Захватив Италию, Цезарь отправился в Испанию против находившейся там армии Помпея. После его отъезда Цицерон отплыл к Помпею, где его встретили с радостью. Однако претор Марк Порций Катон высказал мнение, что Цицерону для блага отечества лучше бы оставаться в Риме. Теперь же он стал врагом Цезаря и без всякой нужды подвергается величайшей опасности. Помпеи не давал Цицерону никаких важных поручений, и тот ходил по лагерю угрюмый и печальный, ворча и критикуя распоряжения главнокомандующего. В конце концов Помпеи решил избавиться от Цицерона и Катона, отправив их в Диррахий.
Великий оратор не принял участия в битве при Фарсале. Помпеянцы предложили Цицерону, как бывшему консулу, командовать флотом и остатками разбитой армии. Он отверг это предложение и вообще отказался от дальнейшего участия в войне. Цицерон считал, что после Фарсальской битвы дело Помпея проиграно и следует заключить почетный мир. Сын Помпея со своими друзьями, обвинив великого оратора в измене, хотел его убить. Цицерон спасся только благодаря вмешательству Марка Катона, а затем бежал из лагеря.
После этого Цицерон высадился на италийский берег в Брундизии и жил здесь некоторое время до возвращения Цезаря из Египта и Азии. Наконец, пришло известие, что Цезарь высадился в Таренте ' и идет к Брундизию. Цицерон поспешил ему навстречу. Цезарь милостиво приветствовал его и с тех пор не переставал оказывать ему знаки уважения и благосклонности.
Во время диктатуры Цезаря Цицерон отошел от общественной деятельности, посвятив все свое время научным и литературным занятиям. Изредка приезжал он в город, чтобы приветствовать Цезаря и произнести в его присутствии речи в защиту сторонников Помпея. В речах великий оратор иногда кривил душой, допуская неумеренные похвалы диктатору.
В этот период к печали о гибели республики, многих друзей и соратников у Цицерона прибавились еще и семейные неприятности: ему пришлось разойтись с женой Теренцией, с которой он прожил много лет. Материальное положение Цицерона бы\о очень тяжелым - его обременяли большие долги. Для того чтобы уплатить неотложные долги, ему приходилось делать новые займы. В надежде выйти из затруднения, престарелый оратор решил вновь жениться на богатой девице, чтобы с помощью ее приданого расплатиться с кредиторами. Вскоре после этого Цицерона постигло новое несчастье - умерла его любимая дочь.
Между тем против Цезаря был составлен заговор, во главе которого стояли Брут и Кассий. Диктатора убили 15 марта 44 г. до н. э. Цицерон, хотя и имел самые дружеские отношения почти со всеми заговорщиками, не был посвящен в их замыслы. Сразу же после убийства Цезаря великий оратор вернулся к политической деятельности и стал во главе сенатской партии.
Заговорщики, достигнув успеха, не сумели тотчас же захватить власть: они колебались, не зная, каково настроение народа и солдат Цезаря. Обе партии - сенатская и цезарианская находились в состоянии полной растерянности.
Через два дня собрался сенат и по предложению Цицерона помиловал убийц Цезаря, но вместе с тем утвердил и все распоряжения покойного диктатора.
Воспользовавшись всеобщим замешательством, консул Антоний, один из ближайших помощников Юлия Цезаря, завладел его завещанием, а также государственной казной. Цезарь завещал огромные суммы для раздачи римскому народу и назначил своим наследником внучатого племянника Октавиана.
На похороны Цезаря собрались огромные толпы людей. Консул Антоний произнес речь, показав народу окровавленную тогу Цезаря, всю исколотую кинжалами убийц. Возбужденные люди бросились поджигать дома заговорщиков. Волнения продолжались несколько дней. Многие из противников Цезаря были осаждены в своих домах и в конце концов бежали из Рима.
Цицерон, опасаясь беспорядков, выехал из столицы, отправившись в свое имение близ города Путеол (в Кампании). Сюда же съехались представители цезарианской и сенатской партий. Через некоторое время оратор вновь возвратился в столицу.
Между тем Антоний, набрав из ветеранов Цезаря отряд в 6000 человек, стал хозяином Рима. Он намеревался отнять у одного из заговорщиков - Децима Брута - его провинцию - заальпийскую Галлию. Владея ею, можно было держать всю Италию и Рим под угрозой.