С конца февраля боевые действия велись почти исключительно в горных районах Чечни и по их периметру. Эти бои, как и следовало ожидать, оказались не только последней, но и самой трудной частью антитеррористической военной операции.
Еще в январе 2000 года на горных базах укрылось несколько тысяч боевиков, отступивших из равнинных районов и из предгорной части Чечни. В феврале сюда прорвались остатки разгромленных в Грозном и его окрестностях отрядов с тяжелораненым Басаевым, которого несли на носилках. В горах укрылись и другие из числа наиболее одиозных полевых командиров — Руслан Гелаев, Арби Бараев. Здесь находился большой отряд наемников-арабов во главе с Хаттабом, а также Аслан Масхадов — президент Чечни, с приказами и распоряжениями которого уже мало кто считался. Положение боевиков зимой было исключительно трудным: большую часть горных троп и дорог завалило снегом, а на снегу даже небольшой отряд оставлял следы, видимые с воздуха. Значительные силы боевиков стягивались в район селения Шатой, но федеральные силы уже хорошо освоили высадку десантов на вершинах гор, и вскоре все горные вершины вокруг Шатоя, как ранее вокруг Ведено, оказались под их контролем.
Предполагалось после массированных бомбардировок окружить и разгромить основные силы противника именно под Шатоем. У командования российскими войсками было очень большое желание закончить все главные военные операции в горах ко дню президентских выборов — 26 марта, хотя такой задачи Владимир Путин перед ними не ставил.
В начале февраля 2000 года в интервью газете «Красная звезда» командующий Объединенной группировкой войск генерал-полковник Виктор Казанцев заявил, что горную операцию в Чечне планируется завершить через две, максимум три недели. И действительно, в конце февраля в Шатойском районе началась крупная военная операция, которую некоторые из российских генералов оценивали как завершающую.
Когда после мощных бомбардировок и обстрелов федеральные войска взяли Шатой, заместитель командующего группировкой генерал-полковник Геннадий Трошев доложил руководству и заявил в беседе с телерепортерами, что широкомасштабная военная операция в горах Чечни завершена. Как сказал Трошев, организованных крупных отрядов боевиков здесь уже нет, остались осколки, «ошметки», разбегающиеся во все стороны. Это были, как оказалось, чрезмерно оптимистические и поспешные заявления. Ошибочным оказалось и заявление о том, что в боях под Шатоем большая часть находившихся там боевиков уничтожена и лишь немногие из них сумели вырваться из кольца окружения.
Исходя из таких оценок и донесений, министр обороны России маршал Игорь Сергеев доложил 29 февраля 2000 года Владимиру Путину о выполнении задач третьего этапа контртеррористической операции на Северном Кавказе. Речь шла о том, что армия свои задачи выполнила и за ней останется лишь контроль за ситуацией в горных районах Чечни. Поэтому значительная часть воинских подразделений будет выводиться в места постоянной дислокации.
Ошибка военных обнаружилась очень скоро. Боевики не были разгромлены под Шатоем, хотя и потеряли здесь около двухсот человек убитыми. Они сумели выйти из окружения со своими командирами и разделились на несколько достаточно хорошо вооруженных и организованных отрядов. Лишь несколько малых групп попытались прорваться из района Шатоя на юг — в Грузию, но почти все эти группы были уничтожены и рассеяны. Небольшие группы попытались пройти горными тропами на запад — в Ингушетию, но большая часть этих боевиков, по свидетельству генерала В. Шаманова, замерзла в горах. Не были удачными и попытки отдельных групп боевиков пройти через Дагестан на территорию Азербайджана.
Но два самых больших отряда двинулись на север и северо-восток с явной целью вырваться на равнинные районы Чечни и в предгорья, а также в Дагестан. Они действовали в данном случае по той же схеме, что им удалась в конце июля и в начале августа 1996 года, когда несколько тысяч зажатых в горных районах боевиков неожиданно спустились десятками крупных групп на равнину, просочились в города и за один-два дня захватили вновь Грозный, Гудермес и Аргун. Но теперь, в 2000 году, события развивались совсем по иному сценарию.