Когда римские воины увидели двух почитаемых политических деятелей, ставших жертвой беззакония, они были возмущены. Если сенат так обошелся с людьми, занимавшими высшие должности в государстве, то как могли простые воины рассчитывать на обещанные им пенсии и вознаграждения. Цезарю теперь было нетрудно разжечь своих солдат и повести их против сената.
В Предальпийской Галлии зимой (50-49 гг. до н. э.) находился только один легион. Не желая дать противникам времени на подготовку к войне, Цезарь не стал дожидаться прихода всей галльской армии и двинулся в Италию, располагая всего 5 тыс. человек. Достигнув реки Рубикон, считавшейся границей между Галлией и Италией, Цезарь долго стоял на берегу, не решаясь дать войскам приказ начать переправу. Переход границы означал начало гражданской войны. Наконец, со словами "Жребий брошен!" он первым двинулся через реку.
Сенат поручил Помпею оборону столицы. Войска Помпея находились в Испании и Африке. Но стремительность Цезаря не оставила времени для переброски их в Италию. Когда в Риме поняли, что отстоять город не удастся, всеми овладела растерянность. Началось повальное бегство из столицы. Большинство сената, как и сам Помпеи, покинули Италию и бежали в Грецию. Цезарь вступил в Рим, не встретив никакого сопротивления.
Помпеи не успел в спешке вывезти государственную казну, и теперь она попала в руки победителя. Когда один из народных трибунов, ссылаясь на закон, пытался запретить ему взять деньги, Цезарь воскликнул: "Разве ты не знаешь, что оружие не считается с законами!"
Подчинив Италию, Цезарь отправился в Испанию, где были расположены главные силы Помпея, так как боялся, что эти войска будут угрожать ему с тыла, когда он двинется против соперника. После короткой, но жестокой борьбы Цезарь принудил испанскую армию Помпея к капитуляции.
Осенью Цезарь вернулся в Рим, где был провозглашен диктатором. Вслед затем с отборным отрядом кавалерии и пятью легионами он направился на юго-восток Италии в Брундизий, а оттуда отплыл в Грецию. Переправить на Балканский полуостров сразу всю армию Цезарь не мог из-за отсутствия транспортных средств. С имеющимися силами Цезарь не только не мог перейти в наступление против Помпея, собравшего к этому времени значительную армию, но и сам попал в затруднительное положение. Увидев, что оставшиеся в Италии войска медлят, так как в Адриатическом море господствовал флот Помпея, Цезарь решил лично сам возглавить и ускорить переправу. Тайно от всех был снаряжен небольшой быстроходный корабль, на который поднялся человек в одежде раба с закрытым лицом. Экипаж корабля не догадывался, кто этот молчаливый путник. Знай помпеянцы, что на судне находится сам Цезарь, им не составило бы особого труда захватить его в открытом море.
В этот день на море разыгралась буря. Убедившись, что маленький корабль не выдержит далекого плавания, кормчий приказал повернуть назад. Услыхав команду. Цезарь схватил его за руку и сказал: "Не трусь! Ты везешь Цезаря и его счастье". Узнав полководца, матросы забыли про бурю и, как бы приросши к веслам, гребли с величайшим усердием. Однако плыть дальше стало невозможно, и Цезарь вынужден был вернуться.
Наконец, Антоний, командовавший оставшейся в Италии армией, переправился в Грецию и соединился с Цезарем. Вскоре после этого в Северной Греции при Шарсале произошло решающее сражение. Новобранцы Помпея не устояли против закаленных в боях с галлами ветеранов Цезаря. Остатки армии Гнея Помпея капитулировали, а сам он бежал в Египет, где был предательски убит.
После смерти Помпея Цезарь отправился в Египет. Здесь он собирался взыскать с жителей для своего войска 10 млн. сестерциев. В это время наибольшим влиянием в стране пользовался один из царедворцев, правивший от имени малолетнего царя Птолемея. Чтобы не делить ни с кем власть, он изгнал из столицы, города Александрии, старшую сестру царя Клеопатру. Этот правитель, боясь за свое положение, сразу стал проявлять враждебность к римлянам. Солдатам Цезаря он отпускал только старый, залежавшийся хлеб, говоря, что людям, которые едят чужое, нечего привередничать. Цезарь располагал в Египте слишком незначительными силами, чтобы начать войну. В поисках опоры среди местного населения он решил вернуть из изгнания Клеопатру. Молодая царица села в маленькую лодку и под покровом ночи, имея лишь одного спутника, подплыла ко дворцу, занятому Цезарем. Боясь попасть к врагам, она спряталась в матрасный мешок и таким образом была доставлена в покои Цезаря. Восхищенный смелостью и красотой царицы Цезарь возвел ее на престол, вступив с ней в брак.
