В 1935 году Галлер провел утвержденную командующим ВМС РККА реорганизацию подводных сил КБФ. Осенью флот имел в своем составе уже три бригады и учебный дивизион. Повседневное руководство ими осуществлял отдел подводного плавания штаба КБФ. 1-я бригада (командир Е. К. Самборский) включала подводные лодки типа П, Л и Щ, предназначалась для действий в Балтийском море. 2-я бригада (командир II. А. Штейнгаузен) имела в своем составе подводные лодки типа Щ и готовилась действовать в основном в Финском заливе. Этот же район должна была осваивать 3-я бригада лодок типа М — «малюток», как их стали называть на флоте. В 1936 году в составе этой бригады было уже 16 лодок. 3-й бригадой командовал А. А. Пышнов. Ему, как и другим комбригам, с введением в РККА в сентябре 1935 года персональных воинских званий, присвоили капитана 1 ранга. Поздравляя его, Лев Михайлович пошутил: «Быть вам вскоре, Александр Александрович, красным адмиралом!» В то время, однако, адмиральские и генеральские звания еще не ввели. Галлер тогда же получил звание флагмана флота 2 ранга, соответствующее адмиралу — одну широкую и три средние узкие золотые нашивки на рукав. Такое же звание получил командующий Черноморским флотом И. К. Кожанов. Высшее в то время на флоте воинское звание флагмана флота 1 ранга было присвоено командующему ВМС РККА В. М. Орлову и командующему ТОФ М. В. Викторову.
К концу года Галлеру удалось добиться создания на КБФ еще одного соединения — Охраны водного района (ОВР), включившего тральщики разных типов, сторожевые и противолодочные катера, принявшего на себя охрану рейдов.
Командир и штаб ОВР взяли под контроль режим плавания и стоянки кораблей и судов в прибрежном районе, стали обеспечивать вход и выход в базы надводных кораблей и подводных лодок, контролировать отсутствие мин на фарватерах и в полигонах боевой подготовки кораблей. ОВР были необходимы тральщики, а их у КБФ оставалось всего два, построенных в 1910 и 1916 годах. Правда, на заводах Ленинграда строились восемь тральщиков: четыре для КБФ, четыре для ТОФ. Галлер добился у Орлова разрешения включить все восемь в состав своего флота. Готовил штаб по указанию командующего и реорганизацию береговой обороны: намечалось создание двух укрепленных районов. В новый, 1936 год КБФ вступал более сильным, более организованным, ожидая скорого пополнения подводными лодками и торпедными катерами. Несмотря на чрезвычайные происшествия на КБФ в прошлые месяцы, результаты боевой подготовки, боевую готовность его Реввоенсовет РККА оценил высоко. В декабре 1935 года флагман флота 2 ранга Л. М. Галлер был награжден орденом Красной Звезды.
О составе, ожидаемом росте, возможностях и задачах, которые сможет решать КБФ в случае войны, Лев Михайлович докладывал в конце года командарму 1 ранга Б. М. Шапошникову, назначенному командующим Ленинградским военным округом. С Борисом Михайловичем Галлер познакомился еще в 1925 году — тогда он в первый раз принял командование ЛВО. Они понравились друг другу: много общего было у командующего округом и начштаба Морских сил. Возраст, срок начала военной службы, можно сказать, одинаковы. Оба прошли, не отлынивая, нелегкую воинскую школу до первой мировой войны: один в полку, другой на линкорах, оба воевали, после революции служили в Красной Армии и Красном Флоте. И еще, это главное, их сближала преданность делу, увлеченность, поиск нового. Планы взаимодействия войск округа и флота Галлер отрабатывал с начштаба округа, но Шапошников и сам часто принимал участие в работе — предлагал свое, спорил, доказывал… Потом выяснилось, что общее у них и в любви к книге, к военной истории. Лев Михайлович показал свою библиотеку: изданные при Петре I морские книги, фолианты описаний путешествий по океанам (многое перешло к нему от дядюшки-географа), «Морские сборники», начиная с самого первого… Было что показать и Шапошникову. А потом, встречаясь, говорили о роли штабов, их организации и методах работы, сравнивали системы проведения маневров и учений в армии и на флоте. Б. М. Шапошников писал «Мозг армии» — три тома этой интереснейшей работы вышли в 1927 и в 1929 годах. Со временем они встали на книжную полку в кабинете Льва Михайловича. А тогда Шапошников давал ему читать отдельные фрагменты, не говоря, что это будет книга… В. А. Белля вспоминал что на первом томе «Мозга армии» была дарственная надпись автора: «Уважаемому Льву Михайловичу — с признательностью».
