С этого момента власть перестала быть богоданной. Она теряет прежнюю легитимность и начинает искать новую. В борьбе за освободившийся трон столкнулись Боярская дума, расколовшаяся на сторонников бояр Романовых (родственников первой жены Ивана Грозного) и Бориса Годунова, и Земский собор. На Соборе, собравшемся на патриаршем подворье, Годунов получил поддержку. Боярская дума считала, что лишь она как высший государственный орган может вынести решение о престолонаследии. Не договорившись о конкретной кандидатуре, Дума предложила самому красноречивому своему члену дьяку Щелканову выйти к народу и предложить принести присягу на имя Думы, вводя тем самым боярское правление взамен монархии. Народу эта идея явно не понравилась. Тем временем Собор отправил шествие к Борису в Новодевичий монастырь, где он дал уговорить себя занять престол.
Монархия стала выборной, чего, кстати, в Западной Европе не наблюдалось. Борис Годунов стал первым, но не последним царем, избранным «всей землей».
Правление Годунова, драма которого столь талантливо описана пером Александра Сергеевича Пушкина, было несчастным. Как писал «наш Тацит» (слова Пушкина) Николай Михайлович Карамзин, «Годунов не имел выгоды быть любимым, ни уважаемым, как прежние монархи наследственные. Бояре, некогда стояв с ним на одной ступени, ему завидовали; народ помнил его слугою придворным. Нравственное могущество царское ослабело в сем избранном венценосце». Годунов, выходец из второстепенной ветви старинного московского боярства, так и не сможет изменить восприятие его аристократической элитой — выскочка, недоцарь, «низкий по отечеству».
«Если бы царь Борис Федорович принадлежал к московской династии, любовь подданных, известная ему при жизни, никуда бы не исчезла, а времена его правления хвалили бы за „тишину и благоденствие“», — справедливо замечает современный биограф людей Смутного времени Вячеслав Николаевич Козляков.
«Борис в своей деятельности был преимущественно умным администратором и искусным дипломатом, — отмечал Платонов. — Одаренный мягкой натурой, он не любил военного дела, по возможности избегал войны и почти никогда сам не предводительствовал войском». Борис много времени проводил во дворце, редко выходил к людям, не принимал челобитных. И его власть разрушала стоустая молва, которая заметно оживилась после смерти Федора Иоанновича: Годунову приписывали и его отравление.
«События первого периода Смутного времени, когда в столице и на далекой Украйне шла борьба за московский престол, непосредственно не затрагивали Нижнего Новгорода. Вначале он только видел некоторых потерпевших поражение в этой борьбе. Так, по воцарении Федора Ивановича в Нижний был сослан затеявший какую-то смуту в столице Богдан Бельский, при царе Борисе в 1602 году с июля по октябрь прожили здесь под надзором возвращенные из ссылки кн. Ив. Бор. Черкасский и Ив. Ник. Романов.
Затем начавшееся в 1604 г. волнение среди приволжских казаков, потом поход по Волге самозванца Петра-Илейки уже должны были отразиться на торговых оборотах Нижнего, затрудняя и, может быть, даже временно прекращая торговое движение на Волге», — писал Любомиров.
Дмитрий Николаевич Смирнов, видный нижегородский краевед, представитель известного рода нижегородских купцов и предпринимателей, справедливо замечал: «Годы от 1601 и по начало 1612 были для Нижегородского края, как и вообще для всей страны, длительной порой глубоких потрясений». Первым пришел голод.
Летом 1601 года дожди лили так часто, что, по словам Авраамия Палицына, «все человецы в ужас впадоша». Хлеб не зрел, стоял зеленый, «аки трава». После «Успеньего дня» — 15 августа — ударил «мраз велий» и погубил все посевы. Осенью и зимой люди питались «с нуждою» остатками от предыдущего урожая.
Весною 1602 года семян хватило на посев, но опять залитые дождями они не взошли. Осенью начался «глад великий» и «мроша людие, как и в поветрие моровое не мроша». К следующей весне люди «ядоша всякую листву, траву и мертвечину, и пси, и кошки».
Осенью 1603 года нечем оказалось сеять, цены на зерно взлетели за три года в сто раз. Правительственные меры поддержки не могли спасти многих: государевы закрома быстро пустели и в Нижнем.
