Уезды или отдельные районы провинции, как правило, находились под влиянием исламских комитетов одной партии. Наличие в этих местах исламских комитетов более одной партии вело к «междоусобной» борьбе, которая решалась вооруженными действиями группировок различной партийной принадлежности. Известны случаи, когда во втором и третьем периодах боевых действий в Кабульской провинции главари некоторых отрядов предлагали советскому командованию планы совместных действий по ликвидации группировок мятежников другой партийной принадлежности с целью установления личного контроля за определенным районом провинции.
Вооруженные силы оппозиции постоянного состава не имели. В различное время их общая численность колебалась от 40 до 60 тыс. человек. Наиболее крупные формирования, включавшие до 85 процентов войск оппозиции, были сосредоточены в районе Кабула, а также в центральных, северо-восточных, юго-восточных и южных провинциях страны.
Четкой организационно-штатной структуры вооруженные формирования оппозиции, как правило, также не имели, за исключением «исламских полков». «Исламские полки» постоянно находились в приграничных районах Пакистана и Ирана и выходили на территорию Афганистана только для решения конкретных боевых задач, после выполнения которых возвращались обратно. Эти части имели хорошее вооружение, а также единую форму одежды. Так, личный состав одного из «исламских полков», участвовавшего в конце второго периода в боевых действиях в провинции Кунар, имел новейшее автоматическое оружие и был одет в облегченную форму черного цвета.
Большинство лидеров афганской оппозиции считало, что с учетом специфики форм вооруженной борьбы и физико-географических условий районов боевых действий основными организационными единицами вооруженных формирований должны являться небольшие по численности группы и отряды. Действуя методом внезапных ночных налетов и нападений, они способны были наносить ощутимый урон регулярным войскам, подразделениям Царандоя, уничтожать важные военные, экономические и административные объекты.
Боевой отряд (группа) являлся первичной тактической единицей сил вооруженной оппозиции. В ее составе насчитывалось от 15 до 50 человек, в число которых входили командир (главарь), 2–3 его телохранителя, заместитель командира, 3–4 разведчика (наблюдателя), 2–3 боевые подгруппы стрелков (6–8 человек в каждой), 1–2 расчета зенитных пулеметов, 1–2 минометных расчета, 2–3 расчета РПГ и подгруппа минирования (4–5 человек). На вооружении группы состояли различные образцы преимущественно стрелкового оружия: в начальном периоде боевых действий это были винтовки БУР, изготовленные в начале века. В последующих периодах широко применялись автоматы и пулеметы времен 2-й мировой войны и послевоенного периода. Кроме того, в ряде случаев для борьбы с воздушным противником использовались зенитные пулеметы ДШК. В качестве легкой артиллерии применялись 60-мм минометы.
Боевая группа располагалась, как правило, в одном кишлаке, а оружие и боеприпасы прятались поблизости. В зависимости от численности и вооружения группа могла выполнять различные боевые задачи. Основными из них являлись: диверсии на близлежащих коммуникациях (подрыв мостов, трубопроводов, линий электропередачи), а также минирование дорог; нападение на малочисленные гарнизоны войск и административные здания не столько с целью уничтожения, сколько чтобы держать в постоянном напряжении; участие в боевых действиях в составе более крупного формирования. Легкое вооружение обеспечивало группе большую маневренность, а также позволяло осуществлять быстрый выход из боя и отход в случае встречи с превосходящими силами.
Отряд являлся основной тактической единицей сил вооруженной оппозиции. В зависимости от обстановки он мог насчитывать 150–200 человек. Отряд дислоцировался в одном месте (крепости) или же рассредоточивался по одному-два человека в домах жителей нескольких кишлаков. На вооружении отряда, кроме стрелкового, легкого артиллерийского и зенитного вооружения, могли состоять более эффективные системы: 82-мм минометы, противотанковые безоткатные орудия и 14,5-мм зенитные пулеметы.