Хотя претензии к «Газпрому» и его дочерней компании «Итера» со стороны государства были велики и не лишены оснований, уход Р. Вяхирева с главного поста в газовой отрасли оказался достаточно «мягким». Контрольный пакет акций «Газпрома» принадлежит государству, и, по предложению В. Путина, было решено не продлевать уже истекшие сроки контракта с Вяхиревым, а подписать новый контракт с новым управляющим, предложенным администрацией. При этом президент России выразил благодарность Вяхиреву за усилия по сохранению отрасли в трудное время и наградил орденом «За заслуги перед Отечеством». Недовольство Путина работой прежнего правления «Газпрома» выразилось, пожалуй, лишь в том, что речь шла об ордене не второй и не третьей, а лишь четвертой степени.
Хотя разговоры о реформе правительства велись, то затухая, то вновь разгораясь, еще с начала 2001 года, эта реформа так и не была проведена. Ее заменила «тонкая настройка» правительства, о которой заявили 16 октября 2001 года. В. Путин подписал указ о совершенствовании структуры федеральных органов власти. Этим указом было ликвидировано Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики. Соответственно, лишился своего поста руководитель Миннаца А. Блохин. Было решено также, что Министерство промышленности, науки и технологий возглавит по совместительству вице-премьер И. Клебанов, и своего поста лишился прежний руководитель Миннауки А. Дондуков. Комментируя эти изменения в правительстве, журнал «Коммерсантъ-Власть» назвал их «микроперестановками» и «микроликвидациями». Западная печать эти «микрореформы» даже не комментировала.
Минимальными оказались и перестановки в Вооруженных силах по итогам расследования трагедии в Баренцевом море — гибели «Курска». По представлению Министерства обороны и по материалам Военной и Военно-морской прокуратуры сняты со своих должностей командующий Северным флотом В. Попов и начальник штаба флота М. Моцак. Оба этих адмирала получили новые, но менее значительные должности.
Наибольшее внимание всех наблюдателей и прессы вызвала, несомненно, судьба одного из фаворитов Б. Н. Ельцина, министра путей сообщения Николая Аксененко. Система железных дорог превратилась в России в 1990-е годы в громадную и богатую монополию, вокруг которой возникло множество сомнительных коммерческих структур. Н. Аксененко не без оснований считался членом «семьи», но он явно переоценил свое влияние. Еще в конце сентября и в начале октября 2001 года Аксененко несколько раз проигнорировал вызовы в прокуратуру. Однако в конце октября ему все же пришлось отправиться в Генеральную прокуратуру и выслушать обвинения в превышении должностных полномочий, нанесшем крупный ущерб государству. Н. Аксененко гневно отрицал все эти обвинения на специально созванной пресс-конференции и обещал обратиться к Путину. Однако В. Путин был слишком занят международными делами. В конце концов Аксененко пришлось подать прошение об отставке, которая была тут же принята. Новым министром путей сообщения был назначен один из самых авторитетных работников МПС Г. Фадеев. В феврале 2002 года по представлению премьера М. Касьянова в структуре правительства был сокращен пост одного из вице-премьеров. Речь шла в этом случае об Илье Клебанове, который сохранил, однако, пост министра по делам промышленности, науки и технологий.
На протяжении двенадцати месяцев до марта 2002 года Владимир Путин не провел в высших структурах власти никаких достойных упоминания перемен. Изменения происходили в это время только на губернаторском уровне, усиливая президентскую вертикаль власти. В самом начале марта Президент РФ произвел неожиданную для многих реорганизацию силового блока. Федеральная пограничная служба была подчинена ФСБ, а Федеральное агентство правительственной связи и информации (ФАПСИ) поделено между ФСБ и Министерством обороны. Федеральная служба налоговой полиции была упразднена, а ее функции передавались в МВД. В. Путин объявил о создании специального Государственного комитета по контролю за незаконным обращением наркотических и психотропных веществ. Во главе этого комитета был поставлен Виктор Черкесов, недавний полпред президента в Северо-Западном округе. Освободившиеся от своих постов Константин Тоцкий и Михаил Фрадков были назначены постоянными представителями России в НАТО и ЕС. Полпредом президента на северо-западе стала Валентина Матвиенко. На ее место вице-премьера по социальным вопросам была назначена по рекомендации Михаила Касьянова Галина Карелова. Также по рекомендации М. Касьянова в правительстве появился вице-премьер, курировавший промышленную политику и военно-техническое сотрудничество, Борис Алешин.
