Важнейшим моментом концепции разума является методологическое обоснование прав науки, научно-теоретического знания. Наличной нетеоретической формой сознания, с которой приходилось самым серьезным образом считаться, была религия.
Аль-Фараби рассматривает использование разума как специфическую черту философии, отличающую ее от религии.
Связанное с центральной идеей философии аль-Фараби, с идеей разума, разделение философии и религии целиком было воспринято Ибн-Рушдом. Рассматриваемое в исторической перспективе разделение философии и религии составило предпосылку учения о «двойственности истины», антицерковная сущность которой была осознана и оценена в XIII в., когда Фома Аквинский выступил против тех представителей факультета искусств в Парижском университете, по убеждению которых истины, раскрытые в ходе философского исследования, могут противоречить догмам откровения. Нити этого учения ведут к классификации силлогистических искусств аль-Фараби. Эти искусства связаны с теорией в отличие от практической (несиллогистической) деятельности людей (земледелие, скотоводство, мореходство и т. д.). Безусловно, он одобряет первый вид силлогистического искусства — аподейктику, считая, что она дает строго достоверные знания. Далее по нисходящей ступени идут диалектика, дающая «в основном истинные суждения», риторика, дающая «в основном ложные суждения», и, наконец, поэтика, дающая «абсолютно ложные суждения». Философия имеет своим адекватным методом аподейктику, а религия использует все остальные четыре силлогистических искусства, но делает она это не потому, что представляет низшую форму знания по сравнению с философией, предшествующую ей, как это впоследствии говорил Гегель, а, наоборот, потому, что люди, достигнув зрелой ступени философского постижения коренных причин явлений окружающего мира, становятся перед проблемой приобщения «широкой публики» к положениям, выработанным философией. Философ, особенно в качестве правителя, сообщает достоверные истины как бы зашифрованно. Начинается своего рода движение вспять, поскольку эволюция мышления шла от поэзии (в особенности эпоса) к риторике, софистике, диалектике и достигла вершины в философии. В социальной же жизни, когда используются антропоморфные образы и символы, необходимые для практической жизни и обладающие привлекательностью для широких масс, происходит снижение уровня философии. Такие образы представители «порочной», «неистинной» философии пытаются навязать как единственно доказательные, прибегая при этом к софистике и диалектике. Но тогда истинное положение дел искажается, исчезает истина, добытая методом подлинного, аподиктического доказательства, которая является подтекстом, базисом «общепринятого мнения», которое оперирует риторическим и поэтическим искусствами, представляющими истину в образно-аллегорической форме.
Сторонники догматического богословия[11] тоже теоретизируют, используют разум, но используют не с чистосердечными намерениями, а софистически. С точки зрения аль-Фараби, философия как адекватное постижение истины по существу «первее», есть «предшествующее», а религия есть лишь ее образно-символическое выражение. Теологи, выходит, переворачивают реальное отношение философии и религии, ставят телегу спереди лошади, поскольку они демагогически опираются на традиционный комплекс религиозных представлений, «общепринятые мнения» и затем уже используют разум прагматически, в политических интересах.
Религия нужна как порождение философии, как ее пропагандистка, как «подражание философии». Истина религии не в ней, а в философии. Философ, глава добродетельного города, понимает добродетельное поведение как самоцель, позволяющую обрести совершенство и счастье в посюстороннем мире. Теология же паразитирует на слабостях «широкой публики» и обещает за соблюдение «добродетели» в дольнем мире благ в жизни загробной. Совершенно ясен в этом контексте конечный вывод аль-Фараби, смысл которого Ибн-Туфейль уловил в том, что описания загробного счастья — «россказни и бредни старух». В то же время аль-Фараби реалистичен, неоднократно поднимая тему «секретов книг», недопустимости разглашения философских истин среди непосвященных, которые в силу всеобщего фанатизма могут обрушиться на неосторожного мыслителя.