«Собор слуг Божиих» оправдал своё название тем, что на него были призваны по преимуществу лица духовного сословия, во главе которого явился митрополит Макарий, с девятью архиепископами и епископами и целыми рядами архимандритов, игумнов, духовных старцев и иерееев. От мирян были собраны по преимуществу законники того времени, «сведущие в искусстве гражданском». Собору предстояло прежде всего рассмотреть, изменить и дополнить Уложение Иоанна III и в соответствии с новыми нуждами царства обновить и утвердить своим приговором новый Судебник с именем Иоанна IV. Кроме Судебника, собору предстояло обсудить и дать царю ответ на предложенные им 69 вопросов, затрагивавших устройство церкви. При отсутствии просветительных духовных учреждений многие священные обычаи «поизмоталися», многие божественные заповеди преданы были забвению, в церковном строе царило, как и в строе гражданском, местное самовластие, а монашество на обильные монастырские доходы вело разгульную жизнь.
Открывая 23 февраля первое заседание созванного собора, Иоанн Васильевич не упустил эффектного случая порисоваться своим смирением перед Московской землёй. Вообще не было случая и речи, когда он не заявлял о своём народолюбии, ибо ему очень хотелось, чтобы его называли народным царём.
Прежде всего он упомянул, что в дни его молодости на Руси не было надлежащего управления благодаря своеволию и беззаконию, творимых боярами. Беспорядки эти завершились пожаром, испепелившим Москву, и народным мятежом. При виде пылавшей Москвы душа властелина ужаснулась, тело затрепетало, но дух смирился и сердце умилилось. С той поры он возненавидел зло и возлюбил добродетель. Обратившись к святителям церкви, он просил не щадить его слабости и громить его словами Божиими, лишь бы душа его была жива.
В дальнейшем обращении к собору он требовал установить гласный суд с тем, чтобы сотские и пятидесятники, облечённые народным доверием, занимались бы земской исправой и наблюдали бы за царскими чиновниками.
Над гражданским устроением главенствовало в соборе церковное устроение, требовавшее переработки всей унаследованной порчи и в иконописи, и в пении, и в чинности церковных служб, особенно же в поборах с мирян. Впрочем, собору пришлось рассуждать и о брадобритии в связи с содомским грехом, и о мерах против волшебства и колдовства и против игры в зернь...
Никогда ещё ни один собор не трудился над решением стольких предложенных ему дел и вопросов. Летописи говорят, что собравшиеся мужи вели своё дело так, чтобы решить эти вопросы наиболее справедливо, и плодом их усердного труда стало зеркало современных нравов и понятий века. Не прибегая к неведомым теориям, но зная хорошо народ своего царства, собор сосредоточил всё внимание на мерах против злоупотреблений, которыми как паутиной было покрыто всё царство, недостаточно ещё укрепившееся.
Итогом Собора стал Судебник из ста глав, вошедший поэтому в историю под названием «Стоглавника». В нём пришлось повторить немало заповедей прежних судебников, а главное повторить, чтобы судьи не судили в пользу своих друзей и не мстили с помощью суда, не брали ни в каком виде взяток, не слушали посулов; тяжущимся тоже запрещалось предлагать взятки. Всё это было повторено чуть не в десятый раз, но москвичи оставляли эти веления втуне.
Даже мама, узнав от царицы о великой заповеди в новом судебнике: «творить каждому своё дело прямо и бережно и безпосульно» — скептически покачала головой и выговорила: «Нет такого дьяка во всём Московском царстве, чтобы он утруждался безпосульно».
Немало выслушали укоров и пастыри, от которых царь требовал, чтобы они «почистили христианство» и уничтожили сохранившиеся остатки старого язычества. Духовному сословию пришлось не по сердцу и запрещение покупать новые вотчины без царского разрешения. Царь справедливо опасался перехода всей земельной частной собственности в обладание монастырей, переманивавших к себе бродячих хлеборобов. Келейники, заселявшие леса и пустыни и заводившие под предлогом спасения душ всякие притоны, были признаны собором тунеядцами-бродягами. Кроме того, служители «олтаря» обвинялись в нарушении правил благочестия, а чёрному духовенству было указано на нетерпимый разврат в монастырях. От всего духовенства собор требовал примерной жизни, которой следовали бы и миряне.
