После смерти Ивана Грозного в 1584 году возник конфликт по поводу того, кого ставить на царство — «слабоумного ли Федора или малолетнего Дмитрия». Боярская дума голосами служилых людей разрешила спор, отдав первенство Федору, что создало большое преимущество его тестю, отцу царицы Ирины Борису Годунову, поднявшемуся в годы опричнины. Царь Федор Иоаннович, не воспитанный для трона (предполагалось, что править будет его старший брат Иван, трагически погибший, вероятно, по вине отца), обладал скорее иноческим, чем державным мировосприятием.
При Федоре «худородные» любимцы покойного царя за два-три года были вытеснены могущественными аристократами. Но не им было суждено править. Оттеснив и отправив в почетную и реальную ссылку куда более родовитых Шуйских, Мстиславских, Романовых-Захарьевых-Юрьевых, на первый план вышел Борис Годунов, которому царь Федор, по свидетельству его биографа, на девять десятых передал бразды правления. Все царствование Федора пройдет под знаком острейшего соперничества бояр по вопросу о том, кто из них сменит бездетного монарха (царевич Дмитрий, брат Федора, многими не считался легитимным, поскольку был сыном Ивана Грозного в шестом-седьмом браке, тогда как церковь допускала не более трех).
При Федоре Иоанновиче произошло несколько важнейших событий в российской истории, сыгравших очень большую роль и в истории Смуты.
Прежде всего, это усиление крепостного права через введение заповедных и урочных лет, что, по логике правительства Годунова, должно было помочь преодолеть разрушительные экономические последствия 25-летней Ливонской войны. Поначалу считалось, что заповедные годы, запрещавшие крестьянские переходы, — мера временная, но нет ничего более постоянного, чем что-то временное.
Лишившись легальных возможностей покинуть хозяев, крестьяне начали бегство нелегальное. В сельской местности все чаще и не без оснований говорили о появлении в лесах разбойников, об избиении слугами и холопами их господ. Массы крестьян и холопов устремились на южные окраинные земли, быстро пополняя ряды казачьей вольницы.
Другим важнейшим событием стало утверждение патриаршества. Это явилось следствием многоходовой интриги, которую с успехом осуществили Федор и Борис Годунов.
Вселенский Константинопольский патриарх Иеремия II, занявший престол после свержения его предшественника Феолипта турецким султаном, застал полное разорение, османы даже забрали под мечеть патриарший собор. В этих условиях патриарха, наслышанного о щедрых дарах Федора восточным иерархам, не сложно было заманить в Москву. Там царь и Годунов ему указали на неправильность положения, при котором Русская церковь увенчана лишь митрополичьей кафедрой. Иеремия начал торг: столь драгоценный товар можно было продать лишь один раз. После подчеркнуто любезного официального приема патриарха отпустили на обед и… «забыли» о нем — на несколько месяцев, запретив покидать столицу. Он не выдержал ожидания и согласился… стать патриархом Русской церкви. Федор Иванович и Годунов идею вроде бы одобрили, но… предложили ему обосноваться во Владимире, поскольку в Москве-де уже есть митрополит Иов. Наконец, Иеремия дал себя уговорить.
26 января 1589 года в Успенском соборе был поставлен первый русский патриарх — Иов (даты в книге приведены по старому стилю, для вычисления нового стиля применительно к XVII веку надо прибавить 10 дней). В Соборной уставной грамоте, узаконившей патриаршество, объявлялось, что «ветхий Рим пал от ереси», новый Рим — Константинополь — порабощен безбожными племенами агарянскими (т. е. мусульманами), поэтому третий Рим есть Москва.
Наконец, в 1591 году произошло еще одно — роковое для российской истории — событие: в Угличе при крайне загадочных обстоятельствах погиб 8-летний царевич Дмитрий, страдавший эпилепсией. Народная молва, которую с усердием распространяли и отодвинутые в сторону аристократы, сразу заговорила об убийстве, якобы организованном Годуновым, прокладывавшим себе путь к престолу.
В 1598 году, когда умер царь Федор Иоаннович, пресеклась правившая династия. Это событие само по себе вызвало острейший общенациональный шок и кризис. Как справедливо подчеркивал Ключевский, узлом, связывавшим все отношения в Московском государстве, было «лицо известной династии, и государственный порядок признавался возможным только при государе именно из этой династии. Потому, когда династия пресеклась и, следовательно, государство оказалось ничьим, люди растерялись, перестали понимать, что они такое и где находятся, пришли в брожение, в состояние анархии… Пришлось выбирать царя Земским собором. Но соборное избрание по самой новизне дела не считалось достаточным оправданием новой государственной власти, вызывало сомнения, тревогу».
