Организационно советские войска были представлены соединениями и отдельными подразделениями. Ввиду того что война была в основном войной тактики, главная тяжесть боев ложилась на плечи подразделений, особенно мотострелковых батальонов и рот.
Мотострелковый батальон организационно состоял из трех мотострелковых рот, минометной батареи, пяти взводов (противотанкового, гранатометного и зенитно-ракетного, связи, обеспечения) и батальонного медицинского пункта.
В мотострелковой роте в среднем насчитывалось от 80 до 100 человек личного состава. Организационно она состояла из управления и трех мотострелковых взводов. Мотострелковый взвод состоял из трех мотострелковых отделений и управления взвода. Во взводе было три БМП и БТР.
Боевая практика первых лет войны в Афганистане показала, что огневой мощи батальона для ведения самостоятельных действий было недостаточно. Поэтому при выполнении боевых задач он значительно усиливался огневыми средствами. В состав сил и средств усиления могло входить до роты танков, одна-две артиллерийские батареи, взвод ЗСУ-2-4, инженерно-саперный взвод, одно-два отделения химиков. Кроме того, при выполнении особо важных задач батальон мог поддерживаться артиллерийским дивизионом, 2–3 звеньями истребителей бомбардировщиков, 2–3 звеньями боевых и транспортно-боевых вертолетов.
В ходе боевых действий в Афганистане мотострелковые подразделения оснащались или боевыми машинами пехоты (БМП-1, БМЕ-2), бронетранспортерами (БТР-60пб; БТР-70, БТР-80). Эти машины обладали мощными огневыми возможностями, высокой защищенностью, подвижностью, маневренностью и устойчивостью от оружия противника.
Бронетранспортеры в основном отвечали условиям войны. В то же время в их конструкции были вскрыты существенные недостатки. Вследствие этого бронетранспортер БТР-60пб, поступивший на вооружение советских войск в конце 1960-х годов, в ходе войны был заменен на новый бронетранспортер БТР-70. По внешнему виду, вооружению и компоновке он был аналогичен предыдущему. Обе машины предназначались для транспортировки личного состава на поле боя и для их огневой поддержки после спешивания. Они имели четыре оси и все восемь ведущих колес, благодаря чему обладали высокой проходимостью и способностью с ходу преодолевать различные препятствия. В то же время внесение в конструкцию БТР-70 ряда изменений позволило повысить его боевые характеристики. Так, улучшение качества, увеличение толщины, изменение углов наклона броневых листов повысили пулестойкость корпуса машины в среднем на 2-30 %. Габариты БТР стали несколько меньше, чем у его предшественников. В новом образце с обеих сторон между вторыми и третьими колесами были сделаны боковые десантные люки, что обеспечивало скорость и быстроту спешивания и посадки военнослужащих примерно на 14–20 %. Десант в машине, в отличие от БТР-60пб, был размещен не поперек, а вдоль бортов машины лицом наружу, что позволяло наблюдать за полем боя и вести огонь через лючки и люки в бортах и крыше корпуса. В результате установки на бронетранспортере более мощных двигателей (два двигателя мощностью по 115 л.с.) средняя скорость его движения увеличилась на 15–20 %.
Значительным конструктивным изменениям подверглась система противопожарного оборудования — она стала автоматической. Снижению возможности возникновения пожара в отделении силовой установки также способствовало размещение топливных баков в изолированных отсеках. Такие конструктивные изменения позволили более эффективно использовать бронетранспортеры БТР-70 на поле боя. Однако они все еще оставались малоприспособленными к действиям на сложной горно-пустынной местности.
В последующем с 1985 г. на вооружение войск стал поступать новый бронетранспортер БТР-80. В его конструкцию внесены существенные изменения. Бронетранспортер, который по своему внешнему виду почти не отличался от предыдущих образцов, стал несколько больше своих предшественников. Его длина увеличилась на 115 мм, ширина на 100 мм и высота на 115 мм. Увеличенные габариты позволили на новой машине вместо двух карбюраторных установить один мощный дизельный двигатель, который больше соответствовал условиям горной местности с высокой разреженностью воздуха на перевалах. В результате машина стала более подвижна и маневренна. Повысилась защищенность нового бронетранспортера. На нем была установлена дополнительная противокумулятивная защита, которая предохраняла верхнюю часть корпуса машины от пробоя кумулятивной гранатой. Был учтен отрицательный опыт подрыва машин на минах. Если БТР-60пб, БТР-70 подрывался на мине, то поражение наносилось не только самой машине, но и экипажу. Новый бронетранспортер за счет конструктивных изменений при подрыве на мине только терял колесный редуктор и колесо, а водитель и десант оставались в безопасности.
