После смерти Елизаветы ее деверь Конрад Тюрингенский глубоко раскаялся и в 1232 г. построил в Марбурге собор в честь милой Елизаветы — один из самых прекрасных соборов в Германии.
Великий магистр Тевтонского ордена и личный друг Фридриха Герман фон Зальца выхлопотал причисление Елизаветы Венгерской к лику святых. Разумеется, пишут современные исследователи, он сделал это «в интересах своего ордена» — как будто поступить таким образом было неумно или непорядочно. Мудрый и дальновидный фон Зальца, несомненно, уловил настрой общественного мнения. И, конечно, канонизация Елизаветы была произведена с ведома и по прямому распоряжению императора — без его воли ничто не могло произойти.
В мае 1236 г. Фридрих приехал, чтобы вместе с князьями, епископами и членами Тевтонского ордена торжественно перенести прах своей родственницы с убогого места захоронения в Марбургский собор.
Легче всего объяснить поведение Фридриха политическими и утилитарными мотивами, как это делают многие его биографы. Действительно, ему было полезно прилюдно показать себя в образе доброго католического князя, но ведь он избрал именно этот, а не иной способ — например, паломничество к святым местам или закладку собора. Холодный анализ его поступков может привести к выводам о низменности мотивов, но как человек Фридрих был много сложнее, чем тот прямолинейный прагматик, которому приписываются столь сухо рациональные, строго просчитанные поступки.
Церемония эксгумации и переноса мощей Елизаветы собрала более 120 тыс. человек — огромную массу народа. Император пеший, в монашеской одежде, сопровождал перенос останков в собор и собственноручно возложил императорскую корону па голову трупа.
Елизавета стала второй женщиной, которую он почтил короной.
Деверь святой Елизаветы Конрад Тюрингенский первым из высшей знати вступил в Тевтонский орден, и после смерти Германа фон Зальца был избран его великим магистром. После тюрингенского герцога в орден потянулись представители знатнейших фамилий. К несчастью, Конрада, верного сподвижника императора, не стало уже в 1240 г. — он успел пробыть Великим магистром только 1 год.
По иронии судьбы, еще один представитель Тюрингенского дома, другой деверь Елизаветы, ландграф Генрих Распе, стал в руках папы орудием свержения Фридриха.
Весной 1246 г. император получил сообщение, что он сам и его любимый сын Энцио должны быть убиты уже на следующий день. Инициатором этого плана выступил Генрих Распе. Клирики нашептали ему, что император умрет от яда, и, решив поторопить судьбу, ландграф организовал покушение. Но поскольку Фридрих был предупрежден, заговор провалился. Тем не менее в мае 1246 г. Распе согласился быть избранным королем в Германии в противовес Штауфену. Озлобленный муж, оставшийся бездетным в трех браках, он желал возвысить свой род, который на нем и заканчивался, блеском императорской короны, даже если на ней будет отблеск предательства и вероломства.
Отправившись завоевывать швабские города, Распе потерпел неудачу под Ройтлингеном и Ульмом. Вернувшись в Тюрингию, он умер 17 февраля 1247 г. За его наследство началась многолетняя война между тремя боковыми ветвями династии.
22 августа 1241 г. умер папа Григорий IX. Выказав во всех земных сражениях храбрость и стойкость истинного воина, он отошел от них в непостижимую свободу смерти.
После недолгих понтификатов миролюбивого папы Николая При слабого больного Целестина IV кардиналы единодушно избрали папой Синибальдо Фисски, графа Лаванья из зажиточного рода пармских феодалов. Узнав о его избрании, Фридрих едко заметил, что потерял друга, поскольку ни один папа не может быть гиббелином. И это было действительно так. Новый папа утверждал, что уничтожение Швабского дома не менее угодно Богу, чем походы Людовика IX Святого. Холодный, высокообразованный светский юрист, Фисски принял имя Иннокентия IV и повел самую непримиримую и последовательную борьбу против Фридриха и всего рода Гогенштауфенов — «рода гадюк».