Однако и здесь покой вскоре был нарушен по вине самого короля. Венцеслав решился отнять у феодалов бывшие коронные владения и, сделав безуспешную попытку добиться этого мирным путем, прибег к насильственным и кровавым мерам. Собрав в 1389 г. войско и созвав в лагерь вассалов, он разместил их по отдельным палаткам. Затем, требуя их к себе по очереди, он приказывал им объявлять, какую сумму ссудили они при получении коронного имения и какой доход оно принесло им с тех пор. Тех, кто отказывался давать эти сведения, уводили в особую комнату и предавали казни на месте. С духовенством, которое, подобно рыцарству, требовало освобождения от податей и владело большей частью недвижимых имений, король поступал так же сурово и беззаконно. Он начисто был лишён того почтительного отношения к церкви, какое заметно ещё в его отце. При нём в Праге была основана Вифлеемская церковь, где вместо церковных обрядов предлагалась только проповедь слова Божьего на чешском языке (впоследствии эта церковь была прославлена проповедями Яна Гуса). Все родичи Венцеслава, а в особенности его двоюродный брат Йобст, постоянно поддерживали связь с недовольными чешскими феодалами, в среде которых сложился тайный заговор против Венцеслава. Был составлен план захватить короля, а затем держать в заключении до тех пор, пока он не возвратит отнятых имений. В мае 1394 г. заговорщики во главе с Йобстом напали на Венцеслава, взяли его в плен и отвели в пражский замок. В течение месяца они принуждали короля согласиться на их требования. Венцеслав, в конце концов, уступил своим врагам и издал манифест о возвращении феодалам отнятых у них имений и о назначении Йобста наместником Чехии. Выйдя из заключения, король, прежде всего, отомстил бургомистру и некоторым из советников старой Праги. Венцеслав вызвал их в свой замок и без всякого суда приказал отрубить им головы. Такими беззаконными поступками он, конечно, не мог установить мир. Враги опять соединились против него. Они были единодушны и действовали с большим толком, чем Венцеслав, который не мог поладить ни с чешским войском, ни с маркграфом Йобстом. Так, в начале 1396 г. Венцеслав разъезжал в сопровождении палача по улицам Праги и приказывал казнить на порогах своих собственных домов всех, кого по дошедшим до него поверхностным сведениям считал за своих врагов. Только угроза восстания заставила его подумать о примирении.
Опасность подстерегала Венцеслава и с другой стороны. Его бесхарактерность и равнодушие к немецким проблемам давно возбуждали в Германии общее негодование. Князья постоянно совещались о низложении неспособного короля, при котором владычествовала полная анархия. Многие считали, что управление Германией улучшится, если королевская власть будет передана немцу. В августе 1400 г. четыре курфюрста съехались в Оберланштейне, объявили о низложении Венцеслава и избрали на его место пфальцграфа Рупрехта III. В 1401 г. сын нового короля Людвиг двинулся с войском в Чехию. Многие чешские вельможи охотно поддержали его. Венцеслав был осажден в Праге и вскоре согласился на все условия своих врагов. Государственный совет взял управление в свои руки, а король фактически оказался отстраненным от престола. Вместо него стал править его брат, венгерский король Сигизмунд. Он велел арестовать Венцеслава и отослал его в Австрию. На этот раз его заключение продолжалось почти полтора года. В 1403 г. Сигизмунд должен был уехать из Чехии для устройства венгерских дел, а в ноябре того же года Венцеславу удалось бежать из-под стражи. Он вернулся на родину и был радостно принят чехами, утомленными суровым правлением его брата. С этого времени Венцеслав держался благоразумнее прежнего, так что ему удалось утвердиться на престоле. В дальнейшем, несмотря на некоторые трения, он правил своим народом спокойно. Только последние его годы были омрачены новыми возмущениями. Венцеслав не видел ничего плохого во взглядах Яна Гуса и позволял ему свободно проповедовать в своей столице. Как и все чехи он был возмущен его сожжением в 1415 г. Когда в 1418 г. папа Мартин V возобновил инквизиционную буллу папы Бонифация и потребовал, чтобы светские суды преследовали обвиненных церковью в ереси, Венцеслав долго этому противился. Тогда папа пригрозил ему судебным процессом, а его брат Сигизмунд (избранный к этому времени императором) отрекся от него, как от еретика. Венцеслав испугался и в январе 1419 г. велел светским судам принимать к рассмотрению дела по обвинению в ереси. В ответ вся Прага взялась за оружие. Король укрылся в Венцельштейне и вскоре умер от апоплексического удара.