В это время в ЦК ПЛСР, точнее в здании отряда ВЧК, у Попова, где в перерывах между заседаниями съезда Советов собиралась верхушка левоэсеровской партии, царило спокойствие, хотя "мятежная партия" должна была бы вести себя иначе, тем более, что к первой половине дня 6 июля слухи о предстоящем покушении на Мирбаха дошли не только до предупрежденных немцами Дзержинского (если он не был организатором заговора) и Карахана, но и до некоторых левых эсеров. Александровичу примерно в полдень о предстоящем покушении сообщил Блюмкин. Между часом и двумя о готовящемся акте узнали Прошьян (если, конечно, не он готовил покушение), Карелин, Черепанов и Камков(66).
Между тем террористы, убив Мирбаха, приехали в особняк Морозова в Трехсвятительском (ныне Большом Вузовском) переулке. Кажется, сам Попов не придал происходящему особого значения. По крайней мере, отряд ВЧК работал как обычно. Попов в момент приезда Блюмкина и Андреева беседовал в своем кабинете с комиссаром ВЧК большевиком и сотрудником отдела по борьбе с преступлениями по должности Абрамом Беленьким, которому и были представлены только что исполнившие террористический акт Андреев и раненый Блюмкин. Из отряда Попова Беленький вскоре уехал и отправился искать Дзержинского. Когда Беленький, наконец, нашел его в германском посольстве в Денежном переулке, шел пятый час(67).
Ленин, Свердлов и Бонч-Бруевич, переговорив с Беленьким, уехали в Кремль. Начали обсуждать, как именно громить левых эсеров. "Дело такое ясное, — сказал Ленин, — а вот мы обсуждали его более часа. Впрочем, ведь [левые] эсеры еще более любят поговорить, чем мы. У них наверно теперь дискуссия в полном разгаре. Это поможет нам, пока Подвойский раскачается", — смеясь прибавил он(68). Действительно, в ЦК ПЛСР все это время шли споры о том, как реагировать на сообщение Блюмкина об убийстве им германского посла и (как ошибочно считал Блюмкин) Рицлера с Мюллером, и реагировать ли вообще. Между тем, было очевидно, что Блюмкина будут разыскивать, поскольку "выданные ему документы на его настоящее имя", т. е. мандат за подписью Дзержинского и Ксенофонтова, "остались в кабинете у графа Мирбаха". Было ясно, что "в ближайшем же будущем следует ожидать чьего-либо посещения с целью розыска Блюмкина в отряде Попова". Тем не менее в ЦК ПЛСР решено было ждать(69).
В шестом часу вечера в сопровождении трех чекистов-большевиков — Беленького, Трепалова и Хрусталева — Дзержинский отправился в отряд Попова, чтобы арестовать "Блюмкина и тех, кто его укрывает"(70). К этому времени уже были известны фамилии террористов, и было естественно ожидать, что большевики эти фамилии распубликуют для облегчения розыска. Между тем имена Блюмкина и Андреева держались в секрете вплоть до разгрома ПЛСР. Впервые Блюмкин был назван по имени лишь в официальном сообщении от 8 июля, написанном Троцким. В нем указывалось, что "некий Блюмкин произвел по постановлению" ЦК ПЛСР "убийство германского посла графа Мирбаха"(71). Об Андрееве впервые упомянули 14 июля(72). Но сам Андреев, являвшийся в глазах сотрудников германского посольства фактическим убийцей Мирбаха, исчез.
Ленин, Свердлов и Троцкий, видимо, рассматривали происходящее как совместный заговор ПЛСР и ВЧК. Именно поэтому против ПЛСР по распоряжению Троцкого были двинуты "артиллерия и другие части", ВЧК была объявлена распущеной, Дзержинский с поста председателя ВЧК снят, а на его место назначен Лацис (который должен был по своему усмотрению набрать в Комиссию новых людей). Поскольку в ходе операции по разгрому ПЛСР предполагалось окружить Большой театр, на специально созданную для того должность начальника охраны наружного кольца театра Троцкий назначил Фомина. Петерс и Полукаров должны были арестовать фракцию левых эсеров съезда(73). Лацис тем временем пытался сменить обычный караул у здания ВЧК, состоящий из чекистов, самокатчиками. От Троцкого же, со ссылкой на решение Совнаркома, Лацис получил приказ арестовать всех левых эсеров — членов ВЧК и объявить их заложниками. В ВЧК в это время находился заместитель Дзержинского левый эсер Загс (Закс), но он настолько искренне недоумевал по поводу происходящего, что Лацис арестовывать его не стал. А вот зашедшего в ВЧК члена коллегии левого эсера М. Ф. Емельянова "немедленно распорядился арестовать"(74) как заложника.