор постановил использовать четкий количественный метод и совершенно отказаться от качественного метода. В связи с этим вопрос о различиях между «maior» и «sanior» частями электората уже не мог возникнуть. Все голоса с этого времени приобретали равный вес, невзирая на ранг кардиналов или тот факт, являлись ли они епископами, священниками или диаконами. Канон четко провозглашал: «Тот без исключения будет признан как понтифик вселенской Церкви, кто получит две трети голосов». Под угрозой отлучения, меньшинство выборщиков должно было принять выбор большинства. При этом нельзя обращаться ни к императору, ни к духовенству, ни к римскому народу.
В целом, Александр продолжил политику, которую вели его предшественники и которая свидетельствовала об уменьшении юрисдикции местных священников, в то же время защищая их обоснованные права. Установление равновесия являлось трудной задачей, но она особенно подходила характеру юриста. Исключая особое положение Константинополя, должность патриарха приобрела действительно почетное значение. Аквилея и Градо обладали этим титулом на Западе. На Востоке только Иерусалим и Антиохия находились тогда под западной юрисдикцией, причем власть над последней периодически оспаривалась Константинополем.
Аналогично, власть архиепископов, тех, которые занимали «первый» престол в стране, уже не являлась проблемой в дни Александра. Такая особая юрисдикция, какой обладал архиепископ, Бекет например, стоящая над другими епископами, устанавливалась только «властью Святого Престола». Митрополиты, однако, оставались по-прежнему ключевыми фигурами в иерархии, а их власть – обширной. При Александре архиепископская юрисдикция могла нормально функционировать только после папской конфирмации выборов и наделения паллием.
В отношении епископата в целом, частые приезды папских легатов обеспечивали довольно регулярное наблюдение за епископскими владениями. Обращения к Риму, так же как и более широкое использование судей-делегатов, неизбежно уменьшили юрисдикцию местных епископов, исполняющих обязанности судьи. Но если Папа ожидал от епископов, что они будут непоколебимы в своей лояльности к Церкви, то также и каноники соборов и приходские священники должны были подчиняться своим епископам. Александр утвердил существующие правила в отношении дисциплины в капитуле и власти архидиаконов.
