Эти убийства и зверства произошли на глазах юного Петра. Он был настолько напуган и потрясен увиденным, что с ним случился первый эпилептический припадок. Впоследствии такие припадки, называемые тогда "падучей болезнью", сопровождали Петра всю жизнь. На всю жизнь сохранил он и ненависть к бунтовщикам, впоследствии не однажды беспощадно карая мятежников.
Получив около трехсот тысяч рублей и имущество побитых ими бояр, стрельцы послали начальника князя Ивана Андреевича Хованского потребовать воцарения и старшего брата - Ивана Алексеевича, объявив его первым царем, а Петра - вторым.
К середине лета правительство Софии из-за совевольства стрельцов потеряло контроль над столицей и потому 13 июля двор во главе с цесаревной покинул Москву и перебрался в хорошо укрепленный Троице-Сергиев монастырь, расположенный в 75 километрах к северо-востоку от Москвы. Правда, вскоре все они вернулись в Москву, но ненадолго, и в августе снова вернулись в Троицу.
В то время, как Софья маневрировала подобным образом, власть над стрельцами захватил начальник Стрелецкого приказа князь Иван Андреевич Хованский, в майских событиях энергично отстаивающий интересы своих подчиненнных. Стрельцы намерены были посадить Хованского на престол, но Хованский проявил нерешительность, чем тут же воспользовалась Софья. Она собрала к Троицкому монастырю дворянское ополчение, вызвала Хованского с сыном Андреем на встречу с боярами - членами Боярской думы, в которую входил и Хованский, - и когда отец и сын приехали, велела схватить и казнить их обоих без суда, обвинив в государственной измене. Заговор был обезглавлен и стрельцы покорились воле правительницы.
Во всех этих делах главные роли сыграли сторонники Софьи и ее фавориты - один в настоящем, а второй - в будущем - князь Василий Голицын и новый начальник московских стрельцов - Федор Шакловитый.
Возвратившись в Москву, Софья стала участвовать во всех дворцовых и церковных церемониалах наравне с царями Иваном и Петром. Она приказала чеканить золотые монеты с ее портретом, стала надевать царскую корону и давала официальные аудиенции иноземным послам в Золотой палате Московского кремля.
После подавления "хованщины" Голицын стал фактическим главой русского правительства и сферой своей деятельности избрал реформу военного дела и вооруженных сил, и формирование внешнеполитического курса России.
В военной сфере его усилия состояли в том, чтобы на смену стрелецким войскам и дворянскому ополчению пришла хорошо обученная, профессиональная регулярная армия. В области внешней политики он стремился заключить союз с западными странами и обратить оружие против Крыма и Турции.
В первом начинании Голицын не добился полного успеха - он лишь начал преобразования в армии, правда, сильно их продвинув, зато во втором одержал победу. Вершиной его дипломатической деятельности стало заключение "Вечного мира" с Польшей, подписанного в Москве 21 апреля 1686 года.
Отныне российские государи официально писались в международных документах и в челобитных: "Всея Великия и Малыя и Белыя России самодержцы". С этого же момента и имя Софьи писали в царском титуле на всех документах.
Подписание "Вечного мира" сильно укрепило авторитет Голицына. Иностранцы, посещавшие Посольский приказ, писали, что российское дипломатическое ведомство занимает четыре огромных каменных здания с множеством просторных и высоких зал, убранных на европейский манер.
Сам канцлер поражал их необычайной роскошью своей одежды, сплошь усыпанной алмазами, сапфирами, рубинами и жемчугом. Говорили, что у Голицына не менее ста шуб и кафтанов, на которых каждая пуговица стоит от 300 до 700 рублей, а если бы канцлер продал один свой кафтан, то на эти деньги мог бы одеть и вооружить целый полк.
Конечно же, вся эта роскошь не обошлась без благосклонного внимания к своему любимцу Софьи Алексеевны.
Французский эмиссар Невилль, писал о князе Голицыне: "Разговаривая со мною по-латыни о делах европейских и о революции в Англии, министр потчевал меня всякими сортами крепких напитков и вин, в то же время говоря мне с величайшей ласковостью, что я могу и не пить их. Этот князь Голицын, бесспорно, один из искуснейших людей, какие когда-либо были в Московии, которую он хотел поднять до уровня остальных держав. Он любит беседовать с иностранцами, не заставляя их пить, да и сам не пьет водки, а находит удовольствие только в беседе. Не уважая знатных людей по причине их невежества, он чтит только достоинства и осыпает милостями тех, кого считает заслуживающими их".