21 апреля 1933 года Фрицу позвонил министр искусства, науки и культуры Третьего рейха Бернхард Руст и ясно дал понять, чего хочет: Габеру следовало установить всех работавших в его институте евреев. Сначала он пытался подчиниться: уволил двух старших научных сотрудников-евреев, но сделал это только после того, как нашел им работу за пределами Германии. Он не мог заставить себя уволить других семитских ученых, особенно молодых, которые, по его мнению, больше всего нуждались в защите.
В отличие от Габера многие еврейские ученые, жившие в Германии, никогда не обращались в христианство. Настойчивое требование Гитлера уйти в отставку внушало отвращение. Джеймс Франк, который, как и Габер, служил своей стране во время Первой мировой войны и также позднее получил Нобелевскую премию, отказался жить в государстве, где столь жестоко обходятся с евреями, и ушел с поста профессора Геттингенского университета. Но сначала он написал письмо Фрицу Габеру, в котором говорится: «Я не могу встать перед студентами и вести себя так, будто все это для меня не имеет значения. И также не могу грызть кости, которые правительство бросает еврейским ветеранам войны. Я уважаю и понимаю тех, кто хочет удержаться на своих позициях, но должны быть и такие люди, как я. Так что не ругай Джеймса Франка, он тебя любит». (Позже Франк эмигрировал в США и работал с Робертом Оппенгеймером над созданием атомной бомбы.)
Франк предполагал, что Габер, как самый выдающийся ученый в Обществе кайзера Вильгельма, останется в Германии. Но оказался неправ: Фриц был сыт всем этим по горло. Он хотел быть уверенным, что для нового режима будет по-прежнему незаменимым специалистом, даже несмотря на еврейское происхождение.
Через три недели после того, как Адольф Гитлер представил закон, запрещающий евреям работать на правительство, Фриц ушел в отставку с поста руководителя Института кайзера Вильгельма. Никто не мог в это поверить, включая самого Габера. Он предполагал, что Бернхард Руст никогда не примет его отставку: ни за что не позволит столь видному и уважаемому ученому, как он, покинуть страну. «Настоящим прошу разрешить мне уйти в отставку с 1 октября 1933 года, — писал Габер. — В соответствии с директивами закона „О национальной гражданской службе“ от 7 апреля 1933 года я имею право оставаться на посту, несмотря на то что мои родители, как и их родители, были евреями. Но я больше не хочу пользоваться этим».
Когда Альберт Эйнштейн узнал, что Габер подал в отставку, немедленно написал ему письмо. «Могу представить ваш внутренний конфликт, — писал он. — Это все равно что отказаться от теории, над которой вы работали всю жизнь. Для меня это не то же самое, потому что я никогда не верил в это». Теория, по-видимому, заключалась в том, что немецкое высшее командование будет чтить верность, слепую преданность и служение, соблюдать приличия; что ему будет важно все, что Фриц может сделать для него, а не то, какой вере он принадлежал по рождению. Но все получилось иначе: Габер был евреем и это все, что имело значение для нацистов. Им было наплевать на образование и научное сообщество. Напротив, немецкие ученые, преподаватели и другие представители интеллектуальных профессий были скорее угрозой, чем предметом гражданской гордости. Когда Руст принял отставку, Габер был просто ошеломлен. «Мне никогда не было так горько», — писал он.
Несколько ученых попытались заступиться за Фрица.
Сначала его друзья попросили Руста передумать, но тот не хотел уступать. «Я покончил с этим евреем, Габером», — сказал он.
Затем Макс Планк, получивший Нобелевскую премию по физике и, подобно Габеру, пользовавшийся огромным уважением в научных кругах, встретился с Адольфом Гитлером. Планк утверждал, что отставка Габера — серьезная утрата для немецкой науки; что, хотя евреи составляют лишь 1 % населения, треть нобелевских лауреатов в Германии — евреи. По мнению Планка, это было «членовредительство». Гитлер был совершенно не согласен. По мере того как встреча продолжалась, он говорил все быстрее и громче, бил себя кулаком по коленям и кричал как одержимый. Планк вышел из кабинета не оглядываясь. В его 75 лет ученому потребовалось несколько дней, чтобы пережить это потрясение.