С юных лет посещая церковь, матушка Арсения прекрасно изучила богослужение и притом не поверхностно только, но глубоко душою проникаясь в значение каждой песни, каждого слова. Часто видели ее в церкви обильно плачущую, особенно во время службы Страстной седмицы, которую она особенно любила и никогда не стояла, не проливая благодарных слез умиления. "Скажите клиросным, чтобы они не спешили петь, - прикажет, бывало, она, когда поют стихиры Кресту, - ведь это такие чудные стихиры", а слезы при этом так и текут у нее по лицу. "Смолоду, - говорила она, - я так любила церковную службу и думала, что если бы я была настоятельницей, то хоть один день в неделю посвящала бы исключительно молитве, чтобы двери храма не закрывались весь день". Сколько находила она утешения в церкви, сколько понятий Господь открывал ей во время службы, сколько переживала она просветленных состояний - про то ведала лишь ее чистая душа, открытая пред Богом, не затемненная никакими мирскими излишними пристрастиями. "Иногда бывает, - говорила она, - стоишь в церкви с душою, омраченной какой-либо страстью или смущением, и вдруг слово Божие, как луч какой, войдет в душу, проникнет в самую ее глубину, разгонит находящийся там мрак, всю ее просветит, укрепит".
Строго придерживаясь постановлений и обрядов Православной Церкви, матушка Арсения в особенности благоговела пред Таинствами Исповеди и Святой Евхаристии. Говея, по уставу монастыря, во все посты, она, по свидетельству ее духовника, часто прибегала к исповеди и не в обычное время. Бывало, отягощенная заботами, постройкой храма, она чуть почувствует, что совесть ее обременилась греховными чувствами и помыслами, спешила звать духовника и исповедывалась ему, вполне веря чудодейственной силе этого Таинства и желая поскорей освободиться от тяжести греха. Свои с юных лет укоренившиеся взгляды на истину веры она твердо высказывала, не боясь противоречий, и всегда горячо отстаивала свои убеждения. "Я хочу сказать о веровании моей души, - писала она однажды одному молодому искателю истины, но, к сожалению, шедшему ложным путем. - Я верую так, как изложено в нашем православном Символе веры. Верую во Единую Святую Соборную и Апостольскую Церковь. В моей душе эта вера - не простая привычка детства, но разумный выбор моей души. С самых молодых лет моя душа начала стремиться к Господу. Несмотря на впечатлительность моей натуры, душа моя ни на чем конечном не могла остановиться, ничем удовлетвориться; стремление к вечному, неизменяемому, непреходящему указало мне цель - Вечного Бога. Все, что вне Его, даже монашество, даже Церковь со всеми ее обрядами и все остальное, все высокое и святое, - все для меня было только путь к Нему, средство к познанию Его. Теперь, когда жизнь моя склоняется к западу, когда я могу подвести итоги многому пережитому на земле, я скажу: я исповедаю, что то, к чему меня привела Церковь, для меня священно, дорого, как вечное достояние души. Поэтому Церковь со всем ее учением, со всеми ее Таинствами, обрядами, преданиями, настолько же дорога и священна, как То, к чему она руководит. И моя душа настолько верует ей, что готова жизнь положить за каждую букву ее учения, не говоря уже об остальном. Да, я готова не пощадить земной жизни за жизнь вечную, к которой она приводит. Мне понятно, что те люди, которые хранили чистоту веры, не жалели ни своего положения, ни имущества, и даже жизни за хранение того учения, которое они признали истинным. Не служили миру те, кто жизнь свою полагал за слово Божие. Далеко от земных целей был их ум и сердце, далеко от земли жило стремление их духа. Современное нам православное духовенство я чту за то, что оно неизменно хранит учение Церкви, не убавляя, не прибавляя к нему ничего. Велика в этом его заслуга, так как всякое убавление церковного учения я считаю огромным ущербом для душ, стремящихся прийти к Богу. Сами себя лишают они надежной опоры верных средств, руководящих на этом пути".
20-го декабря 1882 года Господь послал матушке Арсении великую скорбь: умер горячо любимый ею ее батюшка Михаил Васильевич Себряков, на 84-м году своей жизни, окруженный всеми детьми. Матушка за неделю до смерти приехала к нему и до самой кончины не отходила от его постели, служила ему днем, а ночи проводила с ним в молитве и беседе. Она благодарила Бога, что умирал он в памяти и полном сознании, что перед смертью его она могла насладиться его беседой, но горе разлуки с ним она глубоко переживала. "Хотя кончина его была самая мирная, но для меня она была так тяжела, точно я сама умирала", - говорила она своим по возвращении из Себрово. Но скорбь эта, переживаемая ею в душе, не мешала матушке продолжать своей обычной жизни: она все также занималась делами по управлению монастыря, все также принимала посетителей, только еще более усугубила свой молитвенный подвиг да чаще призывала к себе монахинь, предлагая им обильную трапезу на помин батюшки. Она велела даже рассыпать у себя на балконе зерна и хлебные крошки для птиц, говоря: "Пусть и они поминают батюшку".
