А в декабре 1994 г., на фоне все ускорявшегося упадка армии и флота, 689-й ГвИАП был переведен в состав ВВС Балтийского флота. Переподчинение проходило в рамках реформы, целью которой было формирование структуры Калининградского особого оборонительного района. При этом полк вошел в оперативное подчинение Калининградскому району ПВО в интересах выполнения задач боевого дежурства.
День 15 января 1998 г. отмечен первой после распада СССР успешной принудительной посадкой самолета-нарушителя. Выполняя задачу на тяжелом истребителе Су-27, офицеры 689-го полка заставили подчиниться низкоскоростную маневрирующую цель.
А в 2001 г. полк выдержал тяжелейший бой. На этот раз – со «своими». Директива Генштаба предписывала переформировать прославленный полк в 143-ю истребительную авиаэскадрилью с лишением почетного наименования, гвардейского звания и наград… В конечном итоге, в результате огромных усилий командования полка, поддержки ветеранов, местной администрации, эта директива была отменена. Но одновременно было принято решение о перебазировании 689-го полка из «Нивенского» на аэродром «Чкаловск». Несмотря на то, что дальность «переезда» составляла всего 25 км, неподготовленность передислокации и ее поспешность стали причиной резкого снижения боеготовности полка. Летом 2002 г. большинство самолетов перевозилось по земле в разобранном состоянии. Последующая их сборка в полевых условиях неизбежно вела к утрате пригодности самолетов к полетам. На новый аэродром «своим ходом» перелетели только семь Су-27. Они и продолжали службу, пока хватало ресурса. Так же велики были и кадровые потери. Досрочно ушли с летной работы и военной службы 18 летчиков 1-го класса – они поддержали командира части гвардии полковника В.Б. Шекурова, отстаивавшего не только имя, но и боеготовность 689-го ГвИАП: при предписанных методах и темпах передислокации полк неизбежно становился небоеготовым, что могло стать причиной очередного решения о его ликвидации.
В возникшей ситуации огромная нагрузка и ответственность за судьбу своей части легла на старших офицеров – гвардии подполковника В.М. Талабирчука (тогда – заместителя командира полка) и гвардии подполковника В.А. Кузнецова (в то время – начальника штаба). Им удалось организовать оставшийся личный состав, в т.ч. летчиков, на скорейшее приведение аэродрома «Чкаловск» в приемлемое состояние и возобновление на нем летной подготовки. И 1 апреля 2003 г. полк заступил на боевое дежурство на новом месте. А уже 22 апреля были выполнены первые вылеты из дежурного звена по реальной цели: на перехват самолета радиотехнической разведки с 10-минутным интервалом были подняты два Су-27П, пилотируемые гвардии майором Г.Г. Цериным (тогда – начальником штаба 2-й АЭ) и гвардии подполковником А.Б. Молчановым (в то время – командиром 1-й АЭ). После приближения истребителей разведчик сразу же покинул свою рабочую зону.
С тех пор дежурство не снималось ни разу, но осуществляется оно только в дневное время. Препятствием для восстановления круглосуточного дежурства долгое время являлась нехватка топлива, а теперь, когда топлива стало выделяться для полетов значительно больше, резко обострилась проблема нехватки и исправности матчасти. Можно себе представить невеселую специфику работы инженерно-авиационной службы, которой приходится иметь дело с техникой на пределе ее ресурса. В 2006 г. ситуация усугубилась еще больше в результате потери одного самолета при пожаре на земле. К счастью, быстрыми и решительными действиями личного состава удалось избежать еще больших потерь (подробнее об этом происшествии – см. «Взлёт» №7-8/2006, с. 54).
Впрочем, не так давно наметились положительные сдвиги в ремонте самолетов. Но при этом из Чкаловска на АРЗ убывают в основном летающие машины, и проблема нехватки матчасти становится еще острее. Ремонт же техники на 275-м АРЗ в Краснодаре и на 121-м АР З в Кубинке часто затягивается из-за задержек финансирования, и пригнанные или доставленные транспортной авиацией полковые Су-27 стоят на заводских стоянках без движения. Вернувшиеся с ремонта самолеты требуют также почти постоянного внимания со стороны ИАС. Время наработки на отказ отремонтированных самолетов не идет ни в какое сравнение с тем, о котором помнят инженеры, работавшие на новой технике в начале и середине 90-х гг…