В конце года Сергей Иванович стал лидером вновь созданной умеренно-прогрессивной партии, высказывался за свободу рабочих союзов, собраний и право пролетариата на «мирные» стачки. Он был против введения 8-часового рабочего дня в промышленности, «иначе наши предприятия не выдержат иностранной конкуренции», и вместе с тем требовал увеличить крестьянское землевладение «путем отчуждения за счет государства удельных, кабинетских, монастырских и частновладельческих земель». Затем Четвериков входил в ЦК партии мирного обновления и «Союза 17 Октября». В 1906–1907 гг. возглавлял комиссию по учреждению «Союза фабрикантов и заводчиков». Разрабатывая его устав, он предложил организовать фонд взаимной поддержки предпринимателей, пострадавших от необоснованных забастовок, и сделать нечто подобное для рабочих. Устав не был разрешен цензурой, а его автор попал под тайный надзор полиции. Вершиной же его политической карьеры стало участие в создании перед Первой мировой войной партии прогрессистов, в которую вошли крупнейшие представители российского бизнеса.
В период июльского кризиса 1917 г. Четверикова выдвинули кандидатом на пост министра торговли и промышленности. На объединенном заседании выборного биржевого и купеческого обществ по поводу формирования нового кабинета Сергей Иванович поддержал мнение о необходимости участия представителей торгово-промышленного класса во Временном правительстве. Членство в правительстве в условиях военного и экономического кризиса, считал он, это «не путь к власти и почестям, а путь великой национальной жертвы». Оценивая ситуацию, Четвериков говорил: «Довольно этих высокопарных слов о благе трудящегося народа: грязными руками не берутся за такое чистое дело. Если правительство, правильно угадав настроение страны, объявило, что всякие попытки возврата к царизму оно будет рассматривать как преступление, то оно обязано на эту точку зрения стать и по отношению большевизма.»
Такому человеку не было места в «стране победившего пролетариата». Уже зимой 1918 г. он был препровожден из своего имения в Богородскую тюрьму. Затем Четверикова выпустили на свободу, но в покое не оставили — чекисты периодически устраивали обыски и угрожали расправой. В январе 1919 г. он даже просидел несколько дней в камере смертников в ожидании расстрела. После очередного ареста дочери Сергея Ивановича удалось добиться разрешения властей и забрать отца в свою семью, живущую в Швейцарии.
В октябре того же 1919 г. алтайскому овцеводческому предприятию Четверикова был нанесен непоправимый удар. Хозяйство заняли «красные» партизаны. В результате все служащие разбежались, а уникальные тонкорунные мериносы, оставшиеся без надзора и корма, разбрелись по степям, погибли от холода или попали в котел. Городищенскую фабрику национализировали, а банковский капитал ее владельца конфисковали. «С потерей своего состояния, результата 50-летней деятельности, я примирился, — писал уже ставший глубоким стариком Сергей Иванович, — но уничтожение сибирского овцеводства — это рана, которую донесу открытой до своей могилы».
В эмиграции он занялся литературным трудом. Бывший заводчик и политический деятель работал над мемуарами и написал даже небольшой роман. В своих статьях того времени он выражал надежду, что НЭП станет первой уступкой большевизма и скоро в стране произойдет возрождение промышленности и предпринимательства и главным действующим лицом станет окрепший крестьянин. Статьи были подписаны инициалами — Сергей Иванович опасался за судьбу своих сыновей, оставшихся на родине.
Незадолго до смерти, простив большевикам нанесенные ему личные обиды, Сергей Иванович обратился с письмом к председателю ВСНХ Куйбышеву. В нем бывший заводчик и фабрикант подробно объяснял новым «хозяевам» страны, как восстановить утраченную отрасль народного хозяйства — алтайское овцеводство. Советская власть ответила безразличным молчанием: в преддверии 1930-х гг. ей не с руки было реагировать на откровения «недобитого буржуя».
В 1929 г. Сергей Иванович Четвериков умер в Швейцарии на руках дочери. Его наследники, оставшиеся в России, занимались научными исследованиями и не имели никакого отношения к торговле и промышленности. Один из сыновей Четверикова, Сергей Сергеевич, попал в число основоположников эволюционной и популяционной генетики, создал труды по зоогеографии и энтомологии, а другой — Дмитрий Сергеевич, стал профессором МГУ и работал в области теории вероятностей и математической статистики.
