В 1694 году умерла Наталья Кирилловна. Хотя теперь сын «сам понужден был вступить в управление, однако ж труда того не хотел понести и оставил все своего государства правление министрам своим». Правительственная машина в первые годы собственного правления Петра Алексеевича продолжает идти своим ходом. Царь вмешивается в этот ход лишь тогда и постольку, когда и поскольку это оказывается необходимым для его военно-морских забав.
Очень скоро, однако же, веселая беззаботная жизнь исчезает. Письма Петра становятся лаконичнее и серьезнее по мере того, как обнаруживается неподготовленность войска и генералов к серьезным военным действиям. Неудача первого похода против турок и крымских татар заставляет Петра Алексеевича сделать новые усилия. Флотилия, построенная на Воронеже, оказывается мало пригодной для военных действий; выписанные иностранные инженеры опаздывают.
Летом 1696 года – второй Азовский поход и взятие 18 июля Азова. Петр шумно празднует победу, но хорошо чувствует незначительность успеха и недостаточность сил для продолжения борьбы. Он предлагает боярам схватить «фортуну за власы» и изыскать средства для постройки флота, чтобы продолжать войну с «неверными» на море.
Петр Великий в детстве, спасаемый матерью от ярости стрельцов. Художник Карл Штейнбен. 1830
Одновременно с постройкой кораблей и ввиду той же цели, то есть войны с Турцией, решено было снарядить посольство за границу для закрепления союза против «неверных». «Бомбардир» в начале второго Азовского похода и «капитан» в конце.
Петр Алексеевич теперь примыкает к посольству в качестве «волонтера Петра Михайлова» с целью ближайшего изучения кораблестроения.
Посольство двинулось из Москвы 9 марта 1697 года. Первые заграничные впечатления Петра были, по его выражению, «мало приятны»: рижский комендант Дальберг слишком буквально понял инкогнито царя и не позволил ему осмотреть укрепления. Пышная встреча в Митаве и дружественный прием в Кенигсберге поправили дело.
Из Кольберга Петр поехал морем на Любек и Гамбург, стремясь скорее достигнуть своей цели – второстепенной голландской верфи в Саардаме, рекомендованной ему одним из московских знакомцев. Здесь он пробыл восемь дней, удивляя население маленького городка своим экстравагантным поведением. Посольство прибыло в Амстердам в середине августа и осталось там до середины мая 1698 года, хотя переговоры были кончены уже в ноябре 1697 года. В январе 1698 года Петр поехал в Англию для расширения своих морских познаний и оставался там три с половиной месяца, работая преимущественно на верфи в Дептфорде.
Главная цель посольства не была достигнута, так как Европа решительно отказалась помогать России в войне с Турцией. Зато русский царь употребил время пребывания в Голландии и в Англии для приобретения новых знаний, а посольство занималось закупками оружия и всевозможных корабельных припасов, наймом моряков, ремесленников и т. п.
Известие о новом стрелецком бунте вызвало Петра Алексеевича в Россию. Вернувшись в Москву, он поехал к Анне Моне, потом на свой Преображенский двор. На следующее утро, 26 августа 1698 года, царь собственноручно начал стричь бороды у первых сановников государства. Стрельцы были уже разбиты Шейным под Воскресенским монастырем, и зачинщики бунта наказаны. Петр возобновил следствие о бунте, стараясь отыскать следы влияния на стрельцов царевны Софьи. Он заставил Софью и ее сестру Марфу постричься в монахини. Этим же моментом воспользовался, чтобы насильственно постричь и свою жену.
Брат Иван Алексеевич умер еще в 1696 году, никакие связи со старым миром не сдерживают больше Петра Алексеевича, и он предается со своими новыми любимцами, среди которых выдвигается на первое место Меншиков, непрерывной вакханалии. Пиры и попойки сменяются казнями, в которых царь сам играет иногда роль палача; с конца сентября по конец октября 1698 года было казнено более тысячи стрельцов. В феврале 1699 года опять казнили стрельцов сотнями. Московское стрелецкое войско прекратило свое существование.
В 1699 году образован союз России с Польшей, Саксонией и Данией против Швеции. Константинопольский договор России с Турцией о 30-летнем перемирии от 3 июля 1700 года позволил России 19 августа того же года объявить войну Швеции. Началась Северная война. Началась она неудачно: 19 ноября 1700 года под Нарвой русские войска разбил Карл XII. Но через год удалось нанести поражение шведам близ Дерпта, а 11 октября 1702 года взять шведскую крепость Нотебург (Орешек, впоследствии Шлиссельбург). Но главной победой России в Северной войне стал Полтавский бой, в котором 27 июня 1709 года шведская армия была разгромлена. Тотчас после Полтавской победы поднялся престиж России и русского царя за границей. Северная война была закончена Ништадтским мирным договором от 30 августа 1721 года. К России были присоединены Лифляндия, Эстляндия, Ингерманландия (Ижорские земли), часть Карелии с Выборгом и часть Южной Финляндии. Через два месяца Петр I принял титул «Отца Отечества, Императора Всероссийского Петра Великого».