Казалось, полная охрана должна была еще больше обогатить Богдо-Улу, но этого не произошло. Уже первая экскурсия показала, что на остепненных нижних склонах нет тарбаганов, исчезли совсем куропатки, почти не видно жаворонков, не парят в воздухе некогда бесчисленные хищные птицы. Все они не выдержали ядохимикатов, применяемых для борьбы с полевками на пригородных пастбищах. В лесу не видно косуль: они почти совсем исчезли, вытесненные маралами, которых невероятно много; маралы большими группами пасутся по опушкам, подходя в сумерки к самым домам. Когда-то высокотравные, поляны в лесу совершенно выбиты и стравлены, кустарники и подрост всюду подстрижены так, что топорщатся голые, большей частью уже мертвые ветки.
Что же произошло? Почему заповедная Богдо-Ула, где сотни лет охранялась природа, вдруг претерпевает экологическую катастрофу? Надо думать, в результате нарушения того равновесия, которое присуще этой экосистеме.
В 40-х годах на заповедной территории было около 1 тыс. оленей и плотность их популяции была 28–33 головы на 1000 га. Этот уровень численности был относительно стабилен на протяжении очень многих лет. При обилии волков популяция находилась в оптимальном состоянии: на одного взрослого самца приходилось в среднем две с половиной самки, и оленята к осени составляли 12–20 % всего поголовья.
В последующие годы при интенсивном освоении прилежащих к заповедному участку земель, примыкавших к быстро развивающейся столице, шло прежде всего полное истребление волков. Сейчас в этой части Богдо-Улы и ее окрестностях их совсем нет. Рыси на Богдо-Уле много, но она не может оказывать заметного влияния на оленей. В результате к 1972 г. численность оленей на заповедном участке достигла почти 4 тыс. голов, а плотность популяции составляла около 120 голов на 1 тыс. га. Такое количество оленей оказалось не в состоянии прокормить даже богатейшие угодья Богдо-Улы. На юге от заповедника лежит степь; широкая степная пойма Толы и остепненные в результате сведения лесов невысокие горы к северу не дают возможности оленям естественно расселяться и занимать новые районы. По ночам они нередко далеко уходят в степь, спускаются в долину Толы в поисках пастбищ, но день загоняет их обратно на Богдо-Улу. Популяция оленей угнетена: в стадах соотношение самцов и самок стало равным, оленят мы насчитали меньше 4 % всего поголовья.
Итак, заповедная Богдо-Ула необычайно ярко показала, что и здесь абсолютная охрана при резком изменении окружающих условий неизбежно влечет за собой отрицательные последствия для охраняемой экосистемы.
Законодательным актом Богдо-Ула объявлена заповедной и неприкосновенной в 1809 г. Однако как священная («Богдо») гора она почитается давно, видимо со времени основания Улан-Батора, т. е. с 1649 г. Существует легенда, согласно которой Чингисхан скрывался от врагов на Богдо-Уле. Гора спрятала его, и враги тщетно пытались найти Чингисхана среди непроходимых дебрей. Когда враги ушли, Чингисхан спустился к Толе, принес жертву горе и завещал своим детям и внукам почитать гору и впредь приносить ей жертвы. Действительно, по свидетельству П. К. Козлова, обряд ежегодного приношения горе жертв существовал еще в начале нашего века. Современная площадь заповедника —36 600 га, из которых 18 800 га покрыто лесом. Он занимает центральную и западную часть поднятия, примерно одну четвертую его часть, не считая степных предгорий. В восточной части Богдо-Улы недавно организовано охотничье хозяйство.
Охраняется заповедник издавна хорошо: у входа в каждую из падей постоянно живет охрана, миновать которую практически невозможно. Впрочем, случаи нарушения заповедности очень редки — монгольский народ очень любит и почитает красавицу Богдо-Улу.
Богдо-Ула до 1975 г. была единственным заповедным участком в Монгольской Народной Республике. Вместе с тем на территории Монголии сохранились совершенно уникальные животные, исчезнувшие в других странах. Среди них такие, как лошадь Пржевальского и дикий верблюд. Только в Монголии остались еще достаточно обычными такие животные, как кулан, дзерен, джейран, медведь-пищухоед, снежный барс. Каменистая пустыня — гаммада с оазисами из разнолистного тополя в Заалтайской Гоби, где и обитают многие из названных животных, представляет огромный научный интерес. Создание здесь большого заповедника на площади около 4 млн. га, организация которого начата, будет иметь исключительное значение для сбережения и изучения природы Центральной Азии.