Основными заговорами дня были, конечно же, убийство людьми Дзержинского графа Мирбаха и арест Свердловым, Лениным и Троцким фракции левых эсеров на съезде Советов в Большом театре. Итак…
Утром 6 июля 1918 г. сотрудник ВЧК Я. Г. Блюмкин, согласно данным им позже показаниям, пошел в Чрезвычайную комиссию, взял у дежурной пустой бланк ВЧК и напечатал на нем, что он и представитель ревтрибунала Николай Андреев уполномачиваются "войти непосредственно в переговоры" с германским послом графом Мирбахом "по делу, имеющему непосредственное отношение" к послу. Подпись Дзержинского на бланке, по словам Блюмкина, была поддельной, причем подделал ее "один из членов ЦК" ПЛСР. Подпись Ксенофонтова тоже была поддельной — за него подписался сам Блюмкин. Дождавшись "ничего не знавшего" заместителя Дзержинского члена ЦК ПЛСР В. Александровича Блюмкин "попросил его поставить на мандате печать Комиссии". У Александровича же Блюмкин получил разрешение на пользование автомобилем и отправился в Первый дом Советов, где на "квартире одного члена ЦК" его ждал Андреев. Получив две толовые бомбы, револьверы и последние указания, злоумышленики около двух часов дня покинули "Националь", приказали шоферу остановиться у здания германского посольства, ожидать их, не выключая мотора, и не удивляться шуму и стрельбе. Тут же в машине сидел второй шофер, матрос из отряда ВЧК под командованием Попова. Матроса "привез один из членов ЦК" ПЛСР, и он, видимо, знал, что затевается покушение на Мирбаха. Как и террористы, матрос был вооружен бомбой.
Примерно в два с четвертью Блюмкин и Андреев позвонили в дверь германского посольства. Пришедших впустили. По предъявлении мандата от Дзержинского и после некоторого ожидания, для разговора к ним вышли два сотрудника посольства — Рицлер и лейтенант Мюллер (в качестве переводчика). Все четверо прошли в приемную и уселись вокруг большого мраморного стола. Блюмкин заявил Рицлеру, что ему необходимо поговорить с Мирбахом по личному делу посла, причем, сославшись на строгое предписание Дзержинского, продолжал настаивать на личной беседе с графом несмотря на возражения Рицлера, что посол не принимает.
В конце концов Рицлер вернулся в сопровождении графа, согласившегося лично переговорить с чекистами. Блюмкин сообщил Мирбаху, что явился для переговоров по делу "Роберта Мирбаха, лично графу незнакомого члена отдаленной венгерской ветви его семьи", замешанного в "деле о шпионаже". В подтверждение Блюмкин предъявил какие-то документы. Мирбах ответил, что "не имеет ничего общего с упомянутым офицером" и что "дело это для него совершенно чуждо". На это Блюмкин заметил, что через десять дней дело будет рассматриваться революционным трибуналом. Андреев, все это время не участвовавший в беседе, спросил, не хотели бы германские дипломаты узнать, какие меры будут приняты трибуналом по делу Роберта Мирбаха. Тот же вопрос повторил Блюмкин. Видимо, это был условный сигнал. Ничего не подозревавший Мирбах ответил утвердительно. Со словами "это я вам сейчас покажу" Блюмкин, стоявший за большим мраморным столом, выхватил револьвер и выстрелил через стол сперва в Мирбаха, а затем в Мюллера и Рицлера (но промахнулся). Те были настолько ошеломлены, что остались сидеть в своих глубоких креслах (вооружены они не были). Затем Мирбах вскочил, выбежал в соседний с приемной зал, но в этот момент его сразила пуля, выпущенная Андреевым. Блюмкин между тем продолжал стрелять в Рицлера и Мюллера, но промахивался. Затем раздался взрыв бомбы, после чего террористы выскочили в окно и уехали в поджидавшем их автомобиле. Когда очнувшиеся от замешательства Рицлер и Мюллер бросились к Мирбаху, тот лежал уже мертвый в луже крови. Рядом с ним они увидели неразорвавшуюся бомбу (а на расстоянии двух-трех шагов от посла — большое отверстие в полу — следы другой бомбы, взорвавшейся).
За рулем уносившей террористов машины сидел матрос из отряда Попова. Может быть именно поэтому террористов повезли в Трехсвятительский переулок, в штаб войск ВЧК (о чем террористы не знали). С этого момента Блюмкин, повредивший ногу во время прыжка из окна и раненный в ногу же часовым, открывшим стрельбу по убегавшим террористам, не принимал в событиях непосредственного участия. Несколько раньше из поля зрения исчез Андреев — убийца германского посла. И по непонятным причинам лавры Андреева были отданы Блюмкину.
