Второй жертвой стал проповедник Фудэн. Он не принимал непосредственного участия в диспуте, однако именно на него пал гнев Нобунага. Это тем более удивительно, если принято во внимание тот факт, что Фудэн присоединился к школе Нитирэн лишь незадолго до диспута в Адзути. Фудэн почитался многими за его знания и образованность. Однако Нобунага считал такую популярность проповедника потенциально опасной. Именно поэтому он публично назвал его лицемером и жуликом. Судьба проповедника оказалось решена только потому, что Нобунага не мог потерпеть присутствия рядом с собой харизматической личности.
Третьей мишенью Нобунага оказались Никко и другие участники диспута со стороны школы Нитирэн. Они были не столь воинственны, как Фудэн, и более чувствительны к мирской славе. Будучи представителями институционального буддизма, они вполне вписывались в политическую систему Нобунага, а потому им сохранили жизнь. Тем не менее, поражение в диспуте имело далеко идущие последствия. Храмы школы Нитирэн потеряли большое количество собственности и богатств, а кроме того, их главный способ осуществления проповеднической деятельности — религиозные диспуты — оказался под запретом. Денежные средства, затребованные Нобунага, должны были подорвать финансовое благосостояние общин и храмов Нитирэн. Теперь существование и благополучие школы зависело от милости Нобунага. Так, не прибегая к открытому насилию, Нобунага сумел поставить под контроль влиятельную религиозную школу.
В заключение отметим, что религиозный диспут в Адзути был задуман Нобунага как грозное предостережение всей школе Нитирэн, ее влияние среди городского населения Адзути оказалось существенно ослаблено, а наиболее сильные и харизматические лидеры — устранены. Однако, несмотря на то что этот инцидент нанес большой вред школе Нитирэн, отношения Нобунага с крупнейшими храмами школы не прервались окончательно. Так, Нобунага не перестал останавливаться в них во время визитов в Киото. Наоборот, в марте 1580 года он решил сделать Хоннодзи своим постоянным пристанищем в Киото и приказал провести восстановительные работы. При этом Хоннодзи был одним из тринадцати храмов, которые подписали клятву Нобунага после диспута в Адзути. Так, Нобунага сумел извлечь выгоду из того, что, быть может, сам прежде разрушил. Этот факт является прекрасной иллюстрацией истинных целей его религиозной политики.