Таким образом, Генриха нельзя было назвать деятельным и энергичным правителем. Между тем царствование, выпавшее на его долю, было одним из самых тревожных во французской истории. Религиозные распри обострялись с каждым годом. По возвращении Генрих нашел Францию близкой к междоусобию. Надежды на то, что король сможет примирить различные партии, Не оправдались. Вскоре началась новая война, в которой младший брат Генриха, Франциск, сражался на стороне гугенотов. Впрочем, боевые действия ограничились лишь незначительными схватками. Сам Генрих воевал без всякого воодушевления, тяготился неудобствами походной жизни и хотел скорее возвратиться в Париж. В 1576 г. в Болье был подписан мирный договор. Франциск Валуа получил Анжу, Турень и Бер-ри; Генрих Наваррский – Гиенну; принц Конде – Пикардию. Протестантам король предоставил свободу вероисповедания, но только не в Париже и не при королевском дворе. Кроме того, он дал им восемь крепостей, в которых они могли Находить безопасное убежище. Все отнятые у гугенотов имения должны были возвратиться прежним владельцам. Этот договор можно было считать победой протестантов, которые отстояли в тяжелой войне свои права. Протестантская республика обратилась после этого как бы в независимое государство: она имела свои религиозные уставы, своё гражданское управление, свой суд, свою армию, свою торговлю и финансы.
Уступчивость короля чрезвычайно не нравилась католической партии. Её глава герцог Генрих Гиз в 1576 г. с помощью преданных сообщников начал образовывать в разных областях Франции тайные общества защитников католической веры (католическую Лигу). В Париже было сосредоточено главное начальство над ними под именем центрального комитета. При содействии приходских священников Лига неимоверно разрослась, а вместе с ней выросло до опасных пределов могущество самого Гиза. Вскоре он мограссчитывать, что, встав во главе религиозного движения, сможет безо всякого труда свергнуть Генриха III и занять его место. Благодаря бумагам, найденным в 1577 г. у курьера, умершего в Лионе на пути в Рим, король узнал о существовании Лиги и догадался о настоящих намерениях своего противника. Однако Генрих понимал, что гонения на Гизов возбудят против него половину королевства. Поэтому он именным указом подтвердил образование Лиги и провозгласил себя её главой. Эдикт, подписанный в Болье, был отменен, религиозная война возобновилась. Вскоре католики добились некоторого успеха под Бержераком. Поэтому мир, заключённый в 1577 г. в Пуатье, был гораздо менее благоприятен для гугенотов.
Но в середине 80-х гг. обстановка во Франции опять обострилась до крайности. В 1584 г. умер младший брат короля, герцог Анжуйский. Сам Генрих не имел наследников. Династию Валуа в ближайшие годы ожидало полное вырождение, а ближайшим наследником престола был глава гугенотов Генрих Наваррский. Перед лицом этой угрозы лигисты возобновили свою деятельность. Гизы вступили в союз с Испанией и провозгласили наследником престола кардинала Карла Бурбона. По мере того как усиливались Гизы, власть короля становилась все призрачнее. И гугеноты, и католики относились к нему враждебно. Чтобы удержать при себе хотя бы последних, Генрих должен был в 1585 г. согласиться на подписание Немурского эдикта, запрещавшего под угрозой смертной казни во Франции всякое другое исповедание веры, кроме католичества. Этим эдиктом Генрих Наваррский был отстранен от законного права наследовать престол после смерти Генриха III. Гражданская война вспыхнула с новой силой. В октябре 1587 г. гугеноты одержали победу над католиками в битве при Кутра. Генриха считали главным виновником поражения. Когда в декабре он вернулся в столицу, парижане встретили его очень враждебно. Король понимал, что прибытие Гиза в мятежную столицу будет сигналом к всеобщему возмущению, и запретил ему возвращаться в город. Как будто издеваясь над его указами, Гиз в мае 1588 г. приехал в Париж и был встречен ликующими толпами народа. Король попробовал ввести в город войска, но парижане 12 мая перекрыли им дорогу баррикадами. На следующий день Генрих ускакал из Парижа в Шартр. Тщетно герцог Гиз убеждал короля, что в настроениях парижан для него нет ничего опасного. 2 августа он сам приехал в Шартр. Генрих, по-видимому, примирился с ним, пожаловал в генералиссимусы, но в Париж вернуться отказался. Двор переехал в Блуа. Это было временем наивысшего могущества Генриха Гиза. Он вел себя в столице как некоронованный король, только из вежливости оказывавший законному монарху надлежащие ему знаки внимания. Париж беспрекословно повиновался каждому его приказу. Многие открыто говорили тогда, что королю Генриху, как некогда последнему из Меровингов, Хильдерику, пора уйти в монастырь и уступить власть тому, «кто действительно правит». Сестра Генриха Гиза, герцогиня де Монпансье, открыто носила на своём поясе ножницы, которыми грозилась выстричь на голове последнего Валуа тонзуру. Но оказалось, что Гизы рано торжествовали победу. Король втайне готовил ответный удар. 23 ноября он пригласил герцога к себе во дворец. На пути к кабинету Генриха его окружили 45 дворян – телохранителей короля. Шпагами и кинжалами они нанесли Гизу множество ран, от которых он немедленно скончался. Его брат кардинал был брошен в темницу и умерщвлен на другой день.
