Большую часть лета «Атлантис» бороздил южные просторы Индийского океана, не встречая никого, кроме чаек. Наконец, 10 сентября 1941 года он захватил свою 22-ю – и последнюю – добычу, норвежское судно «Силваплана». 21 ноября, совершая посадку после утреннего полета, разведывательный самолет «Атлантиса», получив повреждения, вышел из строя, и произошло это как раз в то время, когда он был больше всего нужен. На следующий день рейдеру предстояло встретиться с подводной лодкой «U-126», чтобы взять на борт горючее. Это была довольно сложная операция, во время которой «Атлантис» становился очень уязвимым. Рандеву состоялось на полпути между Бразилией и Африкой, и ко времени завтрака перекачка горючего началась. В моторном катере рядом с подводной лодкой сидело несколько членов команды рейдера, а капитан «U-126» поднялся на борт «Атлантиса», у которого машины левого борта были разобраны для ремонта.
Неожиданно впередсмотрящий, вглядывавшийся в залитый солнечным светом горизонт, заметил верхушку мачты. Несколько минут спустя немцы установили, что к ним приближается тяжелый британский крейсер «Девоншир», которым командовал капитан Р.Д. Оливер. Мгновенно связывающие два судна тросы были сняты, и «U-126» ушла под воду, оставив своего капитана на борту «Атлантиса». Успели ли британцы увидеть подводную лодку? Из поспешно отсоединенного рукава по воде вокруг рейдера радужным пятном разлилось горючее. «Атлантису» оставалось одно: начать переговоры и, затягивая время, постараться ввести противника в заблуждение и заманить его в зону, где его смогут достать торпеды «U-126».
Но капитан Оливер был очень осторожен. За исключением вентиляторов и еще кое-каких частей этот разливший вокруг себя горючее корабль соответствовал данному Адмиралтейством описанию неуловимого рейдера. Поэтому, попеременно меняя курс и держась за пределами досягаемости торпед, он приблизился к «Атлантису» и двумя выстрелами захватил в артиллерийскую вилку.
С рейдера радировали, что судно называется «Полифем». Капитан крейсера послал запрос главнокомандующему в Южной Атлантике: мог ли встретившийся им корабль оказаться настоящим «Полифемом»? Почти целый час «Атлантис», лежа в дрейфе и мягко покачиваясь на волнах, тянул переговоры. Капитана Рогге не оставляла надежда, что «U-126» подкрадется к крейсеру и выпустит торпеду. Но старший офицер на подводной лодке вместо этого приказал оставаться около рейдера. В 9.34 был получен ответ главнокомандующего в Южной Атлантике: «Нет – повторяю – нет!» Минуту спустя «Девоншир» открыл огонь. После третьего залпа восьмидюймовок, накрывшего «Атлантис», капитан Рогге отдал приказ установить взрывные часовые механизмы и покинуть судно.
За минуту до 10 часов взорвался носовой артиллерийский погреб, и через несколько минут «Атлантис» под аплодисменты и прощальные крики моряков, для которых он был домом на протяжении 20 месяцев, ушел под воду. Капитан Рогге, находившийся в одной из шлюпок вместе со своим шотландским терьером Ферри, стоя отдал честь.
Капитан Оливер, как он объяснил в своем рапорте Адмиралтейству, не мог подойти и подобрать уцелевших «из-за риска быть торпедированным», поэтому вскоре «Девоншир» скрылся за горизонтом. В результате обстрела на «Атлантисе» погибло только семь человек, не меньше ста плавали в воде и цеплялись за обломки. Всплывшая подводная лодка подобрала раненых и незаменимых специалистов, 200 человек поместились в спасательных шлюпках, а 52, снабженные спасательными поясами и одеялами, примостились на палубе «U-126», а в случае ее погружения должны были подплыть к шлюпкам. До ближайшей земли, Бразилии, было 950 миль.
Странная флотилия – шесть шлюпок, которые тащила за собой подводная лодка – отправилась в свое плавание в полдень, сразу после затопления рейдера. Два раза в день при помощи вытаскиваемой из субмарины резиновой лодки производилась раздача горячей пищи.
На третий день им повстречалось немецкое транспортное судно снабжения подводных лодок «Питон». Моряки «Атлантиса» были подняты на его борт – чтобы вскоре опять очутиться в воде, так как «Питон» был встречен и потоплен другим британским крейсером «Дорсетширом», известным тем, что он нанес «Бисмарку» последний удар в морском бою полгода назад.