Несколько лет спустя, император, считая себя вправе быть недовольным этим архиепископом за то, что он не соглашался на изменения, которые этот государь желал ввести в управление церковью, лишил его своего доверия. В 1709 г., после счастливой полтавской битвы, он нашел в киевском монастыре монаха по имени Прокопович, который в молодости не только обучался в Польше у иезуитов, но даже провел несколько лет в Риме и бывал в различных академиях Италии, где приобрел большую ученость; император думал, что это духовное лицо более подходит к его целям, вызвал его в Петербург, пожаловал в настоятели вновь построенного близ этой столицы Александро-Невского монастыря и поручил ему в то же время основать в России хорошие школы и академии.
Прокопович начал с обучения нескольких молодых людей в школе, устроенной в его собственном доме; когда они оказали некоторые успехи, то он отправил их в иностранные академии, где они могли бы приобрести столько сведений, чтобы, по возвращении на родину, занять должности профессоров или наставников в тех академиях, которые намеревались основать в России. В ожидании этих новых заведений, он велел продолжать обучение юношества в монастырях, там им преподавали латинский язык и первые основания философии Прокоповичу не удалось, однако, исполнить своего намерения; некоторые молодые люди, посланные им за границу, вовсе не возвратились, те же, которые приехали назад, не приобрели столько сведений, чтобы иметь возможность обучать других; поэтому дело на этом и остановилось.
Петр I полагал вначале, что для образования дворянства достаточно заставить его путешествовать; поэтому, возвратясь из своего первого большого путешествия, он послал всех молодых людей самых знатных семейств империи во Францию, Англию, Голландию, Италию и Германию, для приобретения там познаний, но так как большая часть этих молодых людей была очень дурно воспитана, то они возвратились почти такими же, какими уехали. Это доказало императору, что прежде чем посылать их путешествовать, следовало дать им сперва образование более удовлетворительное. Приблизительно около этого времени, в Москву был привезен лифляндский пастор Глюк; человек этот, обладавший познаниями и сведениями в такой только мере, как любой деревенский священник, сумел, однако же, прослыть за гениальную личность, потому что знал основательно русский язык. Петр I обратил на него внимание и поручил ему основать школы, в которых молодые дворяне могли бы получать образование. Глюк предложил ему устроить школу по образцу тех, какие он видел в лифляндских городах, и где молодые люди обучаются латинскому языку, катехизису и другим предметам учения. Император одобрил этот проект, назначил значительную сумму денег для платы учителям и дал в Москве большой дом, где должна была помещаться школа. Тогда Глюк вызвал несколько студентов богословия лютеранского вероисповедания и, при обучении в своей новой школе, следовал во всем правилам шведской церкви, а для того, чтобы нисколько не уклониться от них, перевел даже несколько лютеранских гимнов весьма плохими русскими стихами; учеников своих он заставлял петь эти гимны с большим благоговением при начале и при окончании занятий.
Подобный порядок был до того смешон и успех этого нововведения так жалок, что Петр I не мог вскоре не заметить этого. Поэтому он закрыл школу и снова предоставил обучение детей родителям. Так как в это время в России было множество пленных шведских офицеров, в числе которых было много весьма образованных, но совершенно недостаточных людей, то они охотно поступали к знатным лицам для воспитания их детей, и это дало гораздо лучшие результаты, нежели все школы, основанные прежде.
В 1717 г., будучи во Франции, Петр I был принят в число членов парижской академии наук, что внушило ему желание основать подобную же академию в Петербурге. Понятия этого государя о науках были недовольно ясны, так что он не мог решить, какие из наук более всего годились для его государства, и его беседы с некоторыми учеными, не знавшими вовсе России, еще более спутали его понятия. Наконец, в 1724 г. он решил основать в Петербурге академию, взяв во всем за образец парижскую; чтобы придать сразу некоторый блеск своему новому учреждению, он пригласил в члены несколько ученых, пользовавшихся громкою известностью, каковы: Вольф, Бернулли, Германн, Делиль и т. п. Он назначил им большое жалованье и определил на содержание академии ежегодную сумму в двадцать пять тысяч рублей, ассигнованную на доходы с таможен Нарвы, Пернова и Дерпта.