Весною 1904 года умер горячо любимый ею брат Василий Михайлович, после непродолжительной болезни. Глубоко потрясла матушку Арсению эта кончина: обильно плакала она, собираясь на его похороны и, отдав ему последний долг, измученная, больная вернулась домой. И хотя, отдохнув, опять принялась за монастырские дела, опять, по-видимому, стала жить для других, но от близкостоящих к ней учениц, от домашних не могла укрыться перемена, происшедшая с нею. Она точно жила через силу. В особенности же стала плохо себя чувствовать матушка Арсения по ночам. Сильные ревматические боли во всем теле не давали ей заснуть, а если и случалось ей забыться, то, проснувшись, она несколько времени была не в состоянии произнести слова от крайнего изнеможения. Только сильная вера и любовь к Богу поддерживали ее дух. "Проснешься иногда, - говорила она сама, - и чувствуешь такую сильную боль в руках и ногах, что с трудом начинаешь одной рукой передвигать другую, едва-едва перекрестишься, потом достанешь с полки (которая находилась у самой кровати) книгу Псалтирь, прочтешь несколько слов и точно вдохнешь в себя что-то освежающее, потом встанешь, сделаешь несколько поклонов и, милостию Божию, почувствуешь в себе достаточно силы даже для того, чтобы пойти в церковь, а ночью думали мы с Митрофанией, что не доживем до утра. Так-то сильно слово Божие, и так дух может преобладать над плотию..." - добавляла матушка.
Вероятно, она стала предчувствовать свою близкую кончину, потому что не раз заводила речь о смерти. "Надо привыкать к мысли, что меня не будет с вами, - говорила она одной молодой, преданной ей послушнице, - и учиться жить без матушки". Часто вспоминала она покойную схимницу Ардалиону, ее предсмертные беседы и говорила, вспоминая, что схимница умерла без нее: "Да, монаху хорошо умирать одному, я желала бы, чтобы никто не присутствовал при моей смерти". Что действительно и случилось. Многое и другим говорила она, точно приготовляя всех к своей кончине. "Не будет меня, вспомните все мои слова", - сказала она однажды.
В ее доброй ласковой улыбке, в особенном блеске ее чудных глаз, во всей старческой фигуре лежал отпечаток чего-то уже неземного. Какое-то особенное смирение и кротость замечалась в обращении с другими. "Разве наша матушка была прежде такою, - говорили в монастыре, вспоминая свою прежнюю, молодую, полную жизни и иногда строгую, не для всех доступную игумению. - Слаба становится, видно, через силу ходит, а, кажется, готова всех принять, со всеми говорить".
Митрофания же (старшая келейница матушки), всегда оберегавшая свою горячо любимую игумению от излишней усталости, сильно недолюбливала "всех этих посетителей", как выражалась она; добродушное лицо ее принимало строгое, суровое выражение, когда, бывало, войдя в приемную, почти всегда переполненную народом, на вопрос ее "что пришли?" - получала обычный ответ - "к матушке, по делу".
"Нет, уж мне эти посетители!" - сердито скажет она и со вздохом пойдет докладывать матушке, зная по опыту, как не любила матушка Игумения заставлять себя ждать. "Давай им непременно матушку, - добавляет она, вернувшись, - а того и не знают, как нынче матушка ночь-то провела". А ночь провела матушка Арсения всю без сна, страдая сильнейшей болью во всех суставах. Иногда же случалось и так, что сама Митрофания, помещавшаяся в смежной комнате, проболеет всю ночь, и матушка Игумения, забывая свою болезнь, по целым часам простаивает у кровати своей верной послушницы.
В феврале месяце матушку Арсению постигла новая скорбь. Скончалась ее невестка, Анастасия Михайловна Себрякова, вдова ее любимого брата, проболевшая лишь несколько часов. Эта внезапная смерть особенно почему-то поразила матушку, и она не раз говорила окружающим: "Теперь уже настала моя очередь умирать; мне кажется, что смерть точно преследует меня, точно витает надо мной, и я чувствую ее дыхание". Это ощущение настолько было сильно и так встревожило ее, что она пожелала даже в необычное время приобщиться Святых Таин. Она заказала накануне всенощную, во время которой усердно, со слезами, молилась, а на другой день, исповедовавшись и причастившись, она стала чувствовать себя спокойнее и тверже.