В штабе Северного флота тревога днем 12 августа не была особенно сильной, хотя акустики флагманского крейсера «Петр Великий» и зафиксировали какой-то хлопок. Два хлопка — один сильнее другого — слышали и акустики американских подводных лодок, и это, как сообщалось позже, их обеспокоило, так как характер звуков отличался от звука запускаемой торпеды. Позднее стало известно, что и норвежские сейсмологи зафиксировали около полудня 12 августа два «сейсмических события» — одно «малое», другое, через 2 минуты 15 секунд, более крупное — как раз из района военно-морских учений.
Командующий Северным флотом адмирал Вячеслав Попов отдал приказ капитану «Курска» доложить о своем местонахождении и действиях. Флагман пытался связаться с «Курском» каждые полчаса, но эфир молчал. Поздно вечером подводная лодка «Курск» была объявлена аварийной. По тревоге были подняты поисково-спасательные службы флота и начат поиск подводной лодки. Ее безжизненный корпус был обнаружен гидроакустиками около 5 часов утра 13 августа. Рядом не оказалось специальных аварийных буев, которые всплывают автоматически и позволяют сразу же наладить связь с экипажем, — такая система помогла спасти во всех флотах не одну подводную лодку.
«Курск» лежал на глубине 108 метров, но крейсер «Петр Великий» пока ничем не мог помочь: водолазы Северного флота не работали на глубинах свыше шестидесяти метров. Ни на одном из российских флотов уже не было специального корабля-базы и глубоководных водолазов, способных работать на глубинах до 250 метров. (Такие группы создаются теперь на морских нефтяных промыслах, но у России на Северном море подобных промыслов нет.)
В 7 часов утра 13 августа министр обороны РФ маршал Сергеев доложил о случившемся президенту Путину. Этот доклад не был особенно тревожным, речь шла о «неполадках» и «нештатной ситуации». Президенту сообщили, что на «Курске» имеются запасы воздуха и питания на неделю, что радиационная обстановка в районе нормальная, а два атомных реактора заглушаются и обеспечиваются надежной защитой автоматически. В район аварии стягиваются спасательные корабли и аппаратура; схемы аварийной связи и эвакуации экипажа, если это окажется необходимым, хорошо отработаны. К тому же командир лодки имеет возможность самостоятельно начать эвакуацию моряков через специальную сверхпрочную аварийно-спасательную кабину-капсулу, способную вместить весь экипаж.
У Владимира Путина не было каких-то своих предложений; дело находилось в руках профессионалов высшего звена, которых он знал лично и которым доверял. У президента 13 августа начинался короткий пятидневный деловой отпуск: в Сочи и в Ялте шла подготовка нескольких важных встреч — с ведущими членами Российской академии наук, с главами девяти стран СНГ. Путин решил не менять своих планов, обязав военных докладывать ему каждые два часа о ситуации на Северном флоте.
Весь день 13 августа в район аварии стягивались спасательные корабли, готовили специальную аппаратуру и экипажи российских мини-подлодок. Первый спуск аппарата типа «Колокол» со спасательного корабля «Алтай» был проведен вечером 13 августа. В этот же вечер был проведен и первый спуск подводного спасательного аппарата «Приз» со спасательного судна «Михаил Рудницкий». Спуски проводились и утром 14 августа. Гидроакустики сообщали еще 13 августа об ударах из кормовых отсеков лодки по ее корпусу, что могло свидетельствовать о жизни экипажа. Появились сообщения даже о раскодировании этих сигналов, якобы означавших: «SOS!» и «Вода!» Позднее эти сведения были оценены как ошибка… «Мы готовы были верить всему», — объяснил адмирал Попов.
Подводным аппаратам не удалось пристыковаться к спасательному люку лодки на ее кормовом отсеке. Но они смогли провести предварительное обследование корпуса лодки и обстановки вокруг нее. Это обследование продолжалось более пяти часов, и картина, которая открылась спасателям, говорила об ужасающей и непонятной катастрофе. Носовая часть лодки была разворочена, в прочном корпусе имелись крупные пробоины, отдельные куски легкого наружного корпуса лежали на дне. По корпусу лодки шли сильные разломы. Механизмы спасательной катапульты были повреждены. Лодка лежала с креном до 30 градусов, ее перископ был выдвинут, что свидетельствовало о каком-то неожиданном, но чрезвычайно сильном ударе, который обрушился на нее на перископной глубине. При таких повреждениях ни использование спасательной кабины-капсулы, ни подача на лодку воздуха были невозможны. Могли быть повреждены и все спасательные люки.