12 февраля Генрих торжественно вступил в Рим. Пасхалий в сопровождении кардиналов и епископов встретил его возле собора святого Петра. Перед коронацией король и папа должны были утвердить свой договор и обменяться его списками. Но прежде чем дело дошло до этого, король объявил, что не желает отнимать у церкви её права и что принужден сделать это только в ответ на требование папы отказаться от инвеституры. Затем Пасхалий стал читать договор. Когда епископы поняли, какой ценой достигнуто примирение, негодованию их не было предела. Они стали громко возражать против договора и объявили, что никогда не позволят лишить себя владений и ленов, принадлежащих их епископствам. Они прямо упрекали Пасхалия в том, что сделанное им условие несправедливо, что он не имеет никакой власти по своему произволу располагать их имуществом и отнимать у церкви то, что ей пожаловали короли и императоры. Папа, желая успокоить их, напоминал им христианское учение о том, что надлежит отдавать кесарю кесарево и что служащий Богу не должен заниматься мирской суетой. Епископы отвечали, что не оставят своих владений до тех пор, пока сам папа не подаст им примера и не возвратит императору церковные области, которыми также владеет по милости прежних государей. В этих горячих спорах прошел весь день. Наконец, один из рыцарей громко крикнул, что вместо провождения времени в пустых разговорах надлежит венчать Генриха императором, не вводя никаких новостей и не отнимая ничего ни у государя, ни у епископов. Папа отвечал, что не приступит к венчанию до тех пор, пока Генрих торжественной клятвой не откажется от инвеституры. Тогда Генрих велел своим воинам окружить престол, возле которого стоял Пасхалий, и арестовать папу. После этого немцы разграбили все драгоценные вещи, находившиеся в храме, и перехватали многих римлян. Одни из них были убиты, другие заключены в тюрьме, а третьи отпущены после порки.
Когда по Риму разнеслась весть об аресте папы, народ взялся за оружие. На рассвете 13 февраля римляне внезапно атаковали немецкий лагерь возле собора святого Петра. Начался жестокий бой. Генрих вскочил полуодетый на коня и поскакал по мраморным ступеням церковного крыльца. Сразив нескольких врагов, он упал и непременно погиб бы, если бы миланский граф Оттон не уступил ему своей лошади. В течение всего дня римляне мужественно нападали на короля и теснили его солдат, но к вечеру на помощь Генриху подошли свежие силы из-за города. Немцы опрокинули горожан, преследовали их и даже некоторое время осаждали замок святого Ангела. Бой продолжался и на следующий день. Вскоре Генрих понял, что не сможет удержаться в городе. В ночь с 15 на 16 февраля он отступил за стены, уводя своих пленников. С Пасхалия сорвали все папские регалии, связали веревками и погнали вперед ударами копий. Этот позор разделили с папой 16 его кардиналов. На протяжении двух месяцев немцы жестоко разоряли окрестности Рима, а горожане тщетно старались призвать на помощь старых союзников папы – тосканскую маркграфиню Матильду и норманнов из Южной Италии – никто из них даже не сделал попытки освободить Пасхалия. Наконец, упорство папы было сломлено. 11 апреля на реке Анио был заключен новый договор. Папа отказался в пользу короля от инвеституры и обещал никогда не мстить за сделанное ему насилие, не отлучать Генриха от церкви и короновать его по прежнему церемониалу. Взамен король освободил папу и других пленников и согласился просить у него прощения, чтобы восстановить снова честь римской церкви. 13 апреля Пасхалий торжественно короновал Генриха в соборе святого Петра. Вслед за тем, устроив по своему усмотрению церковные дела в Ломбардии, Генрих возвратился в Германию.
Уже на следующий год императору пришлось бороться со смутами и мятежами в собственной стране. Оплотом недовольных стала Саксония. Прибывший из Венгрии папский легат Дитрих возбудил против Генриха все духовенство. Из влиятельных германских князей только Вельфы и Гогенштауфены сохранили верность императору. Конраду Гогенштауфену Генрих отдал Восточную Франконию. Его брат Фридрих уже был герцогом Швабским, а Вельф – герцогом Баварским. Поручив им войну в Германии, Генрих сам поспешил в Италию. Здесь в июне 1115г. умерла маркграфиня Тосканская Матильда, завещав все свои огромные владения папскому престолу. Император оспорил это завещание на том основании, что Матильда не могла распоряжаться императорскими ленами, которые должны были вернуться после её смерти в государственную собственность. В начале 1116 г. Генрих перешел через Альпы, и был торжественно принят в Венеции. Утвердив свою власть в Северной Италии, он весной 1117 г. пошел на Рим. Не дожидаясь его, Пасхалий уехал в Монте-Кассио под защиту норманнов. Римляне встретили императора торжественной процессией, в которой, однако, не участвовал ни один из римских кардиналов или епископов. Отпраздновав Пасху, Генрих уехал в Тоскану. Пасхалий вернулся в Рим, где и умер в январе 1118 г. Новый папа Геласий II был избран без согласия императора. Генрих немедленно пошел на Рим и, вступив в город, велел выбрать папой своего приверженца архиепископа Брагского Бурдина, который принял имя Григория VII1. В ответ Геласий собрал собор в Капуе, отлучил от церкви антипапу и самого Генриха. Император, не обращая на это внимания, утвердив Григория в Риме и назначив нового маркграфа в Тоскану, возвратился на родину. Некоторое время Геласий переезжал из города в город, но так как большинство итальянцев держало сторону Григория, он уехал во Францию, где и умер в 1119 г. Кардиналы, последовавшие за ним в изгнание, избрали нового папу – Гюи, архиепископа Вьеннского, который принял имя Каликста II. Между тем в Германии, где братья Гогенштауфены ещё поддерживали равновесие, в отсутствие императора продолжались страшные оеспорядки. Архиепископ Альберт Майнцкий созвал в Вюрцбурге съезд, чтобы при содействии саксонцев низложить Генриха, но не успел ничего сделать. Сначала император старался отомстить противникам страшными опустошениями их земель. Однако вскоре увидел, что ничего не добьется до тех пор, пока будет находиться в ссоре с Каликстом. Он стал искать путей для соглашения, тем более что позиции сторон, казалось, сблизились.
